More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A1222 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  603  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  603  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  603  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  99.66 
 
 
293 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  68.86 
 
 
292 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  68.86 
 
 
292 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  68.86 
 
 
292 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  55 
 
 
289 aa  321  9.999999999999999e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  53.29 
 
 
292 aa  319  3.9999999999999996e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
280 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  33.58 
 
 
320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 
320 aa  161  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.81 
 
 
299 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  34.07 
 
 
333 aa  158  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 
315 aa  157  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  29.6 
 
 
282 aa  156  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  35.32 
 
 
279 aa  155  6e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  34.33 
 
 
327 aa  152  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
279 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  31.64 
 
 
298 aa  152  7e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
279 aa  152  7e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  32.94 
 
 
281 aa  152  8.999999999999999e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
284 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  33.08 
 
 
304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  31.23 
 
 
273 aa  144  1e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 
284 aa  144  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  26.12 
 
 
272 aa  143  3e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
284 aa  144  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 
284 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
284 aa  142  6e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  30.36 
 
 
322 aa  139  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
284 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  31.67 
 
 
319 aa  136  5e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
293 aa  135  9e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  33.07 
 
 
285 aa  134  3e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.93 
 
 
287 aa  133  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  31.85 
 
 
291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  29.21 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
641 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
641 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
641 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
620 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
620 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
638 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
620 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
641 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  30.74 
 
 
274 aa  125  6e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
639 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
281 aa  125  9e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
642 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
278 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
641 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
299 aa  125  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
323 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  29.51 
 
 
299 aa  124  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
638 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
642 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  31.69 
 
 
272 aa  124  2e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
642 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
318 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
642 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
281 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
642 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
642 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
642 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
338 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
289 aa  123  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
281 aa  122  7e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  29.66 
 
 
281 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  32.13 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.69 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
281 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  33.07 
 
 
296 aa  120  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  30.74 
 
 
342 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  31 
 
 
281 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
273 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.6 
 
 
280 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  31.1 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
288 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
288 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.39 
 
 
284 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.59 
 
 
288 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  28.09 
 
 
269 aa  115  8.999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  32.42 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 
285 aa  114  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  29.73 
 
 
304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
288 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>