More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A2514 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  99.68 
 
 		 312 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  99.68 
 
 		 312 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  100 
 
 		 312 aa  643    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  100 
 
 		 312 aa  643    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  100 
 
 		 312 aa  643    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  86.54 
 
 		 312 aa  548  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  86.54 
 
 		 312 aa  548  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  86.54 
 
 		 312 aa  548  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  86.54 
 
 		 312 aa  547  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  86.54 
 
 		 312 aa  548  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  86.54 
 
 		 312 aa  547  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  86.54 
 
 		 312 aa  548  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  86.54 
 
 		 312 aa  548  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  86.22 
 
 		 312 aa  547  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  84.62 
 
 		 312 aa  535  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  70.19 
 
 		 311 aa  455  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  71.72 
 
 		 309 aa  435  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  71.72 
 
 		 309 aa  435  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  71.72 
 
 		 311 aa  432  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  72.07 
 
 		 310 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  70.63 
 
 		 309 aa  428  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  68.11 
 
 		 316 aa  423  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  68.11 
 
 		 316 aa  412  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 290 aa  275  5e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  44.63 
 
 		 317 aa  259  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 283 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  47.12 
 
 		 290 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 289 aa  241  9e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 289 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 286 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 292 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 282 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.47 
 
 		 284 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 292 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 291 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 284 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 296 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 322 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 292 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 283 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.36 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 318 aa  162  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 321 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 348 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 284 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 290 aa  159  7e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.44 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 290 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2942  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 317 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 291 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3284  transcriptional regulator, LysR family  35.98 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2512  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6301  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 348 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  36.74 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 293 aa  146  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 287 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4400  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>