94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0025 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0025  flavodoxin  100 
 
 
174 aa  365  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0028  protoporphyrinogen oxidase  90.23 
 
 
174 aa  335  3e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.80551e-05  hitchhiker  1.45429e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0020  protoporphyrinogen oxidase  90.23 
 
 
174 aa  334  3e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  6.64462e-06  normal  0.064653 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0022  protoporphyrinogen oxidase  90.23 
 
 
174 aa  334  3e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  5.30188e-08  hitchhiker  0.000763246 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0017  protoporphyrinogen oxidase  86.63 
 
 
174 aa  318  3e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.324297  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0024  Protoporphyrinogen oxidase  83.24 
 
 
174 aa  313  1e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.776203  hitchhiker  1.79508e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0020  protoporphyrinogen oxidase  83.24 
 
 
174 aa  310  5e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000993803  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0024  protoporphyrinogen oxidase  83.24 
 
 
174 aa  309  1e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0780321  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0025  protoporphyrinogen oxidase  82.66 
 
 
174 aa  308  3e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0214113  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0022  protoporphyrinogen oxidase  72.09 
 
 
175 aa  266  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0025  protoporphyrinogen oxidase  71.35 
 
 
175 aa  264  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00857411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0027  protoporphyrinogen oxidase  70.76 
 
 
175 aa  264  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00412155  normal  0.0535555 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0036  protoporphyrinogen oxidase  69.59 
 
 
177 aa  256  9e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0023  protoporphyrinogen oxidase  67.44 
 
 
175 aa  251  4e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  2.62535e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0019  protoporphyrinogen oxidase  66.28 
 
 
175 aa  242  2e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0017  protoporphyrinogen oxidase  64.53 
 
 
176 aa  241  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.229911  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4072  protoporphyrinogen oxidase  53.8 
 
 
176 aa  203  9e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0141  Protoporphyrinogen oxidase  54.17 
 
 
173 aa  202  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2953  protoporphyrinogen oxidase  54.97 
 
 
175 aa  202  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.410486 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0793  protoporphyrinogen oxidase  52.05 
 
 
173 aa  193  8e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3790  protoporphyrinogen oxidase  50.88 
 
 
175 aa  181  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0813  protoporphyrinogen oxidase  53.89 
 
 
173 aa  181  4e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0973  protoporphyrinogen oxidase  50.59 
 
 
173 aa  181  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.705197  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0962  Protoporphyrinogen oxidase  50.59 
 
 
173 aa  181  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0939  protoporphyrinogen oxidase  50.59 
 
 
173 aa  179  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.031625  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3066  protoporphyrinogen oxidase  49.7 
 
 
173 aa  177  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0377442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0906  protoporphyrinogen oxidase  49.09 
 
 
173 aa  176  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3038  protoporphyrinogen oxidase  49.09 
 
 
173 aa  175  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3400  protoporphyrinogen oxidase  50 
 
 
173 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0871  protoporphyrinogen oxidase  48.48 
 
 
173 aa  175  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1487  protoporphyrinogen oxidase  49.7 
 
 
175 aa  172  2e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.040472  hitchhiker  0.00766519 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0673  protoporphyrinogen oxidase  47.59 
 
 
177 aa  170  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0678  protoporphyrinogen oxidase  47.4 
 
 
173 aa  169  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.103464 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2882  protoporphyrinogen oxidase  46.24 
 
 
178 aa  167  7e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09631  putative protoporphyrinogen oxidase  45.4 
 
 
178 aa  164  8e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3720  hypothetical protein  56.45 
 
 
141 aa  162  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3945  protoporphyrinogen oxidase  44.25 
 
 
180 aa  151  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000851494  decreased coverage  0.00158179 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0266  protoporphyrinogen oxidase  44.83 
 
 
177 aa  150  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0106275  normal  0.013044 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0025  protoporphyrinogen oxidase  41.04 
 
 
177 aa  149  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109828  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1569  protoporphyrinogen oxidase  46.11 
 
 
170 aa  148  3e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  8.38772e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4230  protoporphyrinogen oxidase  44.25 
 
 
179 aa  148  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0023265  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0026  protoporphyrinogen oxidase  39.08 
 
 
179 aa  147  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0019  protoporphyrinogen oxidase  40.94 
 
 
181 aa  147  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827877  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0027  protoporphyrinogen oxidase  40.46 
 
 
179 aa  147  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0184042 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2537  protoporphyrinogen oxidase  45.4 
 
 
174 aa  147  8e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  5.81009e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0026  protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
183 aa  147  9e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00716362  normal  0.0118461 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0029  protoporphyrinogen oxidase  38.86 
 
 
179 aa  147  9e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0026  Protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
183 aa  146  1e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.81014e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0038  protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
183 aa  146  1e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.142009 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0027  protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
183 aa  146  1e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0370554  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0022  protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
183 aa  145  2e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0671098  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0198  protoporphyrinogen oxidase  44.83 
 
 
173 aa  145  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0024  protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
184 aa  145  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000372207  hitchhiker  0.000782857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0030  protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
184 aa  145  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.5966e-05  hitchhiker  9.9426e-07 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0019  protoporphyrinogen oxidase  41.48 
 
 
184 aa  145  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.309289  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0022  protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
184 aa  145  4e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00158221  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3929  protoporphyrinogen oxidase  45.14 
 
 
177 aa  145  4e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  3.39774e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0287  protoporphyrinogen oxidase  45.14 
 
 
177 aa  145  4e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.32863e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4040  protoporphyrinogen oxidase  43.1 
 
 
179 aa  145  4e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00450028  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1916  protoporphyrinogen oxidase  45.14 
 
 
177 aa  145  4e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.7226e-07  normal  0.191063 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3743  protoporphyrinogen oxidase  41.95 
 
 
179 aa  144  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  5.14113e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4320  protoporphyrinogen oxidase  40.23 
 
 
181 aa  143  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  3.64139e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4231  protoporphyrinogen oxidase  40.23 
 
 
181 aa  142  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.33684e-07  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3897  protoporphyrinogen oxidase  43.1 
 
 
179 aa  142  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0092686  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0027  protoporphyrinogen oxidase, putative  41.71 
 
 
184 aa  142  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5289  protoporphyrinogen oxidase  40.23 
 
 
181 aa  142  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.41436e-05  normal  0.0811334 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03690  hypothetical protein  40.23 
 
 
181 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000962205  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4131  Protoporphyrinogen oxidase  40.23 
 
 
181 aa  142  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.48526e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4073  protoporphyrinogen oxidase  40.23 
 
 
181 aa  142  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.11087e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4369  protoporphyrinogen oxidase  40.23 
 
 
181 aa  142  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.43735e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4160  protoporphyrinogen oxidase  40.23 
 
 
181 aa  142  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  1.31743e-05  decreased coverage  2.39257e-06 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03741  protoporphyrin oxidase, flavoprotein  40.23 
 
 
181 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00160389  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4373  protoporphyrinogen oxidase  40.8 
 
 
181 aa  139  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  9.03845e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4217  protoporphyrinogen oxidase  40.8 
 
 
181 aa  139  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.39833e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4313  protoporphyrinogen oxidase  40.8 
 
 
181 aa  139  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  3.09624e-05  normal  0.107941 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4266  protoporphyrinogen oxidase  40.8 
 
 
181 aa  139  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000166727  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4194  protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 
181 aa  139  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  2.19448e-06  normal  0.630031 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001985  protoporphyrinogen IX oxidase oxygen-independent HemG  44 
 
 
175 aa  137  5e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  3.84734e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00463  protoporphyrinogen oxidase  43.43 
 
 
175 aa  138  5e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2977  protoporphyrinogen oxidase  40.36 
 
 
174 aa  129  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4324  protoporphyrinogen oxidase  32.16 
 
 
190 aa  102  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1035  protoporphyrinogen oxidase  29.41 
 
 
188 aa  91.7  4e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.395736  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3403  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.27 
 
 
193 aa  87  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.200863  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4255  flavodoxin/nitric oxide synthase  28.31 
 
 
197 aa  83.2  2e-15  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3601  protoporphyrinogen oxidase  29.34 
 
 
174 aa  77.4  1e-13  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.934061  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3336  protoporphyrinogen oxidase  28.57 
 
 
178 aa  75.5  3e-13  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1685  flavodoxin  26.29 
 
 
172 aa  49.3  3e-05  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0906832  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0852  protoporphyrinogen oxidase  19.88 
 
 
173 aa  47  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0227417  normal  0.141132 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1410  Flavodoxin-like protein  25 
 
 
175 aa  47  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00810371 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0168  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.01 
 
 
174 aa  45.1  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.607551  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0880  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.91 
 
 
158 aa  44.3  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1824  flavodoxin  23.08 
 
 
168 aa  43.9  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2492  flavodoxin-like protein  24.55 
 
 
215 aa  42.7  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0077  flavodoxin-like protein  21.12 
 
 
160 aa  42.7  0.003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>