139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0641 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  496  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  50.88 
 
 		 247 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  50.44 
 
 		 247 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 248 aa  176  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  35.43 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  33.85 
 
 		 215 aa  124  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  35.02 
 
 		 264 aa  122  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  32.89 
 
 		 235 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  34.58 
 
 		 264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  30.67 
 
 		 230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  31.28 
 
 		 230 aa  106  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  25.79 
 
 		 211 aa  90.9  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  32.11 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  28.97 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  25.89 
 
 		 219 aa  87  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  38.19 
 
 		 233 aa  86.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  43.44 
 
 		 222 aa  85.1  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0617  putative phage repressor  28.12 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  35.46 
 
 		 193 aa  81.3  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  29.44 
 
 		 216 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  25.91 
 
 		 219 aa  80.5  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  37.4 
 
 		 213 aa  79.3  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1643  repressor protein, putative  26.84 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.102671  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  26.54 
 
 		 209 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  25.21 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0641  putative phage repressor  27.07 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  27.69 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  35.33 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  29.35 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  29.35 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1094  putative phage repressor  29.7 
 
 		 249 aa  73.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  30 
 
 		 219 aa  72.8  0.000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  30.3 
 
 		 292 aa  72  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  28.38 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  30.82 
 
 		 227 aa  70.5  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  27.16 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  25.11 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1158  transcriptional regulator, putative  30.28 
 
 		 270 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  24.77 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  26.11 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  24.02 
 
 		 252 aa  69.7  0.00000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  24.59 
 
 		 270 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  35.51 
 
 		 261 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  25 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  35.48 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  25 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  26.92 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  29.83 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  32.06 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0717  phage repressor  27.07 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  29.21 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  29.06 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  23.45 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  25.4 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  21.4 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  27.53 
 
 		 229 aa  62.4  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  28.33 
 
 		 256 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0889  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  24.5 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0569  phage repressor protein, putative  25.85 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.251206  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1395  putative phage repressor  34.48 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3262  putative phage repressor  27.2 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  22.12 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06231  hypothetical protein  47.62 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  29.29 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.02032 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000476  hypothetical protein  47.62 
 
 		 137 aa  58.9  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0316  putative phage repressor protein  25.85 
 
 		 244 aa  58.5  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00907838  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1619  putative phage repressor  26.58 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0134521  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1743  putative phage repressor  44.62 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.487543 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0623  peptidase S24, S26A and S26B  27.83 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.471102 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  23.77 
 
 		 229 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2378  bacteriophage CI repressor  35.38 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00068987  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1124  putative phage repressor protein  25.12 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000298454  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  24.22 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0976  putative phage repressor  23.94 
 
 		 284 aa  55.8  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.786838  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  22.37 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4549  putative phage repressor  32.93 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  22.37 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  22.37 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0721  transcriptional regulator, putative  25.94 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  42.42 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1011  putative phage repressor  24.53 
 
 		 218 aa  55.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.763396  unclonable  0.00000301408 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  22.84 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  27.64 
 
 		 230 aa  53.9  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0218  hypothetical protein  37.18 
 
 		 187 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.201268  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  39.44 
 
 		 302 aa  53.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  23.77 
 
 		 229 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  29.41 
 
 		 216 aa  53.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  29.61 
 
 		 273 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0998  putative phage repressor  23.38 
 
 		 284 aa  52.8  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891083  hitchhiker  0.000269405 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3976  prophage MuMc02, S24 family peptidase  43.14 
 
 		 57 aa  52.8  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.275269 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4500  putative phage repressor  31.19 
 
 		 234 aa  52.4  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.145923 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3556  repressor protein CI  26.22 
 
 		 235 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.860167  hitchhiker  9.00539e-18 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 283 aa  52  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1866  putative phage repressor  23.5 
 
 		 244 aa  52  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1669  helix-turn-helix domain protein  45.16 
 
 		 163 aa  51.2  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  32.67 
 
 		 233 aa  51.6  0.00001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  21.94 
 
 		 240 aa  50.8  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  34.55 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>