More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0346 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  481  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  98.73 
 
 		 262 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  98.73 
 
 		 262 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  98.73 
 
 		 262 aa  475  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  94.96 
 
 		 255 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  94.96 
 
 		 258 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  95.38 
 
 		 255 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  94.96 
 
 		 255 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  95.38 
 
 		 255 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  76.82 
 
 		 256 aa  362  3e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  82.55 
 
 		 241 aa  360  2e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  73.89 
 
 		 233 aa  342  4e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  54.84 
 
 		 239 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  54.88 
 
 		 232 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 241 aa  228  8e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  53.85 
 
 		 231 aa  226  3e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  54.25 
 
 		 230 aa  224  9e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 240 aa  223  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 234 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  54.29 
 
 		 240 aa  221  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 238 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  54.29 
 
 		 240 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 238 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 238 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  53.49 
 
 		 240 aa  220  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  53.99 
 
 		 234 aa  218  7e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  50.93 
 
 		 232 aa  205  6e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 253 aa  203  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 239 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  49.08 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 222 aa  188  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 220 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 220 aa  187  9e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  45.58 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  45.28 
 
 		 218 aa  185  5e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  45.62 
 
 		 222 aa  184  9e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  45.37 
 
 		 220 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  46.63 
 
 		 214 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  47.98 
 
 		 220 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  47.96 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  47.19 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 234 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  38.84 
 
 		 233 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 233 aa  123  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 250 aa  122  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 229 aa  119  6e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 228 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 228 aa  115  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 226 aa  115  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 209 aa  113  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.13 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 235 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 234 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 		 244 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  39.22 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 257 aa  105  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 253 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 265 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 223 aa  102  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  33.8 
 
 		 227 aa  102  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 		 229 aa  102  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  39.43 
 
 		 215 aa  101  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 217 aa  102  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 233 aa  101  9e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  36.45 
 
 		 214 aa  101  9e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 235 aa  101  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 		 229 aa  101  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 211 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 263 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 211 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 242 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 228 aa  99.4  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 234 aa  99.8  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 227 aa  99.8  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 218 aa  99.8  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 216 aa  99.8  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 231 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 267 aa  99.4  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 232 aa  99  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  32.04 
 
 		 237 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  34.16 
 
 		 225 aa  99  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.52 
 
 		 238 aa  99  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 229 aa  99  7e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>