256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0382 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 
439 aa  907  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  38.23 
 
 
425 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  42.65 
 
 
425 aa  193  4e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  33.6 
 
 
374 aa  183  5e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.61 
 
 
423 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  29.4 
 
 
432 aa  136  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.49 
 
 
413 aa  134  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  26.97 
 
 
435 aa  126  6e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.66 
 
 
422 aa  124  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  30.9 
 
 
429 aa  122  1e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.97 
 
 
429 aa  122  1e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  26.28 
 
 
415 aa  122  2e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  40 
 
 
401 aa  117  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.1 
 
 
442 aa  116  9e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  26.39 
 
 
454 aa  115  2e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.01 
 
 
417 aa  114  4e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  29.08 
 
 
435 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  28.2 
 
 
428 aa  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 
429 aa  109  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  28.91 
 
 
425 aa  109  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  26.42 
 
 
477 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.22 
 
 
433 aa  108  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  25.21 
 
 
444 aa  107  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  30.45 
 
 
434 aa  103  6e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  22.54 
 
 
464 aa  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  28.94 
 
 
315 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 
420 aa  102  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  9.62716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  30.6 
 
 
412 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  21.29 
 
 
492 aa  100  5e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  27.15 
 
 
411 aa  100  5e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  23.82 
 
 
417 aa  100  7e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.87 
 
 
445 aa  98.6  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  22.72 
 
 
419 aa  98.6  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  4.06123e-05 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  24.71 
 
 
413 aa  97.1  5e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.17 
 
 
424 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.46 
 
 
465 aa  95.5  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.79 
 
 
423 aa  95.1  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  24.92 
 
 
432 aa  95.1  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.29 
 
 
413 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25 
 
 
390 aa  94.7  3e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  2.69296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.99 
 
 
433 aa  94.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  6.77276e-06 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.8 
 
 
238 aa  93.2  9e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  29.32 
 
 
412 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  25.24 
 
 
451 aa  91.3  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 
453 aa  91.3  3e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  28.08 
 
 
427 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.42 
 
 
456 aa  90.9  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  24.85 
 
 
413 aa  89.4  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  29.78 
 
 
404 aa  89.4  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  23.49 
 
 
402 aa  87.8  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  28.93 
 
 
420 aa  87.4  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  24.28 
 
 
458 aa  87.8  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.56 
 
 
443 aa  87  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  26.91 
 
 
401 aa  86.7  7e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  22.19 
 
 
400 aa  85.9  1e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  24.43 
 
 
419 aa  85.9  1e-15  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  24.22 
 
 
397 aa  84.3  4e-15  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.11 
 
 
444 aa  84.3  4e-15  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  27.36 
 
 
427 aa  84  4e-15  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  24.47 
 
 
380 aa  84  5e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  23.44 
 
 
439 aa  83.6  6e-15  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 
399 aa  83.6  7e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  23.24 
 
 
448 aa  83.2  9e-15  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  25.71 
 
 
430 aa  83.2  9e-15  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  25.26 
 
 
446 aa  82.8  1e-14  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  25.23 
 
 
447 aa  83.2  1e-14  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 
429 aa  82.4  1e-14  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  26.5 
 
 
434 aa  81.6  2e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  8.07768e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 
432 aa  82  2e-14  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.27 
 
 
572 aa  81.3  3e-14  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  25.6 
 
 
442 aa  81.6  3e-14  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.41 
 
 
400 aa  81.6  3e-14  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  25.19 
 
 
290 aa  80.9  4e-14  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.36 
 
 
457 aa  80.9  4e-14  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  23.71 
 
 
441 aa  80.5  5e-14  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  26.3 
 
 
426 aa  80.5  6e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.89 
 
 
438 aa  80.1  7e-14  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.48 
 
 
429 aa  79.3  1e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.41 
 
 
402 aa  79.3  1e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.32 
 
 
471 aa  79.3  1e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  23.93 
 
 
474 aa  79.3  1e-13  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.77 
 
 
436 aa  78.6  2e-13  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  22.1 
 
 
532 aa  78.2  3e-13  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  30 
 
 
424 aa  77.8  4e-13  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.99 
 
 
428 aa  77.4  5e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  27.53 
 
 
392 aa  77.4  5e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.49 
 
 
428 aa  77  7e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.54 
 
 
441 aa  77  7e-13  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  23.68 
 
 
440 aa  75.9  1e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.46 
 
 
404 aa  75.5  2e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.34 
 
 
457 aa  74.3  3e-12  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  28.03 
 
 
427 aa  73.9  5e-12  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.18 
 
 
413 aa  73.9  5e-12  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  25.14 
 
 
400 aa  73.9  5e-12  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  20.35 
 
 
587 aa  73.9  6e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.64 
 
 
456 aa  73.2  8e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  21.87 
 
 
416 aa  72.4  1e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  20.3 
 
 
427 aa  72  2e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.84 
 
 
456 aa  71.6  2e-11  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.29 
 
 
459 aa  71.2  3e-11  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>