168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1821 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  100 
 
 		 398 aa  806    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  79.16 
 
 		 403 aa  653    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000133613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  78.86 
 
 		 402 aa  644    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000337456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  80.15 
 
 		 403 aa  659    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000207941  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  79.16 
 
 		 403 aa  654    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000866519  hitchhiker  0.00000818773 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  80.4 
 
 		 403 aa  662    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000730706  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  79.6 
 
 		 402 aa  623  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000293387  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  79.35 
 
 		 402 aa  621  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  0.0000300208 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  72.64 
 
 		 402 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000908733  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2628  porin  78.61 
 
 		 402 aa  609  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000106502  hitchhiker  0.00000892589 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  73.63 
 
 		 402 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000429036  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  71.78 
 
 		 402 aa  585  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000611786  decreased coverage  0.00000268212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  69.55 
 
 		 402 aa  567  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  69.06 
 
 		 403 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000211873  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  62.5 
 
 		 403 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1568  porin  59.61 
 
 		 403 aa  471  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  hitchhiker  0.00000152354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  55.67 
 
 		 388 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  52.01 
 
 		 382 aa  391  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  36.45 
 
 		 384 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  37.68 
 
 		 384 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  37.68 
 
 		 384 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  37.44 
 
 		 384 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  37.44 
 
 		 384 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  35.47 
 
 		 384 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  35.47 
 
 		 384 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  35.47 
 
 		 384 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  36.21 
 
 		 384 aa  237  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  35.92 
 
 		 389 aa  233  5e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  34.95 
 
 		 389 aa  227  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  34.55 
 
 		 385 aa  226  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  33.49 
 
 		 389 aa  224  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  35.92 
 
 		 385 aa  224  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  38.01 
 
 		 384 aa  215  9e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  27.7 
 
 		 365 aa  106  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  34.95 
 
 		 324 aa  93.6  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  26.4 
 
 		 340 aa  90.9  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  26.49 
 
 		 352 aa  83.6  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  26.32 
 
 		 352 aa  80.5  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  26.97 
 
 		 371 aa  79.7  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000019147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  26.97 
 
 		 371 aa  79.7  0.00000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  26.97 
 
 		 371 aa  79.7  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  27.34 
 
 		 370 aa  72  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  25.79 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  25.72 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  24.02 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  25.42 
 
 		 378 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  25.9 
 
 		 330 aa  62  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  25.18 
 
 		 378 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  34.04 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  24.88 
 
 		 378 aa  60.1  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  24.88 
 
 		 378 aa  60.1  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  24.88 
 
 		 378 aa  60.1  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  30.97 
 
 		 331 aa  59.3  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  24.29 
 
 		 365 aa  58.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2795  outer membrane porin protein C  24.64 
 
 		 372 aa  58.2  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00922509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  25.31 
 
 		 360 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  23.34 
 
 		 368 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  25.31 
 
 		 360 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  25.31 
 
 		 360 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  24.7 
 
 		 383 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  25.3 
 
 		 362 aa  56.6  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  25 
 
 		 378 aa  56.6  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  25.3 
 
 		 362 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  25.3 
 
 		 362 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  23.23 
 
 		 367 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  22.58 
 
 		 359 aa  55.8  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  25.3 
 
 		 362 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  22.98 
 
 		 376 aa  56.2  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  24.44 
 
 		 360 aa  56.2  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  26.46 
 
 		 363 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  26.46 
 
 		 363 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  32.62 
 
 		 380 aa  55.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  26.46 
 
 		 363 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  26.46 
 
 		 363 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  27.45 
 
 		 378 aa  54.3  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  26.46 
 
 		 363 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  25.36 
 
 		 360 aa  54.3  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000040387  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1702  porin family protein  24.63 
 
 		 366 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0189246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  23.47 
 
 		 363 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000192905  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  22.74 
 
 		 376 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  27.25 
 
 		 377 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  27.25 
 
 		 377 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  27.25 
 
 		 377 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2083  gram-negative porin family protein  24.88 
 
 		 366 aa  53.5  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0588  major outer membrane protein OmpU  29.32 
 
 		 333 aa  53.1  0.000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0116995  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1443  porin Gram-negative type  24.28 
 
 		 367 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990421  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  26.98 
 
 		 377 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  26.98 
 
 		 377 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  26.98 
 
 		 377 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  26.98 
 
 		 377 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002599  outer membrane protein OmpU  25.13 
 
 		 336 aa  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0233564  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1730  porin  25.42 
 
 		 369 aa  51.6  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00293132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1806  outer membrane protein N  26.06 
 
 		 372 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0174534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1634  outer membrane protein N  26.06 
 
 		 372 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.952827  normal  0.939851 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1641  outer membrane protein N  26.06 
 
 		 372 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00375551  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1642  outer membrane protein N  26.06 
 
 		 372 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1701  outer membrane protein N  26.06 
 
 		 372 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1124  outer membrane protein N  23.24 
 
 		 403 aa  50.8  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2364  outer membrane porin protein C  23.83 
 
 		 364 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0333811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0971  putative outer membrane protein  27.14 
 
 		 381 aa  50.1  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>