88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1601 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1601  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 347 aa  703    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0000019197  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  24.92 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3587  integrase family protein  25.59 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  decreased coverage  0.00000000515843  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3445  integrase family protein  26.06 
 
 		 304 aa  57  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0952  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.63 
 
 		 329 aa  56.6  0.0000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  23.45 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  22.58 
 
 		 291 aa  55.8  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1366  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.78 
 
 		 450 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000415693  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  22.03 
 
 		 332 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  24.82 
 
 		 294 aa  53.5  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  22.56 
 
 		 304 aa  53.1  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  23.23 
 
 		 308 aa  53.5  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1179  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.44 
 
 		 450 aa  53.1  0.000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000142279  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  25.09 
 
 		 302 aa  52.8  0.000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  22.03 
 
 		 308 aa  52.4  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  25.62 
 
 		 291 aa  52.8  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  20.07 
 
 		 328 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  20.07 
 
 		 328 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  20.72 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  23.55 
 
 		 290 aa  51.6  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.3 
 
 		 328 aa  51.6  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1689  integrase family protein  22 
 
 		 292 aa  51.2  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0836065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  24.23 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.29 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  24.15 
 
 		 300 aa  51.2  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0872  integrase family protein  25.79 
 
 		 316 aa  50.8  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  22.71 
 
 		 294 aa  50.8  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  25.29 
 
 		 307 aa  50.4  0.00005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.27 
 
 		 330 aa  50.4  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2651  integrase/recombinase  21.52 
 
 		 320 aa  50.4  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.178628 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  24.55 
 
 		 297 aa  49.7  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  24.79 
 
 		 309 aa  49.7  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2241  integrase family protein  22.32 
 
 		 345 aa  49.7  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.640527  hitchhiker  0.000757999 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  28.06 
 
 		 299 aa  49.3  0.00009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1189  integrase family protein  26.42 
 
 		 297 aa  49.3  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203109  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  23.33 
 
 		 293 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  23.87 
 
 		 304 aa  48.9  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3102  integrase family protein  24.74 
 
 		 301 aa  48.9  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000184896  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  22.64 
 
 		 310 aa  48.9  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  22.34 
 
 		 332 aa  48.9  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.3 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  22.3 
 
 		 294 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  24.53 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  22.38 
 
 		 314 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.57 
 
 		 291 aa  47.8  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 306 aa  47.4  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.85 
 
 		 330 aa  47.4  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0221  integrase domain protein SAM domain protein  27.1 
 
 		 223 aa  47.4  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  21.69 
 
 		 319 aa  47.4  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  23.66 
 
 		 302 aa  47  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  24.53 
 
 		 307 aa  47  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  23.78 
 
 		 296 aa  46.6  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  24.07 
 
 		 302 aa  46.6  0.0007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  21.97 
 
 		 325 aa  45.4  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  23.84 
 
 		 313 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  27.23 
 
 		 311 aa  45.4  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4646  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  22.37 
 
 		 317 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1508  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  23.32 
 
 		 319 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0924  phage integrase family protein  23.24 
 
 		 294 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.852644  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  25 
 
 		 336 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  23.01 
 
 		 291 aa  45.4  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  23.7 
 
 		 302 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  25.79 
 
 		 310 aa  44.7  0.002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  24.14 
 
 		 302 aa  44.3  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  22.11 
 
 		 298 aa  44.3  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  24.46 
 
 		 315 aa  44.7  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1994  integrase family protein  23.37 
 
 		 315 aa  43.9  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000947418  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  20.3 
 
 		 299 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  22.03 
 
 		 294 aa  43.9  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  21.02 
 
 		 292 aa  43.9  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  21.02 
 
 		 292 aa  43.9  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  21.02 
 
 		 292 aa  43.9  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  24.52 
 
 		 307 aa  43.5  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  22.94 
 
 		 303 aa  43.5  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0057  integrase-recombinase  24.28 
 
 		 381 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0945594  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2012  Phage integrase  33.33 
 
 		 329 aa  43.5  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1820  phage integrase family protein  23.72 
 
 		 283 aa  43.5  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.111306  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.72 
 
 		 330 aa  43.1  0.007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  25 
 
 		 310 aa  43.1  0.007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.16 
 
 		 298 aa  43.1  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  22.07 
 
 		 303 aa  42.7  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  29.41 
 
 		 479 aa  42.7  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  24.77 
 
 		 297 aa  42.7  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  20.27 
 
 		 303 aa  43.1  0.008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1131  Integrase  30.67 
 
 		 223 aa  42.7  0.009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.127877  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5707  integrase domain protein SAM domain protein  27.46 
 
 		 319 aa  42.7  0.009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.32 
 
 		 302 aa  42.7  0.01  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1673  integrase family protein  25 
 
 		 374 aa  42.7  0.01  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000152851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>