More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2355 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  100 
 
 
310 aa  642    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  95.48 
 
 
310 aa  614  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  95.48 
 
 
310 aa  614  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  95.48 
 
 
310 aa  614  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  92.88 
 
 
310 aa  595  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  92.26 
 
 
310 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  91.94 
 
 
310 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  92.26 
 
 
310 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  92.26 
 
 
310 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  92.26 
 
 
310 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  81.88 
 
 
310 aa  527  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  79.29 
 
 
309 aa  527  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  80 
 
 
310 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  78.71 
 
 
310 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  76.7 
 
 
309 aa  508  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  77.67 
 
 
310 aa  509  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  75.81 
 
 
310 aa  501  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  56.83 
 
 
316 aa  378  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  58.25 
 
 
311 aa  376  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  55.66 
 
 
315 aa  358  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  55.66 
 
 
315 aa  358  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  55.66 
 
 
315 aa  358  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
315 aa  357  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  55.34 
 
 
316 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
316 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.420697 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  55.34 
 
 
316 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
316 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  55.34 
 
 
316 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
316 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
316 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
316 aa  356  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  55.02 
 
 
316 aa  355  3.9999999999999996e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  55.34 
 
 
315 aa  355  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  53.55 
 
 
315 aa  353  2e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  53.87 
 
 
316 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  53.23 
 
 
315 aa  352  5e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  54.22 
 
 
316 aa  350  2e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  54.22 
 
 
323 aa  348  8e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  52.43 
 
 
318 aa  347  1e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  53.23 
 
 
319 aa  347  1e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  52.43 
 
 
318 aa  347  1e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  54.72 
 
 
307 aa  344  8.999999999999999e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  53.25 
 
 
320 aa  344  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  48.54 
 
 
311 aa  322  5e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  48.87 
 
 
314 aa  313  2.9999999999999996e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  52.21 
 
 
254 aa  287  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  44.55 
 
 
307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  33.98 
 
 
287 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  34.19 
 
 
287 aa  159  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  33.33 
 
 
287 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  31.44 
 
 
297 aa  153  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  30.45 
 
 
310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  29.14 
 
 
293 aa  146  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  28.66 
 
 
310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  29.24 
 
 
298 aa  143  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  31.07 
 
 
287 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  30.14 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  31.56 
 
 
287 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  31.07 
 
 
287 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  29.87 
 
 
302 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  29.8 
 
 
296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  31.56 
 
 
287 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  28.43 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  30.56 
 
 
287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  28.99 
 
 
304 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  29.7 
 
 
304 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  27.94 
 
 
308 aa  125  9e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  27.63 
 
 
294 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2169  hypothetical protein  27.63 
 
 
309 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.199565 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  24.03 
 
 
307 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  25.73 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  25.41 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  29.41 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  25.79 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  25.41 
 
 
291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  30.03 
 
 
315 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  28.53 
 
 
320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  30.65 
 
 
327 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  26.73 
 
 
311 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  26.54 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  28.25 
 
 
311 aa  114  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  29.6 
 
 
326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  27.62 
 
 
315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  27.45 
 
 
296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  28.57 
 
 
315 aa  109  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  23.89 
 
 
305 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  25.99 
 
 
293 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  24.08 
 
 
298 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1066  GGDEF  25.25 
 
 
271 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  24.08 
 
 
298 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  29.32 
 
 
307 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  22.87 
 
 
289 aa  99.4  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  26.14 
 
 
296 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  22.91 
 
 
318 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  28.22 
 
 
323 aa  97.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  23.99 
 
 
294 aa  97.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  25.82 
 
 
296 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  25.33 
 
 
296 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0566  hypothetical protein  25.31 
 
 
311 aa  95.5  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  26.47 
 
 
296 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>