More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0767 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0767  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
138 aa  283  4e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  95.41 
 
 
300 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  95.41 
 
 
300 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  94.5 
 
 
300 aa  215  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  92.66 
 
 
300 aa  214  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  92.66 
 
 
300 aa  214  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  92.66 
 
 
300 aa  214  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  92.66 
 
 
300 aa  213  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  90.83 
 
 
302 aa  210  3.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  79.63 
 
 
299 aa  183  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  59.15 
 
 
298 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  69.83 
 
 
301 aa  165  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  66.97 
 
 
298 aa  158  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  61.11 
 
 
307 aa  132  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  44.44 
 
 
312 aa  90.9  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  40.37 
 
 
299 aa  89.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
355 aa  87.4  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  42.59 
 
 
355 aa  87  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  42.59 
 
 
312 aa  87  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 
353 aa  87  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  42.59 
 
 
312 aa  87  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
349 aa  86.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
303 aa  86.7  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
349 aa  86.7  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
349 aa  86.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
349 aa  86.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
349 aa  86.7  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
349 aa  86.7  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.68 
 
 
335 aa  86.7  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
349 aa  85.5  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 
367 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
351 aa  85.1  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
362 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
367 aa  85.1  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 
320 aa  85.1  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
310 aa  85.1  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  37.5 
 
 
351 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
351 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  44.04 
 
 
309 aa  84.7  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
351 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
351 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
351 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
351 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
351 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  40.37 
 
 
301 aa  84  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  37.8 
 
 
295 aa  83.6  8e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 
296 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
302 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
306 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  38.6 
 
 
306 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2140  transcriptional regulator, LysR family  39.81 
 
 
298 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
299 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
312 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
302 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 
301 aa  80.1  0.000000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1863  regulatory protein LysR  34.86 
 
 
301 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.508971  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
302 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1655  regulatory protein LysR:LysR, substrate-binding  33.93 
 
 
301 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.066773 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1801  regulatory protein LysR  34.86 
 
 
301 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0384326  normal  0.0215354 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.86 
 
 
301 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.866328  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1802  regulatory protein LysR:LysR, substrate-binding  34.86 
 
 
301 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.450792 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
303 aa  79.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52930  transcriptional regulator  36.22 
 
 
314 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30988  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 
298 aa  78.6  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4638  transcriptional regulator  36.22 
 
 
314 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.54 
 
 
300 aa  77.8  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
334 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0259  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
330 aa  77  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
300 aa  77  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.4 
 
 
298 aa  76.3  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
288 aa  76.3  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2420  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
334 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0259227 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.61 
 
 
297 aa  76.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3585  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 
312 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0364205  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4379  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
301 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
307 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 
294 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 
334 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
307 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
295 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0937  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 
322 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
302 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
334 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
295 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
302 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
295 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
324 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  35.85 
 
 
302 aa  75.5  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
307 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
296 aa  75.9  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1262  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
315 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.902208 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
303 aa  75.1  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4584  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
315 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143082  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
314 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
302 aa  75.1  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>