More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0790 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2257  citrate synthase I  73.08 
 
 
431 aa  661  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19804  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2189  type II citrate synthase  74.53 
 
 
445 aa  671  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00268971  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2513  type II citrate synthase  76.87 
 
 
428 aa  675  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.56312e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2886  type II citrate synthase  87.12 
 
 
426 aa  791  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.5086e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01350  type II citrate synthase  75.93 
 
 
429 aa  707  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0768  type II citrate synthase  96.49 
 
 
427 aa  872  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0747  type II citrate synthase  96.49 
 
 
427 aa  872  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2819  type II citrate synthase  75 
 
 
428 aa  661  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0484944  normal  0.528181 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1705  type II citrate synthase  76.64 
 
 
428 aa  679  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00232802  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1783  type II citrate synthase  74.3 
 
 
429 aa  659  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0004224  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2633  type II citrate synthase  76.87 
 
 
428 aa  675  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000579193  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1379  type II citrate synthase  87.12 
 
 
426 aa  791  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.15607e-07  normal  0.279105 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3765  type II citrate synthase  71.33 
 
 
429 aa  657  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0679988  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2973  type II citrate synthase  87.12 
 
 
426 aa  791  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00618343  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0960  citrate synthase  72.13 
 
 
427 aa  665  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0732  type II citrate synthase  96.49 
 
 
427 aa  872  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.482725  normal  0.945982 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3694  type II citrate synthase  69.48 
 
 
428 aa  651  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2805  citrate synthase I  70.21 
 
 
427 aa  645  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.359876  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1705  type II citrate synthase  76.64 
 
 
428 aa  679  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0861056  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44070  type II citrate synthase  69.48 
 
 
428 aa  652  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2935  type II citrate synthase  96.49 
 
 
427 aa  872  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115815  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2520  type II citrate synthase  76.87 
 
 
428 aa  675  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0560239  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2348  type II citrate synthase  74.77 
 
 
428 aa  667  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.729565  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1630  type II citrate synthase  76.64 
 
 
428 aa  678  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.01465  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1650  type II citrate synthase  74.07 
 
 
428 aa  653  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  4.81967e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1646  type II citrate synthase  69.3 
 
 
429 aa  634  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0982845  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1794  citrate synthase I  68.79 
 
 
426 aa  639  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  8.80013e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1221  type II citrate synthase  95.08 
 
 
427 aa  860  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.233861  normal  0.0870629 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2274  type II citrate synthase  75.93 
 
 
428 aa  672  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  3.58341e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2508  type II citrate synthase  70.45 
 
 
436 aa  658  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.636436  normal  0.21976 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1678  type II citrate synthase  76.4 
 
 
431 aa  709  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0407476  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1422  type II citrate synthase  76.4 
 
 
428 aa  699  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  6.89188e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1660  type II citrate synthase  71.33 
 
 
429 aa  657  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3517  type II citrate synthase  70.38 
 
 
429 aa  650  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1832  type II citrate synthase  74.07 
 
 
430 aa  655  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0111193  normal  0.0527351 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00680  citrate synthase  96.49 
 
 
427 aa  872  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2004  type II citrate synthase  70.09 
 
 
429 aa  649  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719341  normal  0.158891 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1926  type II citrate synthase  76.4 
 
 
428 aa  676  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29820  type II citrate synthase  69.56 
 
 
427 aa  652  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2194  citrate synthase I  71.09 
 
 
429 aa  650  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0841  type II citrate synthase  74.53 
 
 
429 aa  696  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1139  type II citrate synthase  86.65 
 
 
428 aa  797  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2214  citrate synthase I  68.46 
 
 
428 aa  637  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.525644  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00669  hypothetical protein  96.49 
 
 
427 aa  872  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2919  type II citrate synthase  86.42 
 
 
428 aa  792  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1231  type II citrate synthase  88.5 
 
 
428 aa  799  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3105  type II citrate synthase  88.03 
 
 
428 aa  795  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.510334  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4194  type II citrate synthase  71.33 
 
 
429 aa  657  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0867349  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2916  citrate synthase I  96.49 
 
 
427 aa  872  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.349648  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1831  type II citrate synthase  76.87 
 
 
428 aa  675  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.79965e-06  normal  0.249033 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01870  Citrate synthase  70.14 
 
 
425 aa  652  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0764  type II citrate synthase  100 
 
 
427 aa  896  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0887  type II citrate synthase  100 
 
 
427 aa  896  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.304459 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0854  type II citrate synthase  100 
 
 
427 aa  896  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  5.51297e-05 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0810  type II citrate synthase  96.48 
 
 
427 aa  869  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.659455  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004117  citrate synthase (si)  76.64 
 
 
429 aa  711  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0790  type II citrate synthase  100 
 
 
427 aa  896  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148883  normal  0.115118 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1609  type II citrate synthase  71.56 
 
 
429 aa  657  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.706948  normal  0.65049 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0638  type II citrate synthase  96.49 
 
 
427 aa  872  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1262  type II citrate synthase  85.28 
 
 
430 aa  777  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.728692  normal  0.31118 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0825  type II citrate synthase  100 
 
 
427 aa  896  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4425  citrate synthase I  68.94 
 
 
436 aa  631  1e-180  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.224643  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2111  citrate synthase  68.76 
 
 
454 aa  632  1e-180  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000226419  normal  0.855626 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1596  type II citrate synthase  70 
 
 
429 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.218131  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1789  type II citrate synthase  69.77 
 
 
429 aa  629  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.069091  hitchhiker  0.00547545 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1106  type II citrate synthase  69.07 
 
 
435 aa  625  1e-178  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1212  citrate synthase  66.51 
 
 
428 aa  627  1e-178  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  1.71793e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1148  type II citrate synthase  69.07 
 
 
430 aa  624  1e-178  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2032  citrate synthase  66.9 
 
 
428 aa  622  1e-177  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808291  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4366  type II citrate synthase  67.21 
 
 
433 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2042  type II citrate synthase  69.07 
 
 
430 aa  623  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0529149  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3181  citrate synthase I  68.07 
 
 
438 aa  622  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.270593  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1144  type II citrate synthase  68.6 
 
 
429 aa  622  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.300068  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2563  type II citrate synthase  69.14 
 
 
429 aa  618  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0061  citrate synthase  66.27 
 
 
430 aa  617  1e-176  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0890712  normal  0.301769 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1149  citrate synthase I  66.82 
 
 
424 aa  619  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6851  type II citrate synthase  66.74 
 
 
433 aa  617  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.622921 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0599  type II citrate synthase  67.67 
 
 
430 aa  620  1e-176  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.281651  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2890  type II citrate synthase  66.51 
 
 
433 aa  616  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1681  citrate synthase I  68.82 
 
 
429 aa  613  1e-174  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592991 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5205  type II citrate synthase  66.59 
 
 
433 aa  613  1e-174  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.237518  normal  0.311757 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1132  citrate synthase  67.84 
 
 
431 aa  611  1e-174  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1626  type II citrate synthase  65.81 
 
 
433 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00616613  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4085  citrate synthase I  64.86 
 
 
427 aa  610  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2467  type II citrate synthase  65.81 
 
 
433 aa  610  1e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00536833  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2329  type II citrate synthase  65.81 
 
 
433 aa  610  1e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0504  type II citrate synthase  65.81 
 
 
433 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.405584  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1834  type II citrate synthase  65.81 
 
 
433 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0219356  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4643  type II citrate synthase  66.35 
 
 
433 aa  609  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0788  type II citrate synthase  65.81 
 
 
433 aa  610  1e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0858919  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0665  type II citrate synthase  65.81 
 
 
433 aa  609  1e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170997  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2813  type II citrate synthase  65.65 
 
 
434 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1744  type II citrate synthase  65.81 
 
 
433 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.676143  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0646  citrate synthase I  66.74 
 
 
430 aa  605  1e-172  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.615558 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3832  type II citrate synthase  65.88 
 
 
433 aa  605  1e-172  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.418606 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5145  citrate synthase I  66.04 
 
 
429 aa  605  1e-172  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.236177  normal  0.0251581 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1409  citrate synthase I  66.03 
 
 
429 aa  604  1e-172  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.423182 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3316  type II citrate synthase  65.88 
 
 
433 aa  604  1e-172  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.229262  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5222  citrate synthase I  66.27 
 
 
429 aa  605  1e-172  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827577  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2843  type II citrate synthase  65.19 
 
 
434 aa  605  1e-172  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.433784  normal  0.36225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>