More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1163 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
269 aa  546  1e-155  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  71.64 
 
 
268 aa  401  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  71.64 
 
 
268 aa  401  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  44.69 
 
 
277 aa  224  9e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  44.32 
 
 
277 aa  223  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  44.32 
 
 
277 aa  222  5e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  44.32 
 
 
277 aa  222  6e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  43.96 
 
 
277 aa  220  2e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  43.96 
 
 
277 aa  220  2e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  43.96 
 
 
277 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  43.22 
 
 
277 aa  219  5e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  43.96 
 
 
277 aa  218  8e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  4.96147e-05 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  42.12 
 
 
277 aa  217  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.34489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 
308 aa  215  5e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 
277 aa  202  5e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  41.39 
 
 
280 aa  196  3e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  41.3 
 
 
278 aa  191  1e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  42.12 
 
 
279 aa  188  8e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  40.59 
 
 
276 aa  184  1e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  41.13 
 
 
280 aa  182  7e-45  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 
273 aa  181  9e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 
284 aa  179  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  35.53 
 
 
290 aa  175  7e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 
290 aa  173  2e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  36.43 
 
 
286 aa  168  8e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
284 aa  168  8e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 
282 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 
271 aa  164  1e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 
285 aa  164  1e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.07 
 
 
279 aa  163  2e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.28 
 
 
280 aa  164  2e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  37.87 
 
 
295 aa  162  4e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 
279 aa  162  4e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 
284 aa  162  8e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 
272 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  3.05601e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  38.35 
 
 
269 aa  159  6e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 
286 aa  157  1e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
272 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.94925e-05  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  35.27 
 
 
272 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  35.27 
 
 
272 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
272 aa  158  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.04625e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
272 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.34858e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 
286 aa  158  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 
272 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.95686e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
286 aa  157  2e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 
278 aa  156  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 
272 aa  156  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.12137e-05  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 
290 aa  155  7e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
292 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 
286 aa  154  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 
272 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.46161e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 
294 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 
301 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 
286 aa  153  3e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  33.7 
 
 
286 aa  152  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 
296 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 
289 aa  152  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
291 aa  152  8e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
271 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.87 
 
 
288 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 
285 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 
278 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 
297 aa  150  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 
298 aa  149  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 
298 aa  149  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 
272 aa  149  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.58 
 
 
271 aa  149  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  30.93 
 
 
315 aa  148  8e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 
279 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  35.29 
 
 
277 aa  148  9e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  31.99 
 
 
283 aa  147  1e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
289 aa  148  1e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 
275 aa  148  1e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 
276 aa  147  2e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 
287 aa  147  2e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 
279 aa  147  2e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 
285 aa  147  2e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  33.83 
 
 
283 aa  146  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 
289 aa  146  4e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 
279 aa  146  4e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
284 aa  146  4e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 
271 aa  146  4e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 
288 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 
288 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  36.7 
 
 
269 aa  145  6e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  32.49 
 
 
283 aa  145  7e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 
288 aa  145  9e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.84 
 
 
298 aa  144  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 
272 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.14 
 
 
289 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
289 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 
282 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  29.52 
 
 
288 aa  143  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  1.41391e-11 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 
288 aa  142  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  32.26 
 
 
292 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 
282 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  5.12206e-12 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  33.2 
 
 
270 aa  142  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  3.08711e-06  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 
279 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 
298 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  30.3 
 
 
285 aa  141  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>