More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2053 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  97.92 
 
 		 293 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  97.22 
 
 		 293 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  97.22 
 
 		 293 aa  578  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  93.4 
 
 		 292 aa  566  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  93.06 
 
 		 292 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  93.06 
 
 		 292 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  92.36 
 
 		 292 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  92.36 
 
 		 292 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 289 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  63.89 
 
 		 290 aa  408  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 289 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 289 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  64.58 
 
 		 289 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  63.32 
 
 		 289 aa  402  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  64.58 
 
 		 292 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  62.5 
 
 		 288 aa  397  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  62.11 
 
 		 288 aa  385  1e-106  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 295 aa  386  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  62.46 
 
 		 288 aa  387  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  60.55 
 
 		 289 aa  383  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 302 aa  378  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  58.68 
 
 		 298 aa  378  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  59.03 
 
 		 290 aa  374  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  57.89 
 
 		 290 aa  364  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 298 aa  364  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  56.94 
 
 		 289 aa  356  2.9999999999999997e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  55.56 
 
 		 289 aa  351  8e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  55.79 
 
 		 298 aa  346  2e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 298 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 298 aa  342  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  55.4 
 
 		 298 aa  342  4e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  55.4 
 
 		 298 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 304 aa  341  8e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.79 
 
 		 298 aa  340  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  54.9 
 
 		 298 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 302 aa  333  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  51.9 
 
 		 302 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 300 aa  294  1e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  46.71 
 
 		 292 aa  288  6e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 290 aa  277  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 295 aa  253  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 326 aa  245  6e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 305 aa  231  8.000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 335 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  220  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  219  3e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 297 aa  218  7e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.94 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 298 aa  217  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 319 aa  210  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.46 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 313 aa  208  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 295 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.86 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.63 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 320 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 296 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 294 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 294 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 306 aa  205  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 294 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  205  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 294 aa  205  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 294 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.37 
 
 		 295 aa  205  9e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 304 aa  205  9e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 328 aa  204  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>