More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1893 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP1893  transcriptional regulator, putative  100 
 
 
316 aa  649    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2334  cell envelope-related transcriptional attenuator  76.11 
 
 
318 aa  494  1e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.591324  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2377  transcription attenuator LytR  76.11 
 
 
318 aa  494  1e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5566  membrane-bound transcriptional regulator LytR  40.52 
 
 
304 aa  235  7e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5383  membrane-bound transcriptional regulator LytR  40.2 
 
 
302 aa  230  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4947  membrane-bound transcriptional regulator LytR  41.83 
 
 
304 aa  230  3e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0889022  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5115  membrane-bound transcriptional regulator LytR  40.52 
 
 
303 aa  226  4e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5506  membrane-bound transcriptional regulator LytR  40.52 
 
 
303 aa  226  4e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00691653  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5355  membrane-bound transcriptional regulator LytR  40.52 
 
 
303 aa  226  4e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4961  membrane-bound transcriptional regulator LytR  40.52 
 
 
303 aa  225  8e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0205697  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5058  membrane-bound transcriptional regulator LytR  39.54 
 
 
304 aa  220  3e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3385  membrane-bound transcriptional regulator LytR  37.22 
 
 
313 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5436  membrane-bound transcriptional regulator LytR  39.22 
 
 
302 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5387  membrane-bound transcriptional regulator LytR  37.95 
 
 
299 aa  210  3e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3796  membrane-bound transcriptional regulator LytR  38.24 
 
 
302 aa  209  4e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000323774  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3272  membrane-bound transcriptional regulator LytR  35.86 
 
 
310 aa  193  3e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000512755  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1157  transcriptional regulator  35.82 
 
 
334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000000266671  hitchhiker  6.72858e-19 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3735  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.33 
 
 
383 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1851  transcriptional regulator  37.63 
 
 
392 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1057  cell envelope-related transcriptional attenuator  35 
 
 
333 aa  162  8.000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0371332  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0803  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.25 
 
 
317 aa  161  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4877  LytR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
375 aa  160  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4892  LytR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
375 aa  160  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5288  transcription antiterminator, LytR family  33.92 
 
 
375 aa  159  4e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000327862 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5047  LytR family transcription antiterminator  34.43 
 
 
375 aa  159  6e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5432  LytR family transcription antiterminator  34.43 
 
 
375 aa  159  6e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0519  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.76 
 
 
338 aa  159  7e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5306  LytR family transcription antiterminator  34.07 
 
 
377 aa  158  9e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3352  transcription antiterminator, LytR family  31.19 
 
 
335 aa  158  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000199263  hitchhiker  0.0000000000000086496 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1975  transcription antiterminator, LytR family  31.19 
 
 
333 aa  157  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.258453  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5319  transcription antiterminator, LytR family  34.59 
 
 
374 aa  157  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5640  transcription antiterminator, LytR family  34.59 
 
 
372 aa  157  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000247251 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2056  LytR family transcription antiterminator  30.87 
 
 
333 aa  156  4e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00905786  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3243  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.08 
 
 
335 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0378  transcriptional regulator  33.11 
 
 
408 aa  155  8e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0016641  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4992  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.83 
 
 
374 aa  155  9e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0174  transcriptional regulator  32.31 
 
 
374 aa  155  9e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0565386  hitchhiker  0.0000000000000158467 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1830  LytR family transcription antiterminator  35.54 
 
 
333 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.241912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1804  LytR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
333 aa  154  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00220424  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1787  LytR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
335 aa  154  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1973  LytR family transcription antiterminator  35.54 
 
 
333 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5364  transcription antiterminator, LytR family  33.7 
 
 
377 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1732  transcriptional regulator  34.96 
 
 
296 aa  155  1e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2078  transcription antiterminator, LytR family  30.55 
 
 
333 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542577  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2008  transcription antiterminator, LytR family  35.54 
 
 
333 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.0610299999999994e-43 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1838  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.23 
 
 
333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00343174  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0523  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.79 
 
 
337 aa  153  5e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1499  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.11 
 
 
329 aa  151  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000186761  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0673  LytR family transcription antiterminator  31.74 
 
 
337 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0332  transcriptional regulator  35.97 
 
 
386 aa  150  3e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0732  transcription antiterminator, LytR family  32.29 
 
 
338 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4695  transcription antiterminator, LytR family  32.29 
 
 
338 aa  149  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.541641  hitchhiker  0.0000000308245 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0572  LytR family transcription antiterminator  31.74 
 
 
337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0516  LytR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0516  LytR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0605  LytR family transcription antiterminator  31.74 
 
 
333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0643  transcription antiterminator, LytR family  31.94 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.849345  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0661  transcription antiterminator, LytR family  31.74 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34714e-25 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1715  transcriptional regulator  32.97 
 
 
374 aa  144  2e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00565214 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1352  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.67 
 
 
488 aa  144  3e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00278352  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0435  transcriptional regulator  31.61 
 
 
427 aa  142  7e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2366  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.99 
 
 
319 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000181907  unclonable  0.00000001 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3046  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.58 
 
 
322 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.634845  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0368  hypothetical protein  31.07 
 
 
435 aa  137  2e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01650  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  33.55 
 
 
512 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.475151  hitchhiker  0.0000000000510123 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1438  transcriptional regulator  34.88 
 
 
320 aa  135  6.0000000000000005e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000544973  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09330  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain  37.5 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2377  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.73 
 
 
344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00145979  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0640  transcriptional regulator, putative  30.77 
 
 
412 aa  132  6.999999999999999e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00230389  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08290  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  36.19 
 
 
443 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154905  normal  0.235154 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0400  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.79 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000257107  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0211  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.93 
 
 
262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4120  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.96 
 
 
445 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000955467  unclonable  0.000000000378568 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0187  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.08 
 
 
563 aa  129  7.000000000000001e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.234515 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01950  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  32.98 
 
 
516 aa  126  4.0000000000000003e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000132864  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4461  cell envelope-related transcriptional attenuator  39.43 
 
 
390 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1115  hypothetical protein  30.4 
 
 
405 aa  125  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.108667  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01960  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  35.89 
 
 
490 aa  125  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00481524  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1138  transcription attenuator LytR  30.4 
 
 
405 aa  125  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.195072  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0961  transcriptional regulator  30.42 
 
 
410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3000  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.4 
 
 
495 aa  120  3.9999999999999996e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13390  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.9 
 
 
405 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.557039  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2095  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.5 
 
 
411 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1875  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.98 
 
 
344 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4498  transcription antiterminator, LytR family  28.79 
 
 
399 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000182536 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1360  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.29 
 
 
436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0838  transcription antiterminator, LytR family  28.79 
 
 
399 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00382216  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0875  LytR family transcription antiterminator  28.94 
 
 
400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0676567  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1252  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.03 
 
 
403 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000912522  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0717  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.78 
 
 
504 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0100935 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0125  putative transcriptional regulator  34.33 
 
 
380 aa  114  3e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00440963  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0694  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.26 
 
 
401 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.12922  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2090  transcription regulator LytR-like protein  31.92 
 
 
437 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.853394  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0680  LytR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
398 aa  113  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2873  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.11 
 
 
475 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0946  transcription antiterminator, LytR family  28.48 
 
 
400 aa  113  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000012569  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2953  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.93 
 
 
502 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.873931 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0878  transcription antiterminator, LytR family  28.39 
 
 
398 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78734e-21 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0746  LytR family transcription antiterminator  28.39 
 
 
398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0648  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.28 
 
 
388 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.500203  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>