More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1205 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 147 aa  294  3e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  96.58 
 
 		 146 aa  280  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  95.89 
 
 		 146 aa  279  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  92.47 
 
 		 146 aa  271  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3238  ribosome-binding factor A  85.43 
 
 		 157 aa  229  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1129  ribosome-binding factor A  85.43 
 
 		 157 aa  229  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0360009  unclonable  0.00000000000396906 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  87.2 
 
 		 143 aa  229  7.000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3416  ribosome-binding factor A  85.43 
 
 		 157 aa  229  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.523215  hitchhiker  0.00061048 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3279  ribosome-binding factor A  85.43 
 
 		 157 aa  229  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  84.62 
 
 		 142 aa  228  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2833  ribosome-binding factor A  90.44 
 
 		 149 aa  222  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  75.54 
 
 		 137 aa  209  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  76.39 
 
 		 142 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3388  ribosome-binding factor A  75 
 
 		 143 aa  193  8.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.990819  hitchhiker  0.00369045 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3560  ribosome-binding factor A  76.74 
 
 		 140 aa  183  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000743312 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2826  ribosome-binding factor A  76.39 
 
 		 140 aa  173  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.620262  hitchhiker  0.00369289 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  55.97 
 
 		 137 aa  155  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  55.73 
 
 		 131 aa  154  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  54.47 
 
 		 126 aa  152  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  53.79 
 
 		 136 aa  149  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  54.2 
 
 		 135 aa  149  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  53.79 
 
 		 136 aa  149  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  53.79 
 
 		 136 aa  149  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  54.2 
 
 		 136 aa  148  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  53.44 
 
 		 133 aa  147  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  53.79 
 
 		 132 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  52.67 
 
 		 136 aa  145  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  52.94 
 
 		 142 aa  144  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1696  ribosome-binding factor A  52.24 
 
 		 138 aa  142  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  51.52 
 
 		 132 aa  141  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  52.85 
 
 		 132 aa  141  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  55.46 
 
 		 133 aa  140  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  52.42 
 
 		 133 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  52.42 
 
 		 133 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  137  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  137  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  137  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  51.61 
 
 		 133 aa  137  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  137  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  137  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  137  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  137  6e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  137  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 133 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  53.33 
 
 		 133 aa  135  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  42.76 
 
 		 132 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  42.76 
 
 		 132 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  47.5 
 
 		 132 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  47.5 
 
 		 132 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  43.97 
 
 		 138 aa  120  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  43.08 
 
 		 138 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  49.59 
 
 		 129 aa  119  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  49.12 
 
 		 131 aa  117  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 133 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01761  ribosome-binding factor A  44.09 
 
 		 133 aa  115  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.138056  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  43.8 
 
 		 129 aa  114  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  45 
 
 		 128 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  45.16 
 
 		 129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  42.4 
 
 		 126 aa  110  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  44 
 
 		 143 aa  109  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  43.44 
 
 		 147 aa  107  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  43.28 
 
 		 127 aa  105  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  37.78 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  37.23 
 
 		 141 aa  105  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  38.52 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  40.5 
 
 		 123 aa  100  6e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  40.5 
 
 		 123 aa  99.8  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 122 aa  98.6  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 128 aa  97.4  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  44.07 
 
 		 119 aa  95.5  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  37.29 
 
 		 124 aa  95.5  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 		 126 aa  95.1  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 120 aa  94.7  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 132 aa  94.4  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 		 116 aa  94  6e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  40.17 
 
 		 118 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  40.17 
 
 		 118 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0630  ribosome-binding factor A  35.07 
 
 		 134 aa  92  2e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  40.17 
 
 		 118 aa  92.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  39.32 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  39.32 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 		 130 aa  90.9  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 		 116 aa  90.9  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  37.9 
 
 		 127 aa  90.5  7e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  41.38 
 
 		 125 aa  90.1  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  40.91 
 
 		 118 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  38.57 
 
 		 140 aa  88.6  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  38.84 
 
 		 128 aa  89  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 118 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 118 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 118 aa  88.2  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 		 119 aa  85.5  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  36.13 
 
 		 139 aa  85.9  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>