40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0783 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011083  SeHA_C2943  putative DNA/RNA helicase  57.32 
 
 		 660 aa  765    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0569603  unclonable  1.9165499999999998e-31 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0783  hypothetical protein  100 
 
 		 662 aa  1364    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3306  hypothetical protein  63.2 
 
 		 662 aa  887    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000532342  normal  0.261438 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4009  putative ATP-dependent helicase  41.52 
 
 		 677 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00213516  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2003  putative ATP-dependent helicase  40.65 
 
 		 662 aa  434  1e-120  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.148023  hitchhiker  0.00375343 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2277  hypothetical protein  28.67 
 
 		 720 aa  92  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000453679  hitchhiker  0.0000445422 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2231  hypothetical protein  25.96 
 
 		 702 aa  91.7  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0202187  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0097  hypothetical protein  29.18 
 
 		 719 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0544866  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4786  pentapeptide repeat protein  22.99 
 
 		 824 aa  77.8  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2162  hypothetical protein  26.85 
 
 		 710 aa  76.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.26102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2222  hypothetical protein  27.59 
 
 		 723 aa  75.5  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.747509  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  28.22 
 
 		 568 aa  58.9  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  22.04 
 
 		 588 aa  57.8  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  23.25 
 
 		 559 aa  57.8  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2440  pentapeptide repeat protein  26.69 
 
 		 830 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  24.62 
 
 		 619 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4576  AAA ATPase  27.33 
 
 		 533 aa  54.7  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3670  pentapeptide repeat protein  26.34 
 
 		 830 aa  53.5  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.414516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0969  hypothetical protein  22.84 
 
 		 726 aa  52.8  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  32.1 
 
 		 759 aa  52.8  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1013  hypothetical protein  22.84 
 
 		 726 aa  52.8  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  23.04 
 
 		 625 aa  51.6  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  22.63 
 
 		 616 aa  50.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  38.27 
 
 		 613 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  25 
 
 		 616 aa  47.8  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  22.84 
 
 		 579 aa  47.8  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  21.3 
 
 		 612 aa  47.8  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1146  hypothetical protein  25 
 
 		 551 aa  46.2  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  23.25 
 
 		 574 aa  46.6  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  24.4 
 
 		 632 aa  45.4  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  33.85 
 
 		 717 aa  45.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4664  hypothetical protein  23.08 
 
 		 557 aa  45.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3704  hypothetical protein  23.08 
 
 		 557 aa  45.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.064418  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  31.88 
 
 		 705 aa  45.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4510  NERD domain-containing protein  23.08 
 
 		 555 aa  44.7  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4026  NERD domain-containing protein  25 
 
 		 555 aa  44.7  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4052  hypothetical protein  23.08 
 
 		 555 aa  44.3  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2691  hypothetical protein  25 
 
 		 382 aa  44.3  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.486273  normal  0.199519 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  20.36 
 
 		 601 aa  43.9  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  46.67 
 
 		 752 aa  43.9  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>