222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0565 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0565  adhesion protein, putative  100 
 
 		 293 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0567  periplasmic solute binding protein  93.4 
 
 		 302 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3463  periplasmic solute binding protein  93.4 
 
 		 302 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0566  periplasmic solute binding protein  93.4 
 
 		 302 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3924  periplasmic solute binding protein  87.37 
 
 		 302 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0527  periplasmic solute binding protein  87.37 
 
 		 302 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000427742  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3798  periplasmic solute binding protein  87.37 
 
 		 302 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.173939  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3741  periplasmic solute binding protein  87.37 
 
 		 302 aa  540  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.434352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3310  periplasmic solute binding protein  85.67 
 
 		 302 aa  527  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0243618  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3516  periplasmic solute binding protein  77.43 
 
 		 288 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.996617  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0448  periplasmic solute binding protein  76.11 
 
 		 303 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.158105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3715  periplasmic solute binding protein  75.44 
 
 		 307 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108388  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4333  periplasmic solute binding protein  73.72 
 
 		 303 aa  462  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0617  periplasmic solute binding protein  74.4 
 
 		 304 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00875081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0528  periplasmic solute binding protein  69.9 
 
 		 315 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000128694  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3141  adhesion protein, putative  73.31 
 
 		 302 aa  434  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.452459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000605  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  48.97 
 
 		 308 aa  298  8e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000153864  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0199  periplasmic solute binding protein  48.94 
 
 		 298 aa  297  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.254854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2538  zinc/manganese transport system substrate-binding protein  51.45 
 
 		 297 aa  296  2e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.41437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06465  hypothetical protein  48.36 
 
 		 308 aa  296  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1548  periplasmic solute binding protein  37.86 
 
 		 294 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000077382  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1530  periplasmic solute binding protein  39.31 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.311517  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1625  periplasmic solute binding protein  39.48 
 
 		 299 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.624808  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3917  periplasmic solute binding protein  36.47 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.247464  normal  0.1329 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2339  ABC metal ion transporter, periplasmic solute binding protein  38.99 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.591821  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1535  periplasmic solute binding protein  42.91 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.619757 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0972  periplasmic solute binding protein  35.56 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0180469  normal  0.0507696 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0051  periplasmic solute binding protein  31.25 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.958228  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0490  periplasmic solute binding protein  30.29 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2435  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0108745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3052  periplasmic solute binding protein  32.47 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2781  periplasmic solute binding protein  27.86 
 
 		 318 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18350  periplasmic solute binding protein  24.12 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303257  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  24.61 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1681  periplasmic solute binding protein  23.27 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  21.43 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  24.1 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7033  periplasmic solute binding protein  23.1 
 
 		 315 aa  62.4  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2836  periplasmic solute binding protein  26.79 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03390  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  29.76 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.563003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  23.63 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0094  periplasmic solute binding protein  24.55 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000753569  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  20 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  24.87 
 
 		 311 aa  59.3  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  26.07 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  24.59 
 
 		 317 aa  58.9  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1793  putative carbon storage regulator-like protein  22.78 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.265514  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0400  periplasmic solute binding protein  23.25 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  21.54 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  25.45 
 
 		 346 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  23.31 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0860  periplasmic solute binding protein  23.71 
 
 		 298 aa  57  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00530614  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  26.29 
 
 		 293 aa  57  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  25.17 
 
 		 365 aa  56.6  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  23.4 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0690  ABC transporter solute-binding protein  28.21 
 
 		 333 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3814  periplasmic solute binding protein  22.89 
 
 		 331 aa  56.2  0.0000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.906416  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  22.75 
 
 		 358 aa  55.8  0.0000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  23.28 
 
 		 314 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  23.26 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  23.28 
 
 		 314 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  23.28 
 
 		 314 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11141  hypothetical protein  23.11 
 
 		 324 aa  55.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.201387 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06745  hypothetical protein  22 
 
 		 311 aa  55.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  23.28 
 
 		 314 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  23.28 
 
 		 314 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1015  periplasmic solute binding protein  24.43 
 
 		 293 aa  54.7  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  21.89 
 
 		 368 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  24.08 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  21.08 
 
 		 307 aa  54.3  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  22.93 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  24.08 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  27.27 
 
 		 303 aa  53.9  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1071  periplasmic solute binding protein  27.71 
 
 		 306 aa  53.9  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  19.2 
 
 		 316 aa  53.9  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  24.17 
 
 		 307 aa  53.5  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0866  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  28.21 
 
 		 320 aa  53.5  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0328  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  27.69 
 
 		 291 aa  53.5  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344237  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0626  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.69 
 
 		 320 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.695512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2460  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.69 
 
 		 320 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0074  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.69 
 
 		 312 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1937  periplasmic solute binding protein  27.23 
 
 		 311 aa  53.1  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.456944  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0870  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.69 
 
 		 320 aa  53.1  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1029  ABC transporter substrate binding protein  27.69 
 
 		 393 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  19.2 
 
 		 316 aa  52.8  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  19.2 
 
 		 316 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  19.2 
 
 		 316 aa  52.8  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00830  ABC transporter, periplasmic binding protein  25.79 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0135  periplasmic solute binding protein  23.68 
 
 		 318 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972392 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0039  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  22.94 
 
 		 278 aa  52  0.00001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1216  periplasmic solute binding protein  18.88 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  18.41 
 
 		 302 aa  52  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2516  periplasmic solute binding protein  25.94 
 
 		 304 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.322122 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  21.76 
 
 		 328 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  21.76 
 
 		 310 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  21.76 
 
 		 310 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1674  adhesion protein, putative  19.65 
 
 		 311 aa  51.2  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0484174  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  21.76 
 
 		 310 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  21.76 
 
 		 352 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  18.4 
 
 		 316 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>