More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1860 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1860  response regulator  100 
 
 		 214 aa  441  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  99.07 
 
 		 214 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  99.07 
 
 		 214 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  99.07 
 
 		 214 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  99.07 
 
 		 214 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  99.53 
 
 		 214 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  99.53 
 
 		 214 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  98.13 
 
 		 226 aa  435  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  99.07 
 
 		 214 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  90.65 
 
 		 214 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  90.19 
 
 		 214 aa  403  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  89.81 
 
 		 216 aa  401  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  88.79 
 
 		 214 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  88.32 
 
 		 229 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  88.79 
 
 		 214 aa  394  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  84.11 
 
 		 214 aa  379  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  77.73 
 
 		 214 aa  344  5e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  77.25 
 
 		 214 aa  342  2.9999999999999997e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  76.67 
 
 		 227 aa  335  1.9999999999999998e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  71.09 
 
 		 218 aa  320  9.999999999999999e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  71.23 
 
 		 218 aa  312  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  71.23 
 
 		 218 aa  312  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  71.23 
 
 		 218 aa  312  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  71.23 
 
 		 218 aa  312  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  68.54 
 
 		 220 aa  311  5.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  68.72 
 
 		 218 aa  310  7.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  68.72 
 
 		 218 aa  310  7.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  68.72 
 
 		 218 aa  310  7.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  70.75 
 
 		 218 aa  310  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  70.75 
 
 		 218 aa  310  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  70.75 
 
 		 218 aa  310  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  70.75 
 
 		 218 aa  310  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  70.75 
 
 		 218 aa  310  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  70.75 
 
 		 218 aa  310  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  67.77 
 
 		 218 aa  310  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  70.75 
 
 		 218 aa  310  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  70.28 
 
 		 218 aa  308  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  70.62 
 
 		 218 aa  307  8e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  66.35 
 
 		 218 aa  304  7e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  66.35 
 
 		 218 aa  304  7e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  68.87 
 
 		 214 aa  303  1.0000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003098  BarA-associated response regulator UvrY  77.3 
 
 		 188 aa  297  7e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000268807  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  66.03 
 
 		 214 aa  289  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  59.24 
 
 		 214 aa  266  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01869  hypothetical protein  69.73 
 
 		 191 aa  267  1e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000330184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  59.62 
 
 		 214 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  59.62 
 
 		 214 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3067  two component LuxR family transcriptional regulator  60.19 
 
 		 208 aa  261  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  59.24 
 
 		 212 aa  259  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4099  DNA-binding response regulator GacA  58.77 
 
 		 212 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  0.0594882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1765  two component LuxR family transcriptional regulator  58.77 
 
 		 212 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456405  hitchhiker  0.00257365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2897  LuxR response regulator receiver  57.55 
 
 		 222 aa  254  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.017691  normal  0.317002 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 214 aa  254  5e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3024  DNA-binding response regulator GacA  57.55 
 
 		 214 aa  254  6e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26082  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25030  Response regulator GacA  59.9 
 
 		 209 aa  251  4.0000000000000004e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1191  two component LuxR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 219 aa  240  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.259161  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01879  response regulator  69.94 
 
 		 169 aa  235  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000614586  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2132  two component LuxR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 214 aa  232  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0449794  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  49.05 
 
 		 219 aa  224  1e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  49.05 
 
 		 219 aa  222  3e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3672  two component LuxR family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 181 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309643  hitchhiker  0.000000290511 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  50.23 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3242  two component LuxR family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 213 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000371761  hitchhiker  0.000468813 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 211 aa  195  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  42.38 
 
 		 214 aa  194  7e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 214 aa  194  8.000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  42.38 
 
 		 216 aa  192  2e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 216 aa  192  2e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0703  LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 211 aa  192  4e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000151408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0677  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 211 aa  191  5e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00533706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.54 
 
 		 215 aa  191  8e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  43.54 
 
 		 215 aa  188  5e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2054  response regulator receiver domain-containing protein  50.52 
 
 		 198 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.595634 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 213 aa  187  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  40.67 
 
 		 211 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2089  two component LuxR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 220 aa  178  7e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.954326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2177  response regulator receiver protein  42.44 
 
 		 220 aa  178  7e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.430622  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0830  transcriptional regulator  40.19 
 
 		 211 aa  177  7e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  40.95 
 
 		 217 aa  172  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 213 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 217 aa  172  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 210 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4382  two component LuxR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 209 aa  171  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.76 
 
 		 210 aa  170  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 215 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 210 aa  169  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0032  two component LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 210 aa  168  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.245451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0127  LuxR family DNA-binding response regulator  37.74 
 
 		 215 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914848  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1551  LuxR family DNA-binding response regulator  37.74 
 
 		 215 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1634  LuxR family DNA-binding response regulator  37.74 
 
 		 215 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 211 aa  167  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.83 
 
 		 215 aa  167  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 215 aa  167  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  38.1 
 
 		 210 aa  166  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.57 
 
 		 210 aa  166  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4108  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.57 
 
 		 210 aa  166  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.755468  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  40.28 
 
 		 209 aa  165  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1247  LuxR family DNA-binding response regulator  37.26 
 
 		 215 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>