More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1433 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  100 
 
 		 356 aa  732    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  83.99 
 
 		 356 aa  620  1e-176  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  83.99 
 
 		 356 aa  620  1e-176  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  44.82 
 
 		 367 aa  303  2.0000000000000002e-81  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  46.2 
 
 		 355 aa  301  8.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  47.09 
 
 		 378 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  47.09 
 
 		 378 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  43.27 
 
 		 359 aa  295  7e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  47.21 
 
 		 363 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  45.51 
 
 		 364 aa  294  1e-78  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  45.64 
 
 		 369 aa  291  9e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  47.79 
 
 		 385 aa  291  1e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  46.31 
 
 		 389 aa  290  2e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  43.95 
 
 		 359 aa  289  4e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  47.81 
 
 		 378 aa  288  7e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  46.65 
 
 		 363 aa  286  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  45.19 
 
 		 380 aa  286  5e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  45.45 
 
 		 365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  45.72 
 
 		 359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  46.09 
 
 		 374 aa  281  9e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  46.31 
 
 		 378 aa  281  1e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  45.19 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  43.59 
 
 		 358 aa  279  6e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  46.73 
 
 		 376 aa  276  5e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  42.9 
 
 		 364 aa  273  2.0000000000000002e-72  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  44.41 
 
 		 359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  42.7 
 
 		 356 aa  273  3e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  43.48 
 
 		 372 aa  273  3e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  46.38 
 
 		 381 aa  273  3e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  44.74 
 
 		 373 aa  272  8.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  45.35 
 
 		 353 aa  271  2e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  43.3 
 
 		 360 aa  269  5e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  44.28 
 
 		 375 aa  268  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  43.02 
 
 		 372 aa  265  7e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  42.2 
 
 		 357 aa  265  8e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  42.65 
 
 		 359 aa  263  3e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  41.18 
 
 		 350 aa  263  4e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  45.22 
 
 		 368 aa  263  4.999999999999999e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  42.4 
 
 		 371 aa  262  6.999999999999999e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002716  DNA polymerase IV  42.46 
 
 		 356 aa  261  8.999999999999999e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  42.36 
 
 		 396 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  42.82 
 
 		 360 aa  260  3e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  41.76 
 
 		 371 aa  259  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1586  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  39.27 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  41.5 
 
 		 359 aa  257  2e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1342  DNA polymerase IV  46.23 
 
 		 359 aa  256  5e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1876  DNA polymerase IV  50.2 
 
 		 360 aa  256  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  41.29 
 
 		 360 aa  255  7e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  42.36 
 
 		 359 aa  255  8e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  39.71 
 
 		 408 aa  255  9e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  42.36 
 
 		 364 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  42.09 
 
 		 356 aa  255  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  42.55 
 
 		 353 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  40.38 
 
 		 356 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  40.87 
 
 		 358 aa  252  6e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  41.76 
 
 		 385 aa  252  6e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  43.39 
 
 		 359 aa  252  7e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  38.7 
 
 		 352 aa  251  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  48.43 
 
 		 352 aa  250  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  43.1 
 
 		 359 aa  250  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0957  DNA polymerase IV  49.41 
 
 		 304 aa  250  3e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  41.08 
 
 		 351 aa  249  4e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  41.08 
 
 		 351 aa  249  4e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  41.08 
 
 		 351 aa  249  4e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  41.08 
 
 		 351 aa  249  4e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  41.08 
 
 		 351 aa  249  4e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  41.08 
 
 		 351 aa  249  4e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  43.1 
 
 		 359 aa  249  4e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  41.08 
 
 		 351 aa  249  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  41.08 
 
 		 351 aa  249  5e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  40.64 
 
 		 352 aa  248  8e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  40.62 
 
 		 351 aa  248  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  39.77 
 
 		 352 aa  249  8e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  40.62 
 
 		 351 aa  248  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  41.98 
 
 		 354 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  40.35 
 
 		 352 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  40.35 
 
 		 352 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  41.4 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  40.8 
 
 		 369 aa  247  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  40.62 
 
 		 351 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  41.4 
 
 		 417 aa  248  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  40.91 
 
 		 354 aa  248  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  42.11 
 
 		 481 aa  247  3e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  41.11 
 
 		 354 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  40.18 
 
 		 426 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  40.34 
 
 		 351 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  41.11 
 
 		 354 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  40.34 
 
 		 351 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  41.18 
 
 		 410 aa  245  9e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  40.82 
 
 		 354 aa  245  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  41.48 
 
 		 357 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  41.4 
 
 		 352 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  39.09 
 
 		 399 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  39.66 
 
 		 353 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  38.14 
 
 		 352 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  41.23 
 
 		 443 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  41.02 
 
 		 419 aa  243  3e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  40.9 
 
 		 353 aa  242  6e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  41.24 
 
 		 373 aa  242  6e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  40.23 
 
 		 358 aa  242  9e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>