85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2204 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  100 
 
 
311 aa  643  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  75.33 
 
 
302 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  74.34 
 
 
302 aa  470  1e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  75 
 
 
304 aa  466  1e-130  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  66.55 
 
 
315 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  71.32 
 
 
309 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  67.52 
 
 
315 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  65.47 
 
 
315 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  66.79 
 
 
309 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  52.92 
 
 
288 aa  286  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  51.45 
 
 
282 aa  280  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  53.12 
 
 
281 aa  279  6e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  47.08 
 
 
291 aa  275  1e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  47.27 
 
 
306 aa  263  3e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  50.19 
 
 
292 aa  263  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  44.7 
 
 
295 aa  261  7e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  48.52 
 
 
279 aa  260  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  51.92 
 
 
270 aa  259  3e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  45.26 
 
 
279 aa  259  6e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  46.69 
 
 
295 aa  254  9e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  49.61 
 
 
290 aa  253  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  46.04 
 
 
279 aa  252  7e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  41.53 
 
 
317 aa  243  4e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  42.76 
 
 
279 aa  242  8e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  46.5 
 
 
337 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  46.54 
 
 
298 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  43.98 
 
 
306 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  48.57 
 
 
303 aa  240  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  47.73 
 
 
282 aa  239  4e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  47.26 
 
 
298 aa  236  5e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  45 
 
 
283 aa  235  7e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  39.3 
 
 
284 aa  223  4e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  42.29 
 
 
326 aa  221  1e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  38.46 
 
 
282 aa  221  1e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  41.7 
 
 
269 aa  221  1e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  42.91 
 
 
375 aa  220  2e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  37.32 
 
 
281 aa  215  8e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  37.63 
 
 
282 aa  213  4e-54  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  1.83031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  35.93 
 
 
282 aa  213  4e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  36.27 
 
 
282 aa  212  7e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  39.38 
 
 
312 aa  207  2e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  38.52 
 
 
272 aa  207  2e-52  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.50691e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  40.82 
 
 
272 aa  206  4e-52  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  40.08 
 
 
266 aa  200  3e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  39.92 
 
 
302 aa  199  4e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  36.26 
 
 
271 aa  195  7e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  36.13 
 
 
275 aa  194  1e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  33.59 
 
 
275 aa  164  1e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  24.14 
 
 
306 aa  60.8  3e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  29.22 
 
 
847 aa  57.8  2e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  31.42 
 
 
882 aa  57  4e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  29.05 
 
 
321 aa  55.8  9e-07  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  28.63 
 
 
840 aa  55.8  9e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  26.19 
 
 
822 aa  52.8  8e-06  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  27.19 
 
 
851 aa  52.8  9e-06  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  29.3 
 
 
871 aa  52.4  9e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  26.54 
 
 
852 aa  52  1e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  28.37 
 
 
833 aa  52  1e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  30 
 
 
831 aa  50.8  3e-05  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  27.96 
 
 
866 aa  50.8  3e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  31.37 
 
 
846 aa  50.8  3e-05  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  30.32 
 
 
847 aa  50.1  4e-05  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  25.4 
 
 
825 aa  48.5  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  3.59668e-09 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  23.64 
 
 
436 aa  48.5  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  26.44 
 
 
684 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  28.64 
 
 
901 aa  47.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  27.44 
 
 
833 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  26.92 
 
 
847 aa  47  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  25.82 
 
 
847 aa  46.6  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  27.95 
 
 
828 aa  46.6  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  24.51 
 
 
825 aa  46.2  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  25.96 
 
 
658 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  38.89 
 
 
816 aa  45.8  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  25.74 
 
 
843 aa  45.4  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.03 
 
 
550 aa  44.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  25.97 
 
 
864 aa  44.7  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  21.96 
 
 
412 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.82 
 
 
552 aa  44.3  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  26.24 
 
 
853 aa  43.9  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  26.44 
 
 
683 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  30.43 
 
 
845 aa  43.5  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  27.4 
 
 
939 aa  43.1  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  22.49 
 
 
437 aa  42.7  0.009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  26.83 
 
 
954 aa  42.4  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  23.23 
 
 
437 aa  42.4  0.01  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>