More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4019 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.34 
 
 		 560 aa  811    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  68.52 
 
 		 560 aa  813    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  56.01 
 
 		 556 aa  673    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  97.86 
 
 		 561 aa  1118    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.34 
 
 		 562 aa  814    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  98.57 
 
 		 561 aa  1123    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.16 
 
 		 560 aa  810    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  68.34 
 
 		 560 aa  811    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.34 
 
 		 560 aa  811    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.34 
 
 		 562 aa  810    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  98.04 
 
 		 561 aa  1119    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 		 561 aa  1137    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.34 
 
 		 577 aa  808    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  98.4 
 
 		 561 aa  1121    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  49.24 
 
 		 563 aa  530  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.37 
 
 		 575 aa  503  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  47.7 
 
 		 562 aa  501  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  46.64 
 
 		 560 aa  501  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.74 
 
 		 567 aa  485  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.74 
 
 		 558 aa  483  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.74 
 
 		 567 aa  485  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.09 
 
 		 561 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  42.91 
 
 		 561 aa  438  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.56 
 
 		 567 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.37 
 
 		 558 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.67 
 
 		 566 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.04 
 
 		 566 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.25 
 
 		 562 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.41 
 
 		 566 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.62 
 
 		 560 aa  391  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.67 
 
 		 629 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  24.43 
 
 		 667 aa  153  8.999999999999999e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  23.58 
 
 		 670 aa  145  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  23.86 
 
 		 665 aa  143  7e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  24.9 
 
 		 692 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  26.94 
 
 		 680 aa  141  3e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  24.74 
 
 		 674 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  25.75 
 
 		 673 aa  138  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  24.08 
 
 		 662 aa  138  2e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  24.79 
 
 		 667 aa  138  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  25.24 
 
 		 680 aa  138  3.0000000000000003e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  24.79 
 
 		 667 aa  138  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  26.05 
 
 		 680 aa  137  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  26.2 
 
 		 684 aa  137  4e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  24.32 
 
 		 699 aa  137  5e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  26.24 
 
 		 677 aa  137  7.000000000000001e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  25.49 
 
 		 666 aa  137  8e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0562  NAD-dependent DNA ligase LigA  21.29 
 
 		 660 aa  135  1.9999999999999998e-30  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0449275  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  24.49 
 
 		 708 aa  134  3e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  25.09 
 
 		 688 aa  134  3e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  25.09 
 
 		 688 aa  134  3e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4355  DNA ligase, NAD-dependent  25.55 
 
 		 701 aa  135  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0664546 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0011  DNA ligase, NAD-dependent  26.62 
 
 		 794 aa  134  3e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.996124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  24.73 
 
 		 673 aa  134  5e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  26.3 
 
 		 678 aa  134  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0712  DNA ligase, NAD-dependent  23.15 
 
 		 668 aa  134  5e-30  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  24.81 
 
 		 680 aa  134  6e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  25.33 
 
 		 675 aa  132  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf373  DNA ligase  22.88 
 
 		 665 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000122507  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.24 
 
 		 784 aa  131  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0673  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.64 
 
 		 651 aa  131  4.0000000000000003e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1554  DNA ligase, NAD-dependent  28.07 
 
 		 664 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.344764  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0423  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.84 
 
 		 660 aa  130  7.000000000000001e-29  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1084  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.95 
 
 		 700 aa  130  7.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.419808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  24.52 
 
 		 673 aa  130  8.000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  25.32 
 
 		 673 aa  130  9.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0136  DNA ligase, NAD-dependent  23.3 
 
 		 673 aa  130  9.000000000000001e-29  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.145225  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1227  DNA ligase, NAD-dependent  24.95 
 
 		 656 aa  129  1.0000000000000001e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  24.91 
 
 		 673 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  23.71 
 
 		 662 aa  129  2.0000000000000002e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1344  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.06 
 
 		 652 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0984066  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  26.67 
 
 		 714 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  24.33 
 
 		 670 aa  129  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  24.49 
 
 		 668 aa  128  3e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1433  DNA ligase, NAD-dependent  25.51 
 
 		 704 aa  128  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  27.12 
 
 		 795 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3647  DNA ligase, NAD-dependent  25 
 
 		 706 aa  127  5e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.84 
 
 		 693 aa  127  6e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2086  DNA ligase, NAD-dependent  23.86 
 
 		 670 aa  126  9e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  25.49 
 
 		 675 aa  126  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  24.33 
 
 		 663 aa  126  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  25.57 
 
 		 672 aa  126  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  24.73 
 
 		 685 aa  125  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  24.82 
 
 		 671 aa  125  2e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  24.05 
 
 		 690 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1699  DNA ligase (NAD+)  26.95 
 
 		 677 aa  125  3e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.699894  normal  0.700726 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  25.38 
 
 		 685 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1083  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.52 
 
 		 647 aa  125  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.88186  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  22.46 
 
 		 669 aa  124  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.28 
 
 		 776 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  25.52 
 
 		 714 aa  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  25.39 
 
 		 673 aa  123  8e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  22.26 
 
 		 670 aa  123  8e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  22.95 
 
 		 668 aa  123  9e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  22.55 
 
 		 676 aa  123  9e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  23.67 
 
 		 669 aa  123  9.999999999999999e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0689  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.03 
 
 		 647 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  25.65 
 
 		 671 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  25.97 
 
 		 690 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0614  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.12 
 
 		 647 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>