176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1153 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP1153  30S ribosomal protein S20  100 
 
 
83 aa  161  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.320164  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1643  30S ribosomal protein S20  75.9 
 
 
83 aa  124  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.137149  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1678  30S ribosomal protein S20  75.9 
 
 
83 aa  124  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0197886  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0647  30S ribosomal protein S20  51.28 
 
 
84 aa  70.5  0.000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000292559  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1039  ribosomal protein S20  46.91 
 
 
115 aa  69.7  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000562255  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1172  30S ribosomal protein S20  47.44 
 
 
88 aa  62.8  0.000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000575412  hitchhiker  0.00000000402538 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4315  30S ribosomal protein S20  44.87 
 
 
90 aa  62  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000159944  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1979  ribosomal protein S20  45.68 
 
 
85 aa  62  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176977  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1902  30S ribosomal protein S20  47.44 
 
 
77 aa  61.6  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000191113  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1295  ribosomal protein S20  43.9 
 
 
89 aa  60.8  0.000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.312929  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4173  30S ribosomal protein S20  48.1 
 
 
85 aa  60.5  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0124088  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1005  30S ribosomal protein S20  46.84 
 
 
89 aa  60.1  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3049  30S ribosomal protein S20  48.1 
 
 
85 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0287118  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2505  30S ribosomal protein S20  46.84 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0950  30S ribosomal protein S20  44.87 
 
 
77 aa  57.8  0.00000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0608659  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2446  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
89 aa  57.8  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000240091  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0795  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
85 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.111102  hitchhiker  0.0000000000117943 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7071  ribosomal protein S20  40.51 
 
 
88 aa  57  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595098  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4403  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
85 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4344  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
85 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000153456 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4221  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
85 aa  57  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000214767  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4059  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
85 aa  57  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.2501  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4069  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
85 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00157919  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4547  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
85 aa  57  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0818  30S ribosomal protein S20  45.68 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1583  30S ribosomal protein S20  43.59 
 
 
83 aa  56.6  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.74402  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4441  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
85 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000591712  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4455  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
85 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000115322  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1740  30S ribosomal protein S20  40.51 
 
 
86 aa  54.3  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.632163  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1176  SSU ribosomal protein S20P  45.57 
 
 
88 aa  53.9  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.150472  hitchhiker  0.00109182 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0577  SSU ribosomal protein S20P  43.04 
 
 
105 aa  53.1  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1552  ribosomal protein S20  43.04 
 
 
86 aa  53.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0324223  normal  0.177559 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17390  SSU ribosomal protein S20P  44.3 
 
 
88 aa  52.8  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.3443  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2800  ribosomal protein S20  41.98 
 
 
86 aa  52.8  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.207865  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01050  30S ribosomal protein S20  42.31 
 
 
82 aa  52.8  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3259  ribosomal protein S20  41.77 
 
 
88 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.602906  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  40.51 
 
 
88 aa  52  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  39.24 
 
 
88 aa  52  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3185  ribosomal protein S20  41.18 
 
 
86 aa  51.6  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0850  30S ribosomal protein S20  43.59 
 
 
78 aa  51.2  0.000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00000116553  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3510  30S ribosomal protein S20  44.44 
 
 
86 aa  50.1  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3582  30S ribosomal protein S20  44.44 
 
 
86 aa  50.1  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179695  normal  0.0144899 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3522  30S ribosomal protein S20  44.44 
 
 
86 aa  50.1  0.000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.824464  normal  0.131692 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2281  30S ribosomal protein S20  44.59 
 
 
90 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0218498  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2941  30S ribosomal protein S20  35.63 
 
 
112 aa  49.7  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.205918  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1576  ribosomal protein S20  37.33 
 
 
89 aa  50.1  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2105  30S ribosomal protein S20  41.98 
 
 
107 aa  49.7  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2689  30S ribosomal protein S20  40.74 
 
 
88 aa  48.9  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2561  30S ribosomal protein S20  40.74 
 
 
88 aa  48.9  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1581  30S ribosomal protein S20  41.77 
 
 
109 aa  49.3  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1520  30S ribosomal protein S20  37.08 
 
 
98 aa  48.9  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.171164 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1261  30S ribosomal protein S20  41.77 
 
 
89 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0399917 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2005  ribosomal protein S20  43.04 
 
 
95 aa  49.3  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.894621  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0776  SSU ribosomal protein S20P  43.24 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38047  normal  0.149543 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1524  30S ribosomal protein S20  41.77 
 
 
109 aa  49.3  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13310  SSU ribosomal protein S20P  42.86 
 
 
86 aa  49.7  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.170233  normal  0.153651 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1755  30S ribosomal protein S20  37.8 
 
 
91 aa  48.1  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00299182  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2665  30S ribosomal protein S20  41.46 
 
 
86 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.213865  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  39.51 
 
 
87 aa  47.8  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0126  30S ribosomal protein S20  42.5 
 
 
95 aa  47.8  0.00005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000563837  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0424  30S ribosomal protein S20  40 
 
 
91 aa  47.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1678  30S ribosomal protein S20  39.24 
 
 
90 aa  47.8  0.00006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3844  30S ribosomal protein S20  40.51 
 
 
88 aa  47.8  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160691  hitchhiker  0.0019697 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0500  30S ribosomal protein S20  39.24 
 
 
90 aa  47.8  0.00006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.166841  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3465  30S ribosomal protein S20  41.67 
 
 
88 aa  47.4  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1614  ribosomal protein S20  37.97 
 
 
88 aa  47  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3546  30S ribosomal protein S20  37.97 
 
 
89 aa  47  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl368.1  30S ribosomal protein S20  41.98 
 
 
81 aa  46.6  0.0001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.5112799999999996e-45  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  41.25 
 
 
88 aa  46.6  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2207  ribosomal protein S20  40.28 
 
 
86 aa  46.6  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2223  ribosomal protein S20  40.24 
 
 
86 aa  46.2  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.133967  normal  0.0102835 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1145  30S ribosomal protein S20  41.89 
 
 
95 aa  47  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.576615  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2067  ribosomal protein S20  37.97 
 
 
88 aa  46.6  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0756  30S ribosomal protein S20  39.24 
 
 
87 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000125202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0771  30S ribosomal protein S20  39.24 
 
 
87 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1207  ribosomal protein S20  37.04 
 
 
86 aa  45.8  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.872926  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3421  ribosomal protein S20  41.67 
 
 
86 aa  45.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144385  normal  0.0315354 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0827  SSU ribosomal protein S20P  40.54 
 
 
92 aa  45.4  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0352915  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1172  30S ribosomal protein S20  40 
 
 
96 aa  45.4  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000300859  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12640  SSU ribosomal protein S20P  41.67 
 
 
86 aa  45.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.464272  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3912  30S ribosomal protein S20  39.02 
 
 
86 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0739  30S ribosomal protein S20  34.83 
 
 
97 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3076  30S ribosomal protein S20  39.74 
 
 
90 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000126326  hitchhiker  0.00230121 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3655  30S ribosomal protein S20  39.51 
 
 
87 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.225514  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2299  30S ribosomal protein S20  39.51 
 
 
87 aa  45.1  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00503928  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2014  30S ribosomal protein S20  39.51 
 
 
87 aa  45.1  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0854  ribosomal protein S20  40.24 
 
 
86 aa  45.1  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12880  ribosomal protein S20  40.51 
 
 
87 aa  44.7  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  4.40535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12440  30S ribosomal protein S20  41.46 
 
 
86 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  39.51 
 
 
87 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  39.24 
 
 
86 aa  44.7  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207001  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2250  30S ribosomal protein S20  37.97 
 
 
92 aa  44.3  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375022  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  40.51 
 
 
87 aa  44.7  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2301  ribosomal protein S20  35.44 
 
 
88 aa  44.7  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.62768  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1134  30S ribosomal protein S20  40 
 
 
96 aa  44.7  0.0005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000567629  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3551  30S ribosomal protein S20  39.51 
 
 
89 aa  43.9  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  38.75 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  39.02 
 
 
86 aa  43.5  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  38.75 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000253205  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  38.75 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>