254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0056 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  100 
 
 		 252 aa  525  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  34.6 
 
 		 255 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  32.34 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  26.69 
 
 		 274 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 274 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  27.27 
 
 		 259 aa  95.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.56 
 
 		 243 aa  93.2  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  24.68 
 
 		 250 aa  89.4  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  25.68 
 
 		 303 aa  88.6  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 272 aa  88.2  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  23.35 
 
 		 273 aa  87.4  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 272 aa  87  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 272 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 271 aa  86.3  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  27.94 
 
 		 262 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  24.56 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  24.42 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 262 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 258 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 269 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.55 
 
 		 263 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 270 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  25.57 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  25.91 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 272 aa  72  0.000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  23.5 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  26.91 
 
 		 596 aa  70.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  25.32 
 
 		 596 aa  69.7  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  24.08 
 
 		 269 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 483 aa  69.3  0.00000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  26.23 
 
 		 254 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  24.31 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 258 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  28.77 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 252 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  25.94 
 
 		 597 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  25.76 
 
 		 599 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 		 584 aa  63.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  28.31 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  27.91 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  23.87 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  24.55 
 
 		 288 aa  62  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  25.11 
 
 		 598 aa  62  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  24.07 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  20.9 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.79 
 
 		 604 aa  60.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1804  hypothetical protein  25.32 
 
 		 249 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.86185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3594  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.58 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.92 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  23.97 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  22.54 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.24 
 
 		 620 aa  59.3  0.00000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  23.55 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  23.55 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  26.13 
 
 		 590 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.02 
 
 		 584 aa  58.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  25.54 
 
 		 274 aa  57.4  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 457 aa  56.6  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.02 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  19.92 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.64 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  21.37 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1806  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  25.99 
 
 		 468 aa  56.2  0.0000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000163155  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  19.83 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.98 
 
 		 1055 aa  55.5  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1543  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.32 
 
 		 245 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.807599  normal  0.747286 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  23.08 
 
 		 272 aa  55.1  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  24.38 
 
 		 264 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4168  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 275 aa  54.7  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0168  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 247 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  23.97 
 
 		 264 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  24.3 
 
 		 247 aa  53.9  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  21.59 
 
 		 253 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5012  hypothetical protein  23.87 
 
 		 241 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.414864 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  21.43 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1619  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.53 
 
 		 276 aa  53.5  0.000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000231456  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1802  histidine kinase  23.66 
 
 		 540 aa  53.1  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.963501  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.67 
 
 		 252 aa  53.1  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 		 268 aa  52.8  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  25.64 
 
 		 264 aa  52.4  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 		 265 aa  52.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  21.46 
 
 		 251 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  21.97 
 
 		 254 aa  52  0.000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0340  peptidoglycan-binding LysM  21.56 
 
 		 359 aa  52  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.41 
 
 		 862 aa  52  0.000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  22.97 
 
 		 265 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  23.11 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  19.34 
 
 		 245 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  19.33 
 
 		 232 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>