More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2245 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 212 aa  442  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  91.04 
 
 		 229 aa  411  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  91.04 
 
 		 229 aa  410  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  91.51 
 
 		 239 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.86 
 
 		 212 aa  369  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  79.31 
 
 		 208 aa  335  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  79.31 
 
 		 208 aa  335  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  79.31 
 
 		 208 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  78.82 
 
 		 208 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  59.9 
 
 		 208 aa  264  8e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.5 
 
 		 215 aa  264  8.999999999999999e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.9 
 
 		 205 aa  257  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  58.5 
 
 		 203 aa  248  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  57.5 
 
 		 215 aa  244  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  58.79 
 
 		 227 aa  244  8e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  59.6 
 
 		 222 aa  241  7.999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  57.87 
 
 		 204 aa  241  7.999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  56.85 
 
 		 204 aa  235  3e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.07 
 
 		 204 aa  234  7e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.28 
 
 		 218 aa  234  8e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.2 
 
 		 208 aa  228  5e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.28 
 
 		 204 aa  227  9e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.08 
 
 		 204 aa  223  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  54 
 
 		 204 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.76 
 
 		 219 aa  219  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.26 
 
 		 214 aa  216  2e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.93 
 
 		 212 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.93 
 
 		 212 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.67 
 
 		 212 aa  203  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  46.7 
 
 		 205 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.73 
 
 		 204 aa  185  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.72 
 
 		 205 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.72 
 
 		 205 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  45.41 
 
 		 204 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.41 
 
 		 204 aa  177  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.98 
 
 		 203 aa  176  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  54.02 
 
 		 208 aa  176  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  46.19 
 
 		 203 aa  175  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  44 
 
 		 203 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  44.39 
 
 		 203 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.72 
 
 		 203 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.5 
 
 		 211 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.18 
 
 		 201 aa  161  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.67 
 
 		 199 aa  155  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.85 
 
 		 210 aa  155  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  42.65 
 
 		 218 aa  152  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.65 
 
 		 218 aa  152  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.95 
 
 		 211 aa  151  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.88 
 
 		 203 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  43 
 
 		 221 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.04 
 
 		 159 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.71 
 
 		 565 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  42.17 
 
 		 168 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  39.39 
 
 		 170 aa  123  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  39.18 
 
 		 1433 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  40.76 
 
 		 181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  40.24 
 
 		 1444 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  40.12 
 
 		 1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  40.12 
 
 		 1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  40.12 
 
 		 1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  40.12 
 
 		 1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  40.12 
 
 		 1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  40.12 
 
 		 1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  39.52 
 
 		 1433 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  39.52 
 
 		 1433 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  39.52 
 
 		 1433 aa  112  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  39.52 
 
 		 970 aa  111  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  38.82 
 
 		 1435 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.88 
 
 		 921 aa  109  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  38.92 
 
 		 1433 aa  106  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  35.62 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  38.37 
 
 		 1397 aa  104  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  36.09 
 
 		 1442 aa  102  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  35.09 
 
 		 180 aa  101  8e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  39.05 
 
 		 1426 aa  101  9e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.78 
 
 		 453 aa  101  9e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  35.47 
 
 		 1407 aa  100  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.97 
 
 		 470 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.16 
 
 		 378 aa  99  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 		 205 aa  97.8  9e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.37 
 
 		 584 aa  96.7  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.99 
 
 		 398 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  35.75 
 
 		 1402 aa  97.1  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  31.64 
 
 		 1437 aa  96.7  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  34.86 
 
 		 239 aa  96.3  3e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.18 
 
 		 236 aa  96.7  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  41.55 
 
 		 560 aa  95.1  7e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  33.02 
 
 		 1635 aa  94.7  9e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  34.86 
 
 		 1436 aa  94.4  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  34.86 
 
 		 1438 aa  94.4  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  34.86 
 
 		 1438 aa  94.4  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.1 
 
 		 595 aa  94.4  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.41 
 
 		 383 aa  94  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.2 
 
 		 392 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.69 
 
 		 921 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.65 
 
 		 375 aa  93.2  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.94 
 
 		 610 aa  93.2  3e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  41.98 
 
 		 566 aa  92.8  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  38.51 
 
 		 570 aa  92.8  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.65 
 
 		 375 aa  93.2  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>