More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0402 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  634    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  94.35 
 
 		 310 aa  569  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  94.65 
 
 		 305 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  93.98 
 
 		 305 aa  567  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  88.96 
 
 		 309 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  88.67 
 
 		 308 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  88 
 
 		 308 aa  534  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  88 
 
 		 308 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  88 
 
 		 308 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 300 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  68.26 
 
 		 301 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  68.26 
 
 		 304 aa  434  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  65.78 
 
 		 307 aa  424  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 319 aa  373  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  50.82 
 
 		 307 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  47.33 
 
 		 302 aa  310  1e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 311 aa  305  9.000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 304 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  50.51 
 
 		 306 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 323 aa  300  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.01 
 
 		 307 aa  300  3e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  44.41 
 
 		 299 aa  298  6e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  53.02 
 
 		 309 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 320 aa  290  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  42.67 
 
 		 311 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 307 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 299 aa  278  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  47.96 
 
 		 304 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 		 304 aa  275  5e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 302 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 310 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  45.25 
 
 		 319 aa  267  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 299 aa  265  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  42.27 
 
 		 307 aa  263  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 324 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 354 aa  259  3e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  41.58 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 313 aa  255  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 296 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 296 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 296 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 309 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 307 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 307 aa  245  6e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 309 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.21 
 
 		 311 aa  232  6e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 331 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 331 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 327 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 327 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 211 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  192  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4032  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 314 aa  181  9.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 289 aa  179  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>