46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1882 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1882  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  100 
 
 		 356 aa  723    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2368  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  85.39 
 
 		 360 aa  634    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.907021  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2325  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  85.39 
 
 		 360 aa  634    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0082  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  33.42 
 
 		 361 aa  171  2e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09740  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.26 
 
 		 400 aa  166  4e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2108  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  30.45 
 
 		 366 aa  161  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0075  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.76 
 
 		 364 aa  146  5e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.509191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2335  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.35 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.713679 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2460  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.21 
 
 		 368 aa  132  6.999999999999999e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0110066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3532  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  26.1 
 
 		 368 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.343045 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0083  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  26.37 
 
 		 359 aa  124  3e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3894  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  26.1 
 
 		 368 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.256011  normal  0.325755 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4737  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.9 
 
 		 368 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0764325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3626  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.9 
 
 		 368 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.194438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5362  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.82 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.538034 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0984  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.55 
 
 		 361 aa  119  7e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.364733  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0736  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.49 
 
 		 360 aa  119  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.879185  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0671  hypothetical protein  27.15 
 
 		 392 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2392  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  23.53 
 
 		 365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.057254  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2489  NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase-like  25.55 
 
 		 421 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5067  opine dehydrogenase  25.07 
 
 		 368 aa  116  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976673  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0881  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.07 
 
 		 363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457888  hitchhiker  0.00000000318565 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0336  hypothetical protein  23.89 
 
 		 368 aa  106  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1521  opine dehydrogenase  24.44 
 
 		 358 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2679  putative opine dehydrogenase  25.34 
 
 		 364 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411102  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1678  Opine dehydrogenase  29.24 
 
 		 370 aa  93.2  7e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.23221  normal  0.906291 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1563  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  21.67 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000158964 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1794  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  23.14 
 
 		 358 aa  88.2  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.626049  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6050  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.97 
 
 		 362 aa  86.7  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0569  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  21.76 
 
 		 360 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4452  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  24.5 
 
 		 359 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576677 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3845  opine dehydrogenase  22.04 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.853646 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0420  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  20.52 
 
 		 359 aa  73.9  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1485  Opine dehydrogenase  23.37 
 
 		 357 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2393  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.79 
 
 		 359 aa  65.9  0.0000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.827107  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8271  D-vitopine dehydrogenase  23.9 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655661  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1179  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  23.36 
 
 		 359 aa  48.5  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1397  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  24.09 
 
 		 359 aa  46.6  0.0007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.392974  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01891  zeta-carotene desaturase  68.97 
 
 		 486 aa  46.2  0.0009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.905208  normal  0.646889 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0371  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  27.97 
 
 		 338 aa  45.4  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1206  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  24.82 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1484  zeta-carotene desaturase  68.97 
 
 		 486 aa  46.2  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.22429  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01291  zeta-carotene desaturase  68.97 
 
 		 484 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0335  carotene 7,8-desaturase  65.52 
 
 		 488 aa  44.3  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01321  zeta-carotene desaturase  65.52 
 
 		 484 aa  43.9  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2356  zeta-carotene desaturase  62.07 
 
 		 488 aa  42.7  0.008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>