More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4168 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  100 
 
 		 309 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  99.68 
 
 		 309 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  99.68 
 
 		 309 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  100 
 
 		 309 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  100 
 
 		 309 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  88.64 
 
 		 309 aa  530  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  88.64 
 
 		 309 aa  530  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  88.96 
 
 		 309 aa  531  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  88.96 
 
 		 314 aa  532  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  88.96 
 
 		 309 aa  531  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  88.96 
 
 		 314 aa  532  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  88.96 
 
 		 309 aa  531  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  88.31 
 
 		 309 aa  527  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  88.64 
 
 		 309 aa  530  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  84.42 
 
 		 314 aa  481  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  70.72 
 
 		 308 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  71.75 
 
 		 308 aa  434  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  70.72 
 
 		 308 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  70.72 
 
 		 308 aa  434  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  72.17 
 
 		 308 aa  423  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  71.1 
 
 		 310 aa  418  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  72.37 
 
 		 318 aa  420  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  71.1 
 
 		 308 aa  414  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  59.74 
 
 		 307 aa  348  5e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  57.51 
 
 		 317 aa  342  5.999999999999999e-93  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  59.6 
 
 		 305 aa  341  1e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  59.27 
 
 		 305 aa  339  4e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  57.62 
 
 		 308 aa  336  2.9999999999999997e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  58.09 
 
 		 306 aa  328  5.0000000000000004e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  55 
 
 		 305 aa  299  4e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  47.33 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  47.32 
 
 		 301 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  49.33 
 
 		 309 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  47.16 
 
 		 303 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  47.16 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  47.16 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  46.82 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  48.99 
 
 		 309 aa  256  5e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  46.15 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  46.15 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  48.32 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  43.96 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  44.3 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  45.61 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  45.45 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  43.81 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  45.67 
 
 		 315 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  44.85 
 
 		 306 aa  235  6e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  46.53 
 
 		 308 aa  234  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  41.47 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  41.41 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  41.41 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  41.81 
 
 		 310 aa  233  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  46.82 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  46.67 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  46.2 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  40.26 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  46.33 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  49.32 
 
 		 308 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  41.22 
 
 		 340 aa  229  3e-59  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  43.52 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  45.82 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  44.67 
 
 		 312 aa  225  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  46.33 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  46.33 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  43.48 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  46 
 
 		 311 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  45.67 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  42.16 
 
 		 316 aa  220  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  45.61 
 
 		 299 aa  220  3e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  40.13 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  43.96 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  47.52 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  43.89 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  43.61 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  44.92 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  45.87 
 
 		 321 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  39.41 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  36.39 
 
 		 345 aa  211  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  36.39 
 
 		 308 aa  211  2e-53  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  46.89 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  43.19 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  41.51 
 
 		 319 aa  210  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  38.49 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  48.17 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  48.17 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  38.28 
 
 		 309 aa  209  7e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  48.17 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  43.71 
 
 		 321 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  38.59 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  41.25 
 
 		 310 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  41.77 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  39.16 
 
 		 398 aa  202  7e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  42.24 
 
 		 297 aa  202  9e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  38.83 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  42.19 
 
 		 295 aa  199  5e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  39.06 
 
 		 318 aa  199  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  40.07 
 
 		 424 aa  199  7e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  40.74 
 
 		 302 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  40.4 
 
 		 302 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>