More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1800 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 267 aa  558  1e-158  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  80.75 
 
 		 267 aa  455  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  80.75 
 
 		 267 aa  455  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  46.22 
 
 		 258 aa  237  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  43.8 
 
 		 248 aa  216  4e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  43.57 
 
 		 247 aa  204  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  43.57 
 
 		 247 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  43.57 
 
 		 247 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  43.57 
 
 		 247 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 252 aa  203  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 252 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  43.57 
 
 		 252 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  43.57 
 
 		 247 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  43.57 
 
 		 252 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 252 aa  202  6e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  38.56 
 
 		 244 aa  183  3e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 264 aa  176  3e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  38.28 
 
 		 258 aa  175  8e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 245 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 271 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 253 aa  170  3e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 246 aa  169  5e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  37.13 
 
 		 247 aa  169  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 245 aa  168  7e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 244 aa  168  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 260 aa  168  9e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 245 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  35.59 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  35.17 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  34.8 
 
 		 252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  33.68 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650804 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 245 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.19 
 
 		 261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 256 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 260 aa  165  8e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 		 265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 244 aa  163  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  37.34 
 
 		 246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  37.34 
 
 		 246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 244 aa  162  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  37.24 
 
 		 259 aa  161  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  34.84 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  34.84 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  35.68 
 
 		 263 aa  157  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 252 aa  156  3e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 261 aa  156  4e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 246 aa  155  6e-37  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 261 aa  155  8e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  35.39 
 
 		 250 aa  155  8e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  35.39 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 274 aa  153  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  31.37 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  32.78 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.1 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  32.58 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  33.76 
 
 		 271 aa  153  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  34.76 
 
 		 244 aa  152  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 278 aa  152  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106552 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  32.37 
 
 		 249 aa  152  5e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  34.71 
 
 		 252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  34.9 
 
 		 265 aa  152  7e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 267 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 270 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  33.05 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  33.05 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  32.78 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  31.93 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>