More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_pSN254_0108 on replicon NC_009140
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  100 
 
 
175 aa  363  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  56 
 
 
177 aa  181  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  55.49 
 
 
168 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  58.05 
 
 
171 aa  170  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  51.43 
 
 
181 aa  169  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  51.48 
 
 
182 aa  168  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  54.14 
 
 
178 aa  168  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  54.14 
 
 
178 aa  168  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  54.14 
 
 
178 aa  168  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  51.18 
 
 
158 aa  168  4e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  54.14 
 
 
178 aa  168  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  54.14 
 
 
178 aa  168  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  54.14 
 
 
178 aa  168  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  54.14 
 
 
178 aa  168  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  54.14 
 
 
178 aa  168  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  49.18 
 
 
190 aa  167  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  54.44 
 
 
176 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  54.44 
 
 
176 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  54.44 
 
 
176 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  54.44 
 
 
176 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  54.44 
 
 
176 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  53.07 
 
 
176 aa  166  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  51.43 
 
 
167 aa  166  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0379  single-strand binding protein  72.22 
 
 
184 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  52.98 
 
 
165 aa  166  1e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  49.4 
 
 
158 aa  166  1e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  53.01 
 
 
180 aa  166  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  53.07 
 
 
176 aa  166  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  50.82 
 
 
181 aa  164  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  51.98 
 
 
188 aa  163  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  60.54 
 
 
234 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  51.83 
 
 
151 aa  163  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  60.54 
 
 
234 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  60.54 
 
 
236 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  60.54 
 
 
234 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  54.22 
 
 
157 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3819  single-strand binding protein  67.59 
 
 
175 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.131469  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  60.54 
 
 
236 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  66.94 
 
 
178 aa  162  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  59.18 
 
 
238 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3728  single-strand binding protein  47.37 
 
 
167 aa  161  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0825596  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  45.83 
 
 
159 aa  160  6e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  50.55 
 
 
175 aa  160  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4565  single-strand binding protein  67.59 
 
 
162 aa  160  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  45.78 
 
 
159 aa  160  9e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  67.83 
 
 
183 aa  160  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0296  single-strand binding protein  65.74 
 
 
173 aa  159  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.170779 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  69.37 
 
 
182 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  69.37 
 
 
182 aa  159  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  69.37 
 
 
182 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  65.81 
 
 
161 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  51.67 
 
 
175 aa  158  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  50.29 
 
 
160 aa  159  3e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  67.57 
 
 
182 aa  158  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  61.9 
 
 
165 aa  158  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  65.81 
 
 
161 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  53.89 
 
 
155 aa  158  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  61.9 
 
 
165 aa  158  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  51.12 
 
 
200 aa  158  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  65.18 
 
 
154 aa  158  5e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4323  single-strand binding protein  64.81 
 
 
214 aa  157  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  52.6 
 
 
167 aa  157  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  51.23 
 
 
151 aa  157  6e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  65.45 
 
 
233 aa  157  8e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4713  single-strand binding protein  66.67 
 
 
187 aa  157  9e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  72 
 
 
178 aa  157  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  47.57 
 
 
184 aa  156  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4136  single-strand binding protein  47.75 
 
 
165 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0611  single-stranded DNA-binding protein  48.21 
 
 
168 aa  155  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0751618  hitchhiker  0.00325806 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  49.18 
 
 
180 aa  155  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  50.28 
 
 
175 aa  155  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  52.6 
 
 
235 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  54.78 
 
 
236 aa  154  6e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  49.39 
 
 
164 aa  154  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  52.6 
 
 
236 aa  154  7e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  62.28 
 
 
231 aa  154  8e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  49.08 
 
 
149 aa  154  8e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  62.81 
 
 
222 aa  153  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  49.12 
 
 
152 aa  153  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  51.5 
 
 
150 aa  153  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0817  single-strand binding protein  66.06 
 
 
188 aa  153  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517323  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3710  single-strand binding protein  63.39 
 
 
242 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000568362  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  63.89 
 
 
185 aa  152  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  59.35 
 
 
163 aa  151  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  64.86 
 
 
234 aa  151  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  51.22 
 
 
154 aa  150  7e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4066  single-strand binding protein  66.67 
 
 
181 aa  150  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2690  single-strand binding protein  64.22 
 
 
172 aa  150  8e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0960941  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3411  single-strand binding protein  65.71 
 
 
181 aa  150  8.999999999999999e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0856708  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  60.91 
 
 
175 aa  150  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  48.85 
 
 
162 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  62.96 
 
 
196 aa  150  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0422  single-stranded DNA-binding protein  66.67 
 
 
178 aa  149  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5215  single-stranded DNA-binding protein  66.67 
 
 
177 aa  149  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1550  single-stranded DNA-binding protein  66.67 
 
 
177 aa  149  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.202411  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0341  single-stranded DNA-binding protein  48.55 
 
 
172 aa  149  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4106  single-stranded DNA-binding protein  48.88 
 
 
177 aa  148  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  48.63 
 
 
173 aa  148  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  47.24 
 
 
161 aa  148  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0611  single-stranded DNA-binding protein  47.78 
 
 
179 aa  147  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0353597 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>