More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0033 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A0033  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 334 aa  688    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.792057  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0032  putative transcriptional regulator  98.5 
 
 		 334 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  0.0308484 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0034  putative transcriptional regulator  98.2 
 
 		 334 aa  676    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.737803  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0033  putative transcriptional regulator  97 
 
 		 334 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.408975  normal  0.0813593 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0016  putative transcriptional regulator  36.42 
 
 		 315 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0016  putative transcriptional regulator  36.09 
 
 		 315 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.556165  normal  0.623653 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0016  putative transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 315 aa  231  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.709055  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0015  putative LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 315 aa  231  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0016  putative transcriptional regulator  36.09 
 
 		 315 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.944151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  29.13 
 
 		 301 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0764  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0275467  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 323 aa  96.3  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 319 aa  96.3  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 342 aa  95.9  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 323 aa  94.4  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 326 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0645  transcriptional regulator, LysR family  24.34 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0718  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  26.94 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  25 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  25.09 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 345 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  24.2 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0654  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.38 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000955262  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0659  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  24.73 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  24.73 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  24.73 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  24.73 
 
 		 341 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  24.73 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.36 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  26.3 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00598  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.56 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133775  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2997  transcriptional regulator, LysR family  25.56 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483673  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3016  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.56 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.094496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00587  hypothetical protein  25.56 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140972  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0681  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.56 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214808  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.64 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.56 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  22.61 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  25.48 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  24.52 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0624  LysR family transcriptional regulator  21.77 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  23.08 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  23.08 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3021  transcriptional regulator, LysR family  21.4 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  25.38 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2570  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0655  LysR family transcriptional regulator  21.4 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3040  LysR family transcriptional regulator  21.4 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.575858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0676  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.31 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000759051  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  43.37 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0750  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.31 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.261288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0690  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.31 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.869609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0794  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.31 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  27 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0736  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.31 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  22.62 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  23.22 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0689  transcriptional regulator, LysR family  21.89 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.555049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  24.28 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>