More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0233 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B0251  shikimate transporter  99.31 
 
 		 433 aa  858    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0249  shikimate transporter  99.77 
 
 		 433 aa  860    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0233  major facilitator family transporter  99.54 
 
 		 433 aa  858    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0442983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0233  shikimate transporter  100 
 
 		 433 aa  861    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.30942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0236  shikimate transporter  98.38 
 
 		 433 aa  850    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3917  major facilitator superfamily MFS_1  68.01 
 
 		 446 aa  561  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.981496  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4107  General substrate transporter  67.85 
 
 		 447 aa  553  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1587  major facilitator transporter  48.33 
 
 		 450 aa  382  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.891359  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4431  putative transmembrane transport protein (general substrate transporter)  41.61 
 
 		 468 aa  319  6e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.90441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5961  shikimate transporter  42.54 
 
 		 434 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1626  shikimate transporter  41.97 
 
 		 435 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0419838  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3973  shikimate transporter  42.3 
 
 		 435 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.483442  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4394  shikimate transporter  42.3 
 
 		 435 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477148  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1221  shikimate transporter  42.37 
 
 		 435 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0207  shikimate transporter  42.34 
 
 		 465 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4227  shikimate transporter  42.05 
 
 		 435 aa  307  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1708  General substrate transporter  43.55 
 
 		 430 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2344  major facilitator transporter  44.68 
 
 		 461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3805  shikimate transporter  41.56 
 
 		 435 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  normal  0.688015 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4273  shikimate transporter  41.56 
 
 		 435 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.156206 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0212  shikimate transporter  41.85 
 
 		 465 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0374  major facilitator transporter  42.86 
 
 		 433 aa  302  7.000000000000001e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6035  shikimate transporter  42.37 
 
 		 439 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.503054 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2823  shikimate transporter  41.53 
 
 		 438 aa  300  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.347269  normal  0.535086 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2269  shikimate transporter  42.62 
 
 		 439 aa  301  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3998  General substrate transporter  42.46 
 
 		 430 aa  300  2e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5329  major facilitator superfamily MFS_1  43.33 
 
 		 440 aa  300  3e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2798  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  42.54 
 
 		 437 aa  299  6e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.606232  normal  0.0553764 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1662  shikimate transporter  41.29 
 
 		 438 aa  296  4e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.520984  normal  0.0496454 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2104  shikimate transporter  41.29 
 
 		 438 aa  296  5e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000181469  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1144  shikimate transporter  41.29 
 
 		 438 aa  296  5e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000733491  hitchhiker  0.000000475287 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2263  shikimate transporter  41.84 
 
 		 438 aa  295  8e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01893  shikimate transporter  41.05 
 
 		 438 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1672  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  41.05 
 
 		 438 aa  295  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2571  shikimate transporter  42.13 
 
 		 437 aa  295  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.168346 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01882  hypothetical protein  41.05 
 
 		 438 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10040  nitrate/nitrite transporter  43.26 
 
 		 439 aa  294  2e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5743  major facilitator superfamily MFS_1  43.36 
 
 		 461 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0804971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2159  major facilitator superfamily MFS_1  40.87 
 
 		 438 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8515  putative transport protein  45.32 
 
 		 438 aa  289  7e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.541584  normal  0.8077 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2383  major facilitator transporter  40.25 
 
 		 441 aa  286  4e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6110  major facilitator superfamily MFS_1  40.43 
 
 		 452 aa  286  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.92916 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2103  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  41.06 
 
 		 438 aa  286  7e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3858  major facilitator superfamily MFS_1  38.5 
 
 		 439 aa  284  2.0000000000000002e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5928  major facilitator transporter  41.81 
 
 		 442 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0996299  normal  0.185357 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4524  major facilitator transporter  40.1 
 
 		 439 aa  283  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.063118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0117  major facilitator superfamily MFS_1  40.34 
 
 		 444 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3897  general substrate transporter  38.94 
 
 		 436 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2899  major facilitator superfamily transporter  40.55 
 
 		 430 aa  282  7.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.872832  normal  0.0447216 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5092  major facilitator superfamily MFS_1  38.64 
 
 		 493 aa  281  2e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.274415 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4702  general substrate transporter  40.91 
 
 		 461 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.57172  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5087  general substrate transporter  40.91 
 
 		 461 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.829473 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4788  general substrate transporter  40.91 
 
 		 461 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2307  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  40.19 
 
 		 452 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3577  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  41.32 
 
 		 437 aa  279  6e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8642  major facilitator superfamily MFS_1  37.56 
 
 		 453 aa  279  9e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5078  major facilitator transporter  38.44 
 
 		 444 aa  277  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.269993 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2766  permease of the major facilitator superfamily  40.09 
 
 		 427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0928432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4735  major facilitator transporter  41.85 
 
 		 445 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.110403  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3892  major facilitator transporter  41.85 
 
 		 445 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.50239  normal  0.071614 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3628  major facilitator transporter  41.85 
 
 		 445 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.804515 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7815  major facilitator superfamily MFS_1  39.67 
 
 		 442 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0243  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  39.75 
 
 		 437 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.292556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3832  major facilitator transporter  41.87 
 
 		 432 aa  273  3e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143168  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4541  major facilitator transporter  40.41 
 
 		 439 aa  274  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.474963  normal  0.714624 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3818  major facilitator transporter  41.87 
 
 		 432 aa  273  3e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2608  major facilitator superfamily protein  39.95 
 
 		 441 aa  273  3e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.495276 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3906  major facilitator superfamily transporter  41.87 
 
 		 432 aa  273  3e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.162053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4465  major facilitator transporter  40.24 
 
 		 460 aa  273  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2487  major facilitator transporter  41.35 
 
 		 445 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0076  major facilitator transporter  41.77 
 
 		 450 aa  273  5.000000000000001e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5364  major facilitator transporter  41.1 
 
 		 460 aa  273  6e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3443  major facilitator transporter  40.41 
 
 		 439 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0269111 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1342  major facilitator superfamily transporter  38.42 
 
 		 450 aa  272  8.000000000000001e-72  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3950  major facilitator transporter  40.41 
 
 		 439 aa  272  9e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.728189 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3477  major facilitator transporter  40.15 
 
 		 439 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160202 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1047  major facilitator transporter  38.93 
 
 		 451 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4318  major facilitator transporter  40.15 
 
 		 439 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4082  major facilitator transporter  37.62 
 
 		 439 aa  271  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4048  major facilitator transporter  40.15 
 
 		 439 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0869813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3534  major facilitator transporter  41.1 
 
 		 460 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.554978  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2586  major facilitator superfamily MFS_1  39.39 
 
 		 435 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.900551  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4830  major facilitator transporter  41 
 
 		 442 aa  270  4e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.00000135827  hitchhiker  0.00785352 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4866  major facilitator transporter  39.31 
 
 		 445 aa  270  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.778964 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2032  major facilitator transporter  39.9 
 
 		 439 aa  270  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450728  normal  0.16892 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0314  major facilitator transporter  39.49 
 
 		 457 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0325  major facilitator transporter  39.49 
 
 		 457 aa  269  8e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0335  major facilitator transporter  39.49 
 
 		 457 aa  269  8e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.280682 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5300  major facilitator superfamily transporter  39.06 
 
 		 456 aa  268  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.363353 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2033  major facilitator transporter  39.5 
 
 		 434 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5065  major facilitator transporter  40.35 
 
 		 445 aa  268  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0348973  normal  0.262199 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3901  general substrate transporter  39.6 
 
 		 433 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0384  major facilitator family transporter  37.77 
 
 		 453 aa  266  4e-70  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0772  General substrate transporter  38.26 
 
 		 450 aa  266  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8895  General substrate transporter  38.14 
 
 		 455 aa  265  8.999999999999999e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3902  major facilitator transporter  38.17 
 
 		 441 aa  265  8.999999999999999e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3334  major facilitator superfamily protein  40 
 
 		 439 aa  265  1e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.998489 
 
 
-
 
NC_003296  RS02317  transporter transmembrane protein  39.56 
 
 		 409 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.14358 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4723  major facilitator superfamily MFS_1  39.62 
 
 		 465 aa  264  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.238752  normal  0.508287 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33020  arabinose efflux permease family protein  38.69 
 
 		 446 aa  265  2e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.471979  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>