157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0144 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0144  S4 domain-containing protein  100 
 
 
87 aa  173  8e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0528  RNA-binding S4 domain-containing protein  80.26 
 
 
87 aa  130  6.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000233006  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0541  RNA-binding S4 domain-containing protein  80.26 
 
 
87 aa  130  6.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000262722  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0052  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.37 
 
 
91 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0052  RNA-binding S4 domain protein  69.88 
 
 
93 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0055  S4 domain-containing protein  62.07 
 
 
91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.28078  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0056  S4 domain-containing protein  62.07 
 
 
91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0052  heat shock protein 15  62.07 
 
 
91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000120975  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0052  heat shock protein 15  62.07 
 
 
91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69267  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0056  s4 domain-containing protein  62.07 
 
 
91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00178771  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0063  S4 domain protein  62.07 
 
 
91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5254  S4 domain protein  62.07 
 
 
91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00238131  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0062  S4 domain protein  62.07 
 
 
91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.244767  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0066  S4 domain protein  62.07 
 
 
91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0453623  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0052  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.92 
 
 
91 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.052055  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0054  RNA-binding S4 domain protein  62.35 
 
 
90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0449701  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0012  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  57.47 
 
 
89 aa  105  1e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0010  S4 domain-containing protein  60.71 
 
 
90 aa  104  5e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0400  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  58.02 
 
 
93 aa  102  2e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0008  S4 domain-containing protein  55.95 
 
 
91 aa  100  8e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.340534  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0184  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  57.32 
 
 
86 aa  96.7  9e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2487  S4 domain-containing protein  54.88 
 
 
86 aa  94.7  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000000325164  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0187  RNA-binding S4 domain protein  53.66 
 
 
100 aa  93.2  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2801  S4 domain-containing protein  53.66 
 
 
86 aa  92.8  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000568506  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2658  RNA-binding S4  56.58 
 
 
79 aa  90.1  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000195193  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0688  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.32 
 
 
81 aa  88.6  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0948167  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3084  RNA-binding S4 domain protein  48.72 
 
 
79 aa  85.9  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000350444  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0263  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.38 
 
 
90 aa  85.5  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0649  RNA-binding S4 domain protein  48.1 
 
 
80 aa  82  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000000916676  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0086  RNA-binding S4  48.15 
 
 
89 aa  78.6  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0510355  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0220  RNA-binding S4 domain protein  43.53 
 
 
86 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0076  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 
88 aa  79  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0272  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  51.9 
 
 
91 aa  77.8  0.00000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0116  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.57 
 
 
80 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0134  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.32 
 
 
79 aa  74.3  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000111292  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0084  hypothetical protein  44.3 
 
 
80 aa  71.6  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0136  RNA-binding S4 domain protein  38.55 
 
 
90 aa  69.7  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.170322  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0620  RNA-binding S4 domain protein  41.98 
 
 
81 aa  66.6  0.0000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.215008  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1262  RNA-binding S4 domain protein  45.71 
 
 
83 aa  66.6  0.0000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1221  RNA-binding S4 domain protein  35.63 
 
 
89 aa  66.2  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000000180321  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0343  RNA-binding S4 domain protein  40.24 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.703045 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0164  S4 domain protein  40.24 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0965  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.54 
 
 
79 aa  58.5  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0093  RNA-binding S4 domain protein  43.33 
 
 
82 aa  57.8  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000415805  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1380  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.37 
 
 
77 aa  57.8  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.278565  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.88 
 
 
139 aa  57.4  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.24 
 
 
141 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.56 
 
 
149 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  44.62 
 
 
134 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2068  RNA-binding S4 domain protein  43.33 
 
 
81 aa  53.9  0.0000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0725  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.78 
 
 
77 aa  53.1  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.149399  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0701  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.78 
 
 
77 aa  53.1  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00584893  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  37.5 
 
 
131 aa  51.6  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0753  S4 RNA-binding domain protein  37.33 
 
 
82 aa  52  0.000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  38.46 
 
 
128 aa  50.8  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  33.85 
 
 
131 aa  50.4  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  38.46 
 
 
141 aa  49.7  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1468  RNA-binding S4  50 
 
 
146 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.369867  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0249  RNA-binding S4 domain protein  35.9 
 
 
137 aa  49.3  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  37.04 
 
 
133 aa  49.3  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  36.92 
 
 
141 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0119  RNA-binding S4  37.88 
 
 
132 aa  48.5  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0359647  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.18 
 
 
100 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1066  S4 domain-containing protein  36.67 
 
 
81 aa  48.5  0.00003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  33.77 
 
 
137 aa  47.8  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2104  RNA-binding S4 domain protein  33.85 
 
 
128 aa  47.8  0.00006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  32.53 
 
 
133 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  40.62 
 
 
135 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4962  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.06 
 
 
133 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  31.17 
 
 
135 aa  46.6  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.53 
 
 
133 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1237  uroporphyrinogen decarboxylase  41.18 
 
 
81 aa  46.6  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4615  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.23 
 
 
135 aa  46.6  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.06 
 
 
133 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0768  S4 domain-containing protein  32.47 
 
 
81 aa  45.8  0.0002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.515789  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  40.62 
 
 
135 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  35.23 
 
 
130 aa  46.2  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  39.06 
 
 
142 aa  45.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.31 
 
 
135 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.06 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  37.97 
 
 
137 aa  46.2  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0879  RNA-binding S4 domain protein  32.26 
 
 
128 aa  45.8  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1332  S4 domain-containing protein  32.47 
 
 
81 aa  45.8  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  32.95 
 
 
135 aa  46.2  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0265  RNA-binding S4  40.62 
 
 
135 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  34.18 
 
 
125 aa  45.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  37.18 
 
 
91 aa  45.4  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.31 
 
 
157 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  39.06 
 
 
140 aa  44.7  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  39.06 
 
 
131 aa  45.1  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  32.31 
 
 
135 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.31 
 
 
135 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.31 
 
 
135 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0693  S4 domain-containing protein  31.17 
 
 
81 aa  44.7  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.31 
 
 
135 aa  45.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  35.37 
 
 
122 aa  44.7  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1980  S4 domain-containing protein  37.25 
 
 
81 aa  44.7  0.0005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  33.33 
 
 
97 aa  44.3  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  33.33 
 
 
135 aa  44.3  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0950  heat shock RNA-binding protein  44.23 
 
 
146 aa  43.9  0.0007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>