More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3014 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02540  multidrug efflux system  89.49 
 
 
390 aa  704    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0999  efflux pump membrane protein  89.23 
 
 
390 aa  704    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.486081  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1022  efflux pump membrane protein  89.49 
 
 
390 aa  704    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.727271  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3930  multidrug resistance protein A  89.23 
 
 
394 aa  701    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.725166 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02505  hypothetical protein  89.49 
 
 
390 aa  704    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3014  multidrug resistance protein A  100 
 
 
390 aa  787    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193784 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2821  multidrug resistance protein A  89.49 
 
 
390 aa  704    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3163  efflux pump membrane protein  87.69 
 
 
390 aa  684    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2968  multidrug resistance protein A  89.49 
 
 
390 aa  704    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.157313  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3191  multidrug resistance protein A  88.72 
 
 
390 aa  697    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.168067  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2807  multidrug resistance protein A  89.49 
 
 
390 aa  704    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000414824  hitchhiker  0.00826621 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3120  multidrug resistance protein A  99.49 
 
 
390 aa  785    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0308659 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2997  multidrug resistance protein A  99.74 
 
 
390 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2962  multidrug resistance protein A  99.23 
 
 
390 aa  783    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.832708  hitchhiker  0.00715907 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2931  multidrug resistance protein A  99.23 
 
 
390 aa  783    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3201  multidrug resistance protein A  71.21 
 
 
390 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3743  efflux pump membrane protein  70.77 
 
 
390 aa  575  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.881561  normal  0.148039 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3338  efflux pump membrane protein  70.95 
 
 
390 aa  575  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.615616  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3460  multidrug resistance protein A  71.21 
 
 
390 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3486  efflux pump membrane protein  70.84 
 
 
391 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3330  efflux pump membrane protein  70.84 
 
 
391 aa  558  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0858  efflux pump membrane protein  68.29 
 
 
391 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0890  efflux pump membrane protein  67.01 
 
 
391 aa  513  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0249504  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02278  EmrKY-TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component  49.74 
 
 
387 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.29421  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1289  efflux pump membrane protein  49.74 
 
 
387 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3599  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  49.74 
 
 
387 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0273562 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2737  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  49.74 
 
 
387 aa  373  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.778541  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02239  hypothetical protein  49.74 
 
 
387 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.371729  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2505  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  49.74 
 
 
387 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.012377  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1301  efflux pump membrane protein  49.74 
 
 
387 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.632829  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2654  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  49.47 
 
 
387 aa  369  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2518  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  49.47 
 
 
387 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1767  multidrug resistance protein  52.38 
 
 
411 aa  360  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1919  multidrug resistance protein  52.38 
 
 
411 aa  360  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.666477  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1744  multidrug resistance protein  52.38 
 
 
411 aa  360  3e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0995  putative multidrug resistance protein  52.1 
 
 
411 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1057  multidrug resistance protein, putative  52.1 
 
 
411 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0394345  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1503  putative multidrug resistance protein  52.1 
 
 
411 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0171  putative multidrug resistance protein  52.1 
 
 
411 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152509  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2816  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  50.13 
 
 
413 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106074  normal  0.653781 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1751  efflux pump membrane protein  53.56 
 
 
407 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0610226 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1386  secretion protein HlyD family protein  52.2 
 
 
407 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1426  secretion protein HlyD family protein  52.2 
 
 
405 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0183071 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1480  secretion protein HlyD family protein  50.92 
 
 
404 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1024  secretion protein HlyD  50.92 
 
 
404 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1504  secretion protein HlyD family protein  50.92 
 
 
404 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.226713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4645  HlyD family secretion protein  52.66 
 
 
404 aa  353  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.109619  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2560  multidrug resistance protein  51.54 
 
 
410 aa  354  2e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.634691  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1636  efflux pump membrane protein  51.33 
 
 
424 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00067211 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3583  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  53.82 
 
 
420 aa  351  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0766049  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1725  efflux pump membrane protein  50.26 
 
 
406 aa  351  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2024  secretion protein HlyD  48.17 
 
 
429 aa  345  6e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0436308  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2027  secretion protein HlyD  44.73 
 
 
413 aa  339  4e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294658  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2416  secretion protein HlyD family protein  51.45 
 
 
437 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.975538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1214  secretion protein HlyD family protein  47.45 
 
 
429 aa  335  7.999999999999999e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.314397  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1123  secretion protein HlyD family protein  47.45 
 
 
429 aa  335  9e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.911317  normal  0.519674 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1293  multidrug resistance A (translocase) transmembrane protein  47.18 
 
 
428 aa  331  1e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.538155  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1515  secretion protein HlyD  46.33 
 
 
405 aa  328  9e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.498978  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5897  multidrug resistance protein  47.71 
 
 
400 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1445  secretion protein HlyD family protein  45.57 
 
 
444 aa  327  3e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68130  multidrug resistance protein  47.71 
 
 
394 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00130699  normal  0.0310617 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2021  secretion protein HlyD family protein  49.44 
 
 
413 aa  325  6e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0240231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4889  HlyD family secretion protein  45.45 
 
 
459 aa  325  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.392756  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4021  secretion protein HlyD family protein  52.03 
 
 
451 aa  322  8e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.228244  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3748  multidrug resistance protein  44.59 
 
 
402 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155411  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4314  MFS efflux pump, membrane fusion protein, EmrA subfamily  50.31 
 
 
423 aa  320  3e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1730  secretion protein HlyD  43.56 
 
 
402 aa  317  3e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0262  secretion protein HlyD family protein  44.33 
 
 
405 aa  317  3e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123427 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2468  secretion protein HlyD family protein  43.57 
 
 
393 aa  316  4e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0257  secretion protein HlyD family protein  44.33 
 
 
402 aa  316  5e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5574  secretion protein HlyD family protein  51.96 
 
 
480 aa  316  5e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2004  secretion protein HlyD family protein  45.58 
 
 
380 aa  315  9.999999999999999e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3235  secretion protein HlyD  44.53 
 
 
465 aa  315  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265062  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0859  secretion protein HlyD  46.09 
 
 
402 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.556695  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1634  secretion protein HlyD family protein  45.01 
 
 
453 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.975133  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3549  secretion protein HlyD family protein  44.22 
 
 
397 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2225  secretion protein HlyD family protein  46.93 
 
 
397 aa  308  9e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.818643  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2373  secretion protein HlyD family protein  44.73 
 
 
395 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3643  secretion protein HlyD  45.56 
 
 
400 aa  306  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.870857  normal  0.0330116 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3490  secretion protein HlyD family protein  44.94 
 
 
448 aa  306  6e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.592297  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3743  secretion protein HlyD family protein  45.34 
 
 
453 aa  304  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00143217  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2078  secretion protein HlyD family protein  46.09 
 
 
397 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6205  secretion protein HlyD  48.07 
 
 
450 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127149  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01156  multidrug resistance efflux pump  42.82 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.461805  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1288  secretion protein HlyD family protein  42.97 
 
 
392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.230633 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4219  secretion protein HlyD family protein  47.63 
 
 
386 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.439503  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4503  secretion protein HlyD family protein  44.51 
 
 
396 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5028  secretion protein HlyD family protein  44.75 
 
 
396 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.826607  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0562  HlyD family secretion protein  42.75 
 
 
396 aa  255  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3277  secretion protein HlyD  44.51 
 
 
396 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5091  secretion protein HlyD family protein  44.51 
 
 
396 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0715741  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1825  multidrug resistance protein  43.49 
 
 
489 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.996701  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0732  multidrug resistance secretion protein  43.49 
 
 
489 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5191  secretion protein HlyD family protein  44.23 
 
 
396 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.356759  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3904  efflux pump membrane protein  40.22 
 
 
381 aa  249  5e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1021  multidrug resistance protein VceA  40.43 
 
 
395 aa  249  8e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0464  putative multidrug resistance protein  43.21 
 
 
388 aa  249  8e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2100  multidrug resistance protein  43.21 
 
 
489 aa  249  8e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0192  multidrug resistance protein A  43.21 
 
 
417 aa  249  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1914  multidrug resistance efflux pump  43.21 
 
 
417 aa  249  8e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>