More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A1807 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  92.2 
 
 
513 aa  969    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  72.34 
 
 
525 aa  780    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  92.2 
 
 
513 aa  969    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  87.52 
 
 
514 aa  945    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  92.2 
 
 
513 aa  970    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  100 
 
 
513 aa  1060    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.82 
 
 
522 aa  731    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.73 
 
 
522 aa  718    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  99.81 
 
 
513 aa  1058    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  92.01 
 
 
513 aa  964    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  100 
 
 
513 aa  1060    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  72.53 
 
 
525 aa  783    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  92.2 
 
 
513 aa  970    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.67 
 
 
522 aa  716    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  92.2 
 
 
513 aa  969    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  100 
 
 
513 aa  1060    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  100 
 
 
513 aa  1060    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  92.2 
 
 
513 aa  969    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  72.53 
 
 
525 aa  783    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  72.53 
 
 
523 aa  791    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  92.2 
 
 
513 aa  969    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  92.2 
 
 
513 aa  969    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  66.73 
 
 
536 aa  716    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  52.82 
 
 
513 aa  544  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  50 
 
 
514 aa  520  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  48.45 
 
 
515 aa  510  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  48.25 
 
 
518 aa  506  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  48.54 
 
 
514 aa  508  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  48.93 
 
 
518 aa  504  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  48.83 
 
 
512 aa  497  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  48.83 
 
 
512 aa  497  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  48.05 
 
 
512 aa  495  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  48.05 
 
 
512 aa  495  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  48.05 
 
 
512 aa  495  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  47.47 
 
 
512 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  47.86 
 
 
512 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  47.47 
 
 
512 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  47.47 
 
 
512 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  47.47 
 
 
512 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  47.47 
 
 
512 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  48.93 
 
 
514 aa  491  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  47.28 
 
 
512 aa  491  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  46.3 
 
 
512 aa  482  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  46.89 
 
 
512 aa  479  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  47.38 
 
 
513 aa  477  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  43.66 
 
 
516 aa  463  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  45.96 
 
 
517 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  44.55 
 
 
520 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  45.59 
 
 
519 aa  428  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  44.51 
 
 
519 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  44.51 
 
 
519 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  44.7 
 
 
519 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  46.12 
 
 
515 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  44.89 
 
 
519 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  43.65 
 
 
521 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  43.69 
 
 
525 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42 
 
 
531 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.78 
 
 
502 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  40.73 
 
 
502 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  40.73 
 
 
502 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  41.39 
 
 
502 aa  368  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  41.78 
 
 
502 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  40.85 
 
 
505 aa  364  2e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  41.59 
 
 
502 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  41.51 
 
 
506 aa  362  1e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  40.38 
 
 
511 aa  352  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  40.19 
 
 
511 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  39.81 
 
 
510 aa  325  9e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.64 
 
 
532 aa  320  5e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  49.19 
 
 
313 aa  296  4e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  33.46 
 
 
527 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.21 
 
 
540 aa  283  6.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.22 
 
 
541 aa  282  1e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1758  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  30.96 
 
 
498 aa  252  9.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  43.49 
 
 
443 aa  249  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  42.86 
 
 
444 aa  244  3e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  31.11 
 
 
525 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.55 
 
 
539 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.06 
 
 
495 aa  238  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1825  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 
336 aa  236  9e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.760782  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.37 
 
 
604 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.95 
 
 
527 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.95 
 
 
594 aa  234  2.0000000000000002e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.81 
 
 
582 aa  234  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2132  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.63 
 
 
336 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.11031  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1743  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.81 
 
 
336 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0362051  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.98 
 
 
461 aa  231  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.42 
 
 
710 aa  231  3e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.37 
 
 
471 aa  231  3e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  40.32 
 
 
529 aa  230  4e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.19 
 
 
459 aa  230  5e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.81 
 
 
636 aa  230  6e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.7 
 
 
525 aa  229  6e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0489  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.16 
 
 
473 aa  229  8e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.19 
 
 
469 aa  229  9e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.01 
 
 
470 aa  229  1e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.7 
 
 
452 aa  228  2e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.04 
 
 
495 aa  228  2e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  39.68 
 
 
576 aa  228  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.25 
 
 
458 aa  228  3e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>