More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1925 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 354 aa  716    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  89.55 
 
 		 354 aa  657    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  89.83 
 
 		 354 aa  640    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  89.27 
 
 		 354 aa  635    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  90.11 
 
 		 354 aa  643    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  90.11 
 
 		 354 aa  643    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  93.85 
 
 		 358 aa  680    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  94.13 
 
 		 358 aa  682    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  94.63 
 
 		 354 aa  685    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  77.05 
 
 		 354 aa  553  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  77.91 
 
 		 359 aa  549  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  76.49 
 
 		 354 aa  546  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  72.49 
 
 		 357 aa  525  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  77.91 
 
 		 363 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  74.34 
 
 		 368 aa  520  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  69.1 
 
 		 352 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  43.2 
 
 		 405 aa  275  7e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  43.57 
 
 		 376 aa  275  9e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.57 
 
 		 383 aa  194  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.68 
 
 		 430 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.2 
 
 		 377 aa  133  5e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  29.37 
 
 		 382 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.76 
 
 		 376 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 356 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.7 
 
 		 387 aa  127  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 379 aa  125  9e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 386 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.77 
 
 		 388 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 		 359 aa  122  7e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.31 
 
 		 367 aa  122  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.19 
 
 		 380 aa  121  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  30.8 
 
 		 421 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.35 
 
 		 354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  29.71 
 
 		 363 aa  119  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 		 434 aa  119  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  26.14 
 
 		 354 aa  119  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  26.12 
 
 		 368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 366 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.22 
 
 		 349 aa  117  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 		 372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.04 
 
 		 350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00325  cation efflux system protein  31.37 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888841  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 462 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 462 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 385 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.56 
 
 		 379 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.98 
 
 		 379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  23.96 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  27.43 
 
 		 392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.52 
 
 		 352 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 418 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  28.42 
 
 		 467 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  26.9 
 
 		 368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23.64 
 
 		 368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 		 374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  27.79 
 
 		 381 aa  110  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  28.47 
 
 		 415 aa  109  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  25.43 
 
 		 347 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  24.85 
 
 		 353 aa  109  8.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.85 
 
 		 368 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  27.25 
 
 		 449 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2903  RND family efflux transporter MFP subunit  26.04 
 
 		 383 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.14 
 
 		 376 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.84 
 
 		 347 aa  107  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 376 aa  106  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  24.23 
 
 		 372 aa  106  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 		 379 aa  106  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.03 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  28.44 
 
 		 401 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 362 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1676  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.81 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0197098  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 391 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2524  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 424 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.283395  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 407 aa  104  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  27.87 
 
 		 414 aa  103  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  23.27 
 
 		 371 aa  104  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.08 
 
 		 353 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  23.97 
 
 		 372 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.91 
 
 		 397 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.57 
 
 		 322 aa  103  6e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  26.24 
 
 		 414 aa  103  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 366 aa  102  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27 
 
 		 378 aa  102  9e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  26.57 
 
 		 391 aa  102  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  22.29 
 
 		 373 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  26.95 
 
 		 374 aa  102  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000422764  normal  0.160912 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  24.41 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  28.97 
 
 		 363 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.06 
 
 		 353 aa  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 395 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 345 aa  100  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.03 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  22.73 
 
 		 380 aa  100  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  29.77 
 
 		 361 aa  100  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 353 aa  100  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>