More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1103 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1103  shikimate kinase  100 
 
 		 165 aa  336  9.999999999999999e-92  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.396409  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  56.49 
 
 		 174 aa  183  9e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  56.49 
 
 		 174 aa  183  9e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  38.51 
 
 		 165 aa  108  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  37.89 
 
 		 165 aa  106  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  37.89 
 
 		 165 aa  106  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  37.89 
 
 		 165 aa  105  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  37.27 
 
 		 165 aa  104  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  37.27 
 
 		 170 aa  104  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  36.65 
 
 		 165 aa  102  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  37.27 
 
 		 165 aa  102  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  37.27 
 
 		 165 aa  102  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  38.06 
 
 		 156 aa  101  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  38.13 
 
 		 190 aa  101  5e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  32.26 
 
 		 198 aa  99  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  33.54 
 
 		 173 aa  97.8  6e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  37.89 
 
 		 175 aa  97.1  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  40.71 
 
 		 185 aa  97.1  1e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 457 aa  95.9  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  40.71 
 
 		 185 aa  95.9  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  34.27 
 
 		 176 aa  95.9  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.76 
 
 		 170 aa  95.5  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  41.43 
 
 		 185 aa  94.7  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  34.64 
 
 		 181 aa  94  8e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  33.54 
 
 		 204 aa  94  9e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  35.8 
 
 		 176 aa  93.2  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06600  shikimate kinase  30.3 
 
 		 188 aa  93.6  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  35.15 
 
 		 195 aa  93.6  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  34.84 
 
 		 216 aa  93.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  35.03 
 
 		 165 aa  93.2  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  34.36 
 
 		 174 aa  92.8  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  32.91 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0696  shikimate kinase  36.14 
 
 		 163 aa  92.8  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  34 
 
 		 176 aa  91.3  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  35.98 
 
 		 183 aa  90.9  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2273  shikimate kinase  32.89 
 
 		 199 aa  90.9  7e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.151657  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  34.52 
 
 		 172 aa  90.5  9e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2010  Shikimate kinase  30.12 
 
 		 189 aa  90.1  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269674 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  34.97 
 
 		 186 aa  90.1  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  34.57 
 
 		 176 aa  89.4  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  34.76 
 
 		 171 aa  89.4  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  30.67 
 
 		 189 aa  89.7  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  34.64 
 
 		 191 aa  89.4  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  39.71 
 
 		 184 aa  89.4  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  35.43 
 
 		 187 aa  89  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01390  shikimate kinase  30.72 
 
 		 185 aa  89.4  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0536542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  37.39 
 
 		 208 aa  88.6  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  32.87 
 
 		 186 aa  89  3e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  33.57 
 
 		 192 aa  89  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  32.72 
 
 		 183 aa  88.6  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  33.81 
 
 		 196 aa  88.6  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  33.11 
 
 		 173 aa  88.2  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  33.95 
 
 		 176 aa  88.6  4e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  34.69 
 
 		 180 aa  88.6  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  30.3 
 
 		 181 aa  88.2  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  33.99 
 
 		 185 aa  88.2  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  30.3 
 
 		 193 aa  87.8  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  29.24 
 
 		 462 aa  87.8  6e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  29.27 
 
 		 180 aa  87.8  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  35.37 
 
 		 179 aa  87.4  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  35.37 
 
 		 179 aa  87.4  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  34.69 
 
 		 190 aa  87.4  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  30.06 
 
 		 192 aa  87.4  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  33.81 
 
 		 206 aa  87.4  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  35.03 
 
 		 177 aa  87.4  8e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  31.43 
 
 		 200 aa  87  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  34.48 
 
 		 205 aa  87  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1162  shikimate kinase / chorismate mutase  35.8 
 
 		 266 aa  87  9e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  32.12 
 
 		 177 aa  86.7  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  32.12 
 
 		 177 aa  86.7  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  32.12 
 
 		 177 aa  86.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  31.97 
 
 		 180 aa  86.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  32.88 
 
 		 203 aa  86.7  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  32.12 
 
 		 177 aa  86.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1460  shikimate kinase  31.65 
 
 		 168 aa  87  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00429425  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  34.55 
 
 		 198 aa  86.7  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  32.12 
 
 		 177 aa  86.7  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  32.89 
 
 		 172 aa  85.9  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  34.55 
 
 		 198 aa  86.3  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  31.9 
 
 		 184 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  35.03 
 
 		 184 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  33.81 
 
 		 196 aa  86.3  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  31.01 
 
 		 188 aa  85.9  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  33.06 
 
 		 204 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  31.9 
 
 		 209 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  32.26 
 
 		 197 aa  86.3  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  29.24 
 
 		 202 aa  85.9  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  29.7 
 
 		 174 aa  85.5  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  34.38 
 
 		 185 aa  85.5  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  31.9 
 
 		 199 aa  85.9  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  32.37 
 
 		 192 aa  85.5  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  35.54 
 
 		 195 aa  85.5  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01231  shikimate kinase  34.73 
 
 		 197 aa  85.1  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.428162 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  31.9 
 
 		 182 aa  84.7  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  35.71 
 
 		 190 aa  84.7  5e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.13 
 
 		 454 aa  84.7  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  27.61 
 
 		 190 aa  84.3  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  34.9 
 
 		 182 aa  84.3  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  31.85 
 
 		 175 aa  84.3  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>