More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0529 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  100 
 
 		 294 aa  613  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  95.83 
 
 		 288 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  82.93 
 
 		 288 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  83.28 
 
 		 288 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  82.93 
 
 		 288 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  60.42 
 
 		 288 aa  355  5e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 296 aa  208  8e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 315 aa  205  9e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 286 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  38.35 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 316 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  33.9 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.44 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.44 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.01 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  34.27 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.15 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.15 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.15 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.15 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  35.31 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 287 aa  155  8e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  36.81 
 
 		 309 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  35.17 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  36.74 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1175  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  31.23 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2105  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.289933 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1034  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 292 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.621257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01269  transcriptional regulator  34.07 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.595927  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 310 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 321 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>