More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1994 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  81.06 
 
 		 439 aa  726    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  76.66 
 
 		 438 aa  709    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  100 
 
 		 433 aa  902    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  76.89 
 
 		 438 aa  711    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  88.45 
 
 		 430 aa  803    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  78.31 
 
 		 411 aa  687    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  88.55 
 
 		 424 aa  796    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  88.79 
 
 		 424 aa  800    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  78.39 
 
 		 436 aa  695    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  69.38 
 
 		 396 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  68.98 
 
 		 395 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  67.55 
 
 		 377 aa  557  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  60.56 
 
 		 415 aa  548  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  66.49 
 
 		 395 aa  545  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  65.85 
 
 		 437 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  57.03 
 
 		 401 aa  481  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  56.96 
 
 		 421 aa  457  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  50.6 
 
 		 428 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  48.28 
 
 		 410 aa  393  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1316  putative peptidoglycan-binding protein  48.12 
 
 		 427 aa  364  1e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  47.68 
 
 		 400 aa  357  1.9999999999999998e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  43.51 
 
 		 395 aa  348  1e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  44.29 
 
 		 409 aa  346  4e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  42.22 
 
 		 417 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  42.19 
 
 		 434 aa  309  5.9999999999999995e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  37.53 
 
 		 454 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  42.59 
 
 		 470 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  38.21 
 
 		 432 aa  300  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  41.19 
 
 		 430 aa  300  3e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  40.21 
 
 		 398 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  37.2 
 
 		 409 aa  293  4e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  40.21 
 
 		 398 aa  293  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  40.22 
 
 		 438 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  39.26 
 
 		 427 aa  291  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  37.41 
 
 		 434 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  41.18 
 
 		 422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  36.66 
 
 		 457 aa  283  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  39.95 
 
 		 474 aa  281  1e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  37.99 
 
 		 455 aa  281  1e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  36.45 
 
 		 415 aa  277  3e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  39.52 
 
 		 466 aa  277  3e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  37.53 
 
 		 443 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  36.66 
 
 		 421 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  40.37 
 
 		 720 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  36.5 
 
 		 417 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  38.27 
 
 		 404 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  35.55 
 
 		 445 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  38.2 
 
 		 398 aa  272  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  38.16 
 
 		 448 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  36.94 
 
 		 445 aa  270  4e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  36.32 
 
 		 451 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  37.53 
 
 		 434 aa  270  5e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  37.41 
 
 		 448 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  37.74 
 
 		 419 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  38.46 
 
 		 464 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  41.23 
 
 		 347 aa  265  8e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  37.3 
 
 		 458 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  39.46 
 
 		 438 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  36.02 
 
 		 440 aa  265  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  36.79 
 
 		 481 aa  264  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1075  lytic murein transglycosylase  38.66 
 
 		 349 aa  264  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00383925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  37.77 
 
 		 461 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  36.47 
 
 		 438 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  37.13 
 
 		 412 aa  262  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  38.27 
 
 		 398 aa  262  8e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  36.34 
 
 		 438 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  38.27 
 
 		 398 aa  261  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  38.83 
 
 		 323 aa  261  2e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000590177  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  36.1 
 
 		 438 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  36.31 
 
 		 412 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  34.27 
 
 		 464 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  36.49 
 
 		 438 aa  259  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  37.74 
 
 		 413 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  38.01 
 
 		 411 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  36.49 
 
 		 462 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  37.74 
 
 		 462 aa  259  8e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  37.3 
 
 		 442 aa  259  9e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  35.63 
 
 		 470 aa  258  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  35.85 
 
 		 425 aa  258  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  37.14 
 
 		 469 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  37.74 
 
 		 398 aa  256  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  40.53 
 
 		 418 aa  256  8e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  37.2 
 
 		 398 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  36.93 
 
 		 417 aa  255  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  38.2 
 
 		 400 aa  253  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  38.01 
 
 		 419 aa  254  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  38.34 
 
 		 405 aa  253  7e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004084  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  37.62 
 
 		 323 aa  252  7e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  38.36 
 
 		 413 aa  252  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  36.1 
 
 		 424 aa  250  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  38.29 
 
 		 413 aa  250  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  36.39 
 
 		 429 aa  250  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01388  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  37.46 
 
 		 323 aa  250  4e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  38.17 
 
 		 406 aa  248  1e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1952  transglycolase  37.27 
 
 		 491 aa  248  2e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  36.53 
 
 		 429 aa  247  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  37.74 
 
 		 418 aa  246  6e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01141  putative transglycosylase  37.78 
 
 		 323 aa  245  9e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.629651  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  35.75 
 
 		 413 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2119  lytic murein transglycosylase  37.67 
 
 		 361 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0387524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>