More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1699 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  100 
 
 
1075 aa  2209    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  76.59 
 
 
1089 aa  1678    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  52.11 
 
 
1131 aa  1094    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  47.7 
 
 
1124 aa  974    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  80.71 
 
 
1063 aa  1727    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  82.98 
 
 
1075 aa  1832    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  90.23 
 
 
1075 aa  1981    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  61.61 
 
 
1102 aa  1392    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  37.65 
 
 
1092 aa  649    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  83.19 
 
 
1080 aa  1785    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  76.68 
 
 
1089 aa  1680    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  50.64 
 
 
1074 aa  1018    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  75.75 
 
 
1067 aa  1638    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  77.57 
 
 
1092 aa  1659    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4287  HEAT repeat-domain-containing protein-like protein  29.64 
 
 
1194 aa  147  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.248989  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2167  serine/threonine protein kinase  27.88 
 
 
973 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.037734  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5605  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.43 
 
 
1823 aa  135  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.899312  normal  0.15288 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4807  serine/threonine protein kinase  27.25 
 
 
1078 aa  134  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.551353  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3207  WD-40 repeat-containing protein  29.29 
 
 
1157 aa  133  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.357908 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5405  hypothetical protein  28.05 
 
 
1073 aa  125  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5302  serine/threonine protein kinase  27.09 
 
 
972 aa  123  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2159  serine/threonine protein kinase  27.42 
 
 
1353 aa  120  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  28.76 
 
 
1357 aa  120  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6918  transcriptional regulator, XRE family  29.37 
 
 
1334 aa  119  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00260237  hitchhiker  0.000100378 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  25 
 
 
1344 aa  118  6e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0372  serine/threonine protein kinase  26.72 
 
 
1032 aa  117  7.999999999999999e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.904942 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1418  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.52 
 
 
1607 aa  117  8.999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1092  serine/threonine protein kinase  27.65 
 
 
969 aa  117  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1191  serine/threonine protein kinase  27.65 
 
 
969 aa  117  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1417  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.39 
 
 
1598 aa  116  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3444  WD-40 repeat protein  26.57 
 
 
1308 aa  116  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.777666  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3910  WD-40 repeat-containing protein  28.54 
 
 
1152 aa  115  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1272  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.12 
 
 
1190 aa  114  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000159501 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0571  serine/threonine protein kinase  26.94 
 
 
965 aa  114  8.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.616948 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1225  serine/threonine protein kinase  26.71 
 
 
897 aa  114  8.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.692846  normal  0.0133766 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  25.73 
 
 
1399 aa  114  8.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.71 
 
 
1684 aa  113  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2525  serine/threonine protein kinase  26.4 
 
 
947 aa  112  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0438712  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03461  transcriptional regulator  42.07 
 
 
205 aa  112  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0573  transcriptional activator domain-containing protein  26.05 
 
 
1699 aa  112  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.836093  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1422  serine/threonine protein kinase  26.92 
 
 
1046 aa  112  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.91 
 
 
1599 aa  110  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  25.11 
 
 
902 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  26.01 
 
 
1236 aa  109  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7085  WD-40 repeat-containing protein  27.35 
 
 
1265 aa  107  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6551  serine/threonine protein kinase  26.56 
 
 
1013 aa  107  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.285307 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  26.67 
 
 
1510 aa  107  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1433  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.52 
 
 
1583 aa  106  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.51 
 
 
1481 aa  106  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3823  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.05 
 
 
1617 aa  104  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0782446 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1793  transcriptional regulator, XRE family  26.64 
 
 
901 aa  101  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.03808  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3123  hypothetical protein  25.67 
 
 
1392 aa  99  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2751  WD-40 repeat-containing protein  26.95 
 
 
1355 aa  97.8  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.865283 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2424  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.91 
 
 
986 aa  94.4  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.918325  normal  0.204979 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6182  serine/threonine protein kinase  26.49 
 
 
1314 aa  94  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  43.88 
 
 
412 aa  94.4  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3296  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.84 
 
 
1547 aa  93.2  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.558559 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4184  hypothetical protein  26.67 
 
 
1657 aa  93.2  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0532898  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  23.88 
 
 
1553 aa  92.8  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.79 
 
 
1686 aa  92.4  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0794  tetratricopeptide TPR_4  22.99 
 
 
539 aa  91.3  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.674308  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.1 
 
 
1240 aa  90.5  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.1 
 
 
1609 aa  90.1  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0276  WD-40 repeat-containing protein  25.65 
 
 
994 aa  87.4  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2232  serine/threonine protein kinase  24.5 
 
 
1085 aa  87.4  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.235062  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3798  WD40 repeat, subgroup  26.23 
 
 
1301 aa  85.9  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6781  WD-40 repeat-containing protein  22.98 
 
 
1230 aa  83.2  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.57679  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1024  hypothetical protein  22.3 
 
 
1026 aa  83.2  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000341432  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2911  transcriptional regulator, SARP family  28.53 
 
 
885 aa  83.2  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00504446  hitchhiker  0.0000384659 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7125  WD-40 repeat-containing protein  25.48 
 
 
1401 aa  82.8  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.62 
 
 
1711 aa  82.4  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  41 
 
 
711 aa  80.9  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  28.06 
 
 
1733 aa  80.5  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  21.7 
 
 
1760 aa  78.6  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  25.79 
 
 
928 aa  77  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3295  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.3 
 
 
1398 aa  77  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.74 
 
 
1267 aa  77.4  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.164436 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4789  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.74 
 
 
1623 aa  76.3  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.702991  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2638  hypothetical protein  22.04 
 
 
681 aa  75.5  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.55896  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  40.59 
 
 
691 aa  75.1  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  35.57 
 
 
961 aa  73.9  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.58 
 
 
512 aa  73.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  34.62 
 
 
512 aa  72.8  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  34.62 
 
 
512 aa  72.8  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 
512 aa  72.8  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 
512 aa  72.8  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 
512 aa  72.8  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 
512 aa  72.8  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 
512 aa  72.8  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3825  serine/threonine protein kinase  24.28 
 
 
1014 aa  72.4  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.445982  normal  0.0369399 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  34.55 
 
 
762 aa  71.2  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0928  serine/threonine protein kinase  24.5 
 
 
1005 aa  71.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  36.89 
 
 
729 aa  70.5  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  38.71 
 
 
693 aa  69.7  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  31.29 
 
 
1020 aa  69.3  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.88 
 
 
514 aa  69.7  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.29 
 
 
514 aa  68.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2824  serine/threonine protein kinase  24.32 
 
 
1020 aa  69.3  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.533566  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.29 
 
 
514 aa  68.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.29 
 
 
514 aa  68.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>