More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP2179 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 540 aa  1092    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  89.63 
 
 		 540 aa  1001    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  89.63 
 
 		 540 aa  1001    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  49.6 
 
 		 632 aa  499  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  46.85 
 
 		 650 aa  501  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  45.74 
 
 		 650 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  48.69 
 
 		 593 aa  488  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  45.61 
 
 		 586 aa  480  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  44.53 
 
 		 584 aa  464  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  39.62 
 
 		 527 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  34.92 
 
 		 542 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  35.39 
 
 		 525 aa  323  5e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  34.18 
 
 		 513 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  32.55 
 
 		 532 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  35.16 
 
 		 522 aa  310  5e-83  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  34.24 
 
 		 503 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  33.27 
 
 		 536 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  33.27 
 
 		 536 aa  306  6e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  33.07 
 
 		 536 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  33.81 
 
 		 536 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.59 
 
 		 507 aa  296  5e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  34.89 
 
 		 481 aa  296  6e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  34.89 
 
 		 481 aa  296  6e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  34.89 
 
 		 481 aa  296  6e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  34.64 
 
 		 476 aa  295  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  32.67 
 
 		 532 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  34.02 
 
 		 548 aa  290  7e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  34.02 
 
 		 548 aa  290  7e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  34.02 
 
 		 548 aa  289  8e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  31.88 
 
 		 583 aa  289  8e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  33.97 
 
 		 573 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.34 
 
 		 508 aa  282  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  31.6 
 
 		 573 aa  280  4e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  31.94 
 
 		 548 aa  276  6e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  34.79 
 
 		 542 aa  275  2.0000000000000002e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  31.08 
 
 		 498 aa  270  4e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  33.2 
 
 		 504 aa  269  8e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  32.35 
 
 		 505 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  32.35 
 
 		 505 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  30.04 
 
 		 582 aa  268  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  30.04 
 
 		 582 aa  268  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  29.93 
 
 		 582 aa  267  5e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  32.15 
 
 		 505 aa  266  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  32.15 
 
 		 505 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  32.15 
 
 		 505 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  32.15 
 
 		 505 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  31.65 
 
 		 577 aa  265  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4750  choline/carnitine/betaine transporter  31.48 
 
 		 542 aa  264  4e-69  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.216648  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  31.56 
 
 		 505 aa  263  6.999999999999999e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  33.07 
 
 		 505 aa  263  6.999999999999999e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  29.25 
 
 		 516 aa  263  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  30.61 
 
 		 516 aa  261  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  30.44 
 
 		 516 aa  261  2e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  29.06 
 
 		 516 aa  261  2e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  30.44 
 
 		 516 aa  261  3e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  30.44 
 
 		 516 aa  261  3e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  30.44 
 
 		 516 aa  261  3e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  30.44 
 
 		 516 aa  261  3e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  31.26 
 
 		 551 aa  261  3e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  32.41 
 
 		 610 aa  261  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  31.03 
 
 		 504 aa  259  6e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  31.03 
 
 		 504 aa  259  1e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  30.24 
 
 		 516 aa  258  2e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  32.6 
 
 		 550 aa  257  3e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  33.78 
 
 		 523 aa  256  8e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  32.54 
 
 		 671 aa  256  9e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  32.94 
 
 		 494 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  31.33 
 
 		 531 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  30.54 
 
 		 546 aa  254  2.0000000000000002e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  29.56 
 
 		 532 aa  254  3e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  32.04 
 
 		 520 aa  254  3e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  32.04 
 
 		 520 aa  254  3e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  31.09 
 
 		 585 aa  252  1e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  32.29 
 
 		 490 aa  251  2e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  29.88 
 
 		 516 aa  251  3e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  31.76 
 
 		 611 aa  251  3e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  29.28 
 
 		 530 aa  250  5e-65  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  32.11 
 
 		 606 aa  248  2e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  33.1 
 
 		 580 aa  248  2e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  30.9 
 
 		 681 aa  248  3e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  29.63 
 
 		 580 aa  247  3e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  28.83 
 
 		 548 aa  246  9.999999999999999e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  28.83 
 
 		 548 aa  246  9.999999999999999e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  31.55 
 
 		 573 aa  244  1.9999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  30.2 
 
 		 711 aa  245  1.9999999999999999e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  31.26 
 
 		 567 aa  244  3.9999999999999997e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  30.18 
 
 		 592 aa  243  5e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  31.68 
 
 		 526 aa  243  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  33.47 
 
 		 525 aa  243  7e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  28.89 
 
 		 606 aa  242  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  31.05 
 
 		 538 aa  242  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  30.53 
 
 		 681 aa  242  2e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  31.83 
 
 		 642 aa  241  2e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  31.48 
 
 		 534 aa  241  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  32.12 
 
 		 664 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  32.6 
 
 		 602 aa  240  5e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  30 
 
 		 582 aa  239  8e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  29.13 
 
 		 531 aa  239  8e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  29.94 
 
 		 582 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  30.71 
 
 		 581 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>