More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0466 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  100 
 
 
66 aa  131  3e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  92.42 
 
 
66 aa  124  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  92.42 
 
 
66 aa  124  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  84.38 
 
 
67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  84.38 
 
 
67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  82.81 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  82.81 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  82.81 
 
 
65 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  82.81 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.81 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  82.81 
 
 
65 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  82.81 
 
 
65 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  82.81 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.95 
 
 
66 aa  108  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  80.95 
 
 
66 aa  108  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1492  cold-shock protein DNA-binding  78.79 
 
 
66 aa  105  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192979  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1463  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.79 
 
 
66 aa  105  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302037  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  78.79 
 
 
77 aa  104  4e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.56 
 
 
65 aa  103  9e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.26 
 
 
65 aa  102  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  77.78 
 
 
65 aa  101  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 
65 aa  100  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.56 
 
 
65 aa  100  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 
66 aa  98.6  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  73.02 
 
 
65 aa  97.8  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
67 aa  97.4  5e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  70.31 
 
 
65 aa  97.4  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  97.4  6e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  97.4  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 
67 aa  97.1  7e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
66 aa  97.1  7e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  74.6 
 
 
66 aa  97.1  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.85 
 
 
66 aa  96.7  9e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
66 aa  95.9  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  73.85 
 
 
66 aa  95.9  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  70.15 
 
 
67 aa  96.7  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3679  cold shock protein CspB  76.19 
 
 
65 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.844549  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  73.85 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  73.85 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  73.85 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  73.85 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  73.85 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  73.85 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  73.85 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  73.85 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1666  cold shock protein CspB  76.19 
 
 
65 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
66 aa  94.7  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05490  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
68 aa  95.1  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.94484e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1517  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.6 
 
 
65 aa  94.7  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  73.85 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1327  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.19 
 
 
65 aa  94  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00843058  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  94  7e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
66 aa  93.6  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_005945  BAS1512  cold shock protein CspB  74.6 
 
 
65 aa  93.6  9e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0532666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  74.6 
 
 
65 aa  93.6  9e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  74.6 
 
 
65 aa  93.6  9e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  93.2  9e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
83 aa  92.8  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2178  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
65 aa  92.8  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1720  cold shock protein CspB  74.6 
 
 
65 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.146917  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1474  cold shock protein  74.6 
 
 
65 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259968  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1771  cold shock protein CspB  74.6 
 
 
65 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.674817  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1587  cold-shock DNA-binding protein family  65.15 
 
 
66 aa  92  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000012511  unclonable  7.72165e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  65.15 
 
 
66 aa  92  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3186  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  92  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000014796  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
94 aa  91.7  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1697  cold shock protein CspB  73.02 
 
 
65 aa  91.7  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
68 aa  91.3  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  66.67 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0387  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000327706  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.15 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4183  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.13 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0862888  normal  0.391924 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 
65 aa  91.3  4e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0880  cold shock protein  64.62 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000035682  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  68.75 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>