More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1046 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1046  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0921  LysR family transcriptional regulator  95.61 
 
 		 296 aa  558  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.422562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0884  LysR family transcriptional regulator  95.27 
 
 		 296 aa  556  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000164987  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3051  LysR family transcriptional regulator  95.27 
 
 		 296 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000517942  normal  0.0334887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  89.86 
 
 		 296 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  89.86 
 
 		 296 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  89.86 
 
 		 296 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0988  LysR family transcriptional regulator  89.19 
 
 		 296 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3026  LysR family transcriptional regulator  89.15 
 
 		 296 aa  518  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  67.46 
 
 		 298 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0901  LysR family transcriptional regulator  68.38 
 
 		 302 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000228882 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2928  LysR family transcriptional regulator  65.53 
 
 		 296 aa  383  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0645759  normal  0.282889 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  59.25 
 
 		 297 aa  363  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  40.21 
 
 		 294 aa  232  5e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  40.21 
 
 		 294 aa  232  7.000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19670  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.663565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1693  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 320 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.57 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0420  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 296 aa  195  6e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 311 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 319 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0340  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 296 aa  176  6e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 308 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0324  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  32.19 
 
 		 295 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  32.19 
 
 		 295 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  32.19 
 
 		 295 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  32.19 
 
 		 295 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  32.19 
 
 		 295 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  34.21 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1324  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  27.46 
 
 		 292 aa  147  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 292 aa  147  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1401  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  29.01 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1336  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.916876  normal  0.272272 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1795  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00491108  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>