More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0763 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
305 aa  623  1e-177  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  84.92 
 
 
305 aa  542  1e-153  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  84.92 
 
 
305 aa  542  1e-153  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  67.35 
 
 
302 aa  423  1e-117  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  67.01 
 
 
302 aa  420  1e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  67.35 
 
 
302 aa  421  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  1.69242e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  67.01 
 
 
302 aa  420  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40417e-09 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  68.64 
 
 
302 aa  419  1e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  67.01 
 
 
302 aa  420  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  3.28194e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  66.67 
 
 
302 aa  418  1e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  67.35 
 
 
302 aa  419  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.67 
 
 
302 aa  418  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.01 
 
 
302 aa  420  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  7.62664e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  68.29 
 
 
302 aa  415  1e-115  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  66.33 
 
 
304 aa  416  1e-115  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  66.21 
 
 
304 aa  399  1e-110  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  8.66742e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.14 
 
 
303 aa  345  7e-94  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  57.59 
 
 
305 aa  343  2e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  55.45 
 
 
306 aa  335  5e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.56 
 
 
296 aa  330  1e-89  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.73 
 
 
296 aa  328  9e-89  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  55.37 
 
 
304 aa  321  1e-86  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  7.16198e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.94 
 
 
301 aa  317  1e-85  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  53.42 
 
 
334 aa  309  3e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.67359e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  51.01 
 
 
331 aa  308  7e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  52.2 
 
 
305 aa  307  1e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  52.76 
 
 
303 aa  301  1e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.36 
 
 
303 aa  300  2e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.16 
 
 
306 aa  300  3e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  49.2 
 
 
313 aa  296  2e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  52.38 
 
 
306 aa  294  1e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  46.8 
 
 
305 aa  292  5e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  49.15 
 
 
310 aa  291  7e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.84 
 
 
304 aa  291  8e-78  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  47.35 
 
 
309 aa  291  1e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  51.7 
 
 
306 aa  290  2e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.63 
 
 
308 aa  281  1e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.96 
 
 
312 aa  280  2e-74  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  49.49 
 
 
305 aa  280  2e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  50.34 
 
 
304 aa  278  6e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  47.44 
 
 
313 aa  271  9e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  1.89125e-05  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.88 
 
 
312 aa  270  2e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  46 
 
 
314 aa  268  7e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  47.39 
 
 
352 aa  268  1e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
300 aa  266  5e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  45.72 
 
 
323 aa  261  1e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  48.29 
 
 
306 aa  260  2e-68  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  48.32 
 
 
318 aa  259  4e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  46.31 
 
 
311 aa  259  5e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  42.68 
 
 
326 aa  258  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  44.7 
 
 
306 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  47.65 
 
 
318 aa  256  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 
329 aa  256  3e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  45.97 
 
 
311 aa  256  3e-67  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  44 
 
 
325 aa  254  2e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.67 
 
 
313 aa  253  3e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  46.67 
 
 
318 aa  252  4e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  43.46 
 
 
319 aa  252  5e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  45.55 
 
 
327 aa  251  8e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  44.85 
 
 
320 aa  251  8e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.35219e-10 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  45.45 
 
 
342 aa  251  1e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.07 
 
 
347 aa  248  1e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.2 
 
 
324 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.07 
 
 
334 aa  248  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  44.63 
 
 
420 aa  247  2e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.78 
 
 
316 aa  246  3e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  42.42 
 
 
352 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  44.85 
 
 
320 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.99 
 
 
343 aa  245  6e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  43.77 
 
 
316 aa  245  6e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.23 
 
 
324 aa  244  1e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  43.45 
 
 
343 aa  244  2e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  42.81 
 
 
313 aa  244  2e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  41.51 
 
 
348 aa  243  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.48 
 
 
322 aa  243  3e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.34 
 
 
356 aa  243  3e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.65 
 
 
325 aa  243  4e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  42.02 
 
 
329 aa  243  4e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  41.75 
 
 
352 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.43 
 
 
313 aa  241  8e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  41.75 
 
 
352 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  42.44 
 
 
358 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  46.53 
 
 
297 aa  241  1e-62  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.86 
 
 
320 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  42.44 
 
 
370 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  43.32 
 
 
400 aa  239  3e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  43.27 
 
 
320 aa  239  3e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.67472e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  42.44 
 
 
370 aa  240  3e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.62 
 
 
403 aa  239  3e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.53 
 
 
356 aa  240  3e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43 
 
 
391 aa  239  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  43.75 
 
 
402 aa  238  7e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  43.75 
 
 
360 aa  238  7e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  43.75 
 
 
402 aa  238  7e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.41 
 
 
438 aa  238  7e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.18 
 
 
333 aa  238  8e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 
325 aa  238  8e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.42 
 
 
322 aa  238  8e-62  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  41.86 
 
 
320 aa  238  9e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  43.09 
 
 
405 aa  238  9e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>