147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0312 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  89.84 
 
 
384 aa  716  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  96.09 
 
 
384 aa  762  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  100 
 
 
384 aa  786  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  96.09 
 
 
384 aa  762  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  89.84 
 
 
384 aa  719  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  90.1 
 
 
384 aa  721  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  89.84 
 
 
384 aa  720  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  89.84 
 
 
384 aa  720  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  96.35 
 
 
384 aa  763  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  71.35 
 
 
384 aa  562  1e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  67.27 
 
 
385 aa  550  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  67.53 
 
 
385 aa  539  1e-152  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  66.07 
 
 
389 aa  531  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  65.81 
 
 
389 aa  532  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  64.52 
 
 
389 aa  528  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  34.63 
 
 
402 aa  239  7e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.37456e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  35.64 
 
 
402 aa  235  8e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.93387e-08  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  34.31 
 
 
403 aa  235  1e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.07941e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  34.94 
 
 
402 aa  235  1e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  9.08733e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  36.45 
 
 
398 aa  235  1e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  35.38 
 
 
402 aa  234  2e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  3.00208e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2628  porin  35.38 
 
 
402 aa  233  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.06502e-07  hitchhiker  8.92589e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  34.06 
 
 
403 aa  233  4e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  7.30706e-07  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  34.31 
 
 
403 aa  232  7e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  8.66519e-09  hitchhiker  8.18773e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  34.06 
 
 
403 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.33613e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  34.96 
 
 
403 aa  231  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.11873e-07  hitchhiker  5.58993e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  35.04 
 
 
402 aa  231  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.11786e-07  decreased coverage  2.68212e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  34.88 
 
 
402 aa  229  7e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  4.29036e-08  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  35.19 
 
 
402 aa  229  8e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1568  porin  33.5 
 
 
403 aa  225  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.03403e-07  hitchhiker  1.52354e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  32.76 
 
 
403 aa  218  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  32.99 
 
 
382 aa  205  9e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  34.34 
 
 
388 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  29.25 
 
 
365 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  32.75 
 
 
324 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  28.38 
 
 
352 aa  100  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  26.97 
 
 
352 aa  96.3  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  27.27 
 
 
340 aa  95.1  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  27.05 
 
 
357 aa  83.2  7e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2795  outer membrane porin protein C  27.85 
 
 
372 aa  82.8  8e-15  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00922509  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  25.69 
 
 
357 aa  82.4  1e-14  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  27.43 
 
 
370 aa  80.5  5e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  27.86 
 
 
351 aa  79.7  8e-14  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  27.5 
 
 
365 aa  79.3  9e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  25.86 
 
 
371 aa  79.3  1e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  26.45 
 
 
360 aa  79  1e-13  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  25.86 
 
 
371 aa  78.6  2e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  25.86 
 
 
371 aa  78.6  2e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  27.7 
 
 
360 aa  78.6  2e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.7634e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  26.65 
 
 
360 aa  78.2  2e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  4.0387e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1784  porin Gram-negative type  24.2 
 
 
373 aa  78.2  3e-13  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00154811  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  26.65 
 
 
360 aa  77.8  3e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  2.61923e-05  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  25.7 
 
 
383 aa  76.3  8e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1221  porin family protein  25.69 
 
 
387 aa  75.9  1e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263748  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  24.88 
 
 
360 aa  73.9  4e-12  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  24.88 
 
 
360 aa  73.9  4e-12  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  24.88 
 
 
360 aa  73.9  4e-12  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  25.8 
 
 
378 aa  73.6  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  27.5 
 
 
351 aa  73.2  7e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  27.76 
 
 
351 aa  72.8  9e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  30.04 
 
 
378 aa  72.4  1e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2553  porin  24.03 
 
 
373 aa  72.8  1e-11  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  30.04 
 
 
378 aa  72.4  1e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  27.76 
 
 
351 aa  72.8  1e-11  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  30.04 
 
 
378 aa  72.4  1e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  30.04 
 
 
378 aa  72.4  1e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1124  outer membrane protein N  26.42 
 
 
403 aa  72.8  1e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181987  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  27.76 
 
 
351 aa  72.8  1e-11  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  32.69 
 
 
331 aa  71.6  2e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  27.65 
 
 
351 aa  71.2  3e-11  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  27.52 
 
 
351 aa  70.5  5e-11  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  25.57 
 
 
388 aa  70.1  7e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  29.26 
 
 
371 aa  69.7  8e-11  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  29.26 
 
 
371 aa  69.7  8e-11  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.9147e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  25.06 
 
 
350 aa  69.7  8e-11  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  29.26 
 
 
371 aa  69.7  8e-11  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1730  porin  28.06 
 
 
369 aa  69.3  1e-10  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00293132  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  29.08 
 
 
345 aa  68.9  1e-10  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  29.08 
 
 
345 aa  68.9  1e-10  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  25.7 
 
 
383 aa  68.6  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1448  porin  25.44 
 
 
368 aa  67.8  3e-10  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  25.49 
 
 
360 aa  68.2  3e-10  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  25.7 
 
 
383 aa  67  5e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1641  outer membrane protein N  25.13 
 
 
372 aa  66.6  7e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00375551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1806  outer membrane protein N  25.13 
 
 
372 aa  66.2  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0174534  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1634  outer membrane protein N  25.13 
 
 
372 aa  66.2  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.952827  normal  0.939851 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1642  outer membrane protein N  25.13 
 
 
372 aa  66.2  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1701  outer membrane protein N  25.13 
 
 
372 aa  66.2  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  26.3 
 
 
378 aa  65.5  1e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  26.24 
 
 
367 aa  65.5  2e-09  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  25.98 
 
 
359 aa  64.3  3e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  25.38 
 
 
363 aa  63.5  6e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.92905e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0360  outer membrane phosphoporin protein E  26.3 
 
 
350 aa  63.2  7e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0354  outer membrane phosphoporin protein E  26.3 
 
 
350 aa  63.2  7e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.52263  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0351  outer membrane phosphoporin protein E  26.3 
 
 
350 aa  63.2  7e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0369  outer membrane phosphoporin protein E  26.3 
 
 
350 aa  63.2  7e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2056  porin Gram-negative type  24.93 
 
 
368 aa  62.8  9e-09  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1636  porin Gram-negative type  24.56 
 
 
366 aa  62.8  1e-08  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00881116  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1572  outer membrane protein N  26.48 
 
 
380 aa  62.8  1e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0737338 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  25.98 
 
 
368 aa  62.8  1e-08  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>