68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SEA0005 on replicon NC_006663
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009477  SaurJH9_2747  CopY family transcriptional regulator  100 
 
 		 126 aa  228  3e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.513766  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2824  penicillinase repressor  100 
 
 		 126 aa  228  3e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.167752  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0005  penicillinase repressor  100 
 
 		 117 aa  227  5e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.014635  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  95.73 
 
 		 126 aa  213  5.9999999999999996e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  61.26 
 
 		 123 aa  124  5e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  61.26 
 
 		 123 aa  124  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  61.26 
 
 		 123 aa  124  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  34.82 
 
 		 169 aa  83.2  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  39.66 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 125 aa  79  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  38.74 
 
 		 128 aa  78.6  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 123 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  34.51 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  33.63 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  27.93 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00935  transcriptional regulator, BlaI family protein  28.18 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  33.63 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  33.63 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  33.63 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  31.03 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1110  penicillinase repressor  32.74 
 
 		 133 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3882  CopY family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 122 aa  68.2  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0821415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02324  transcriptional regulator BlaI family  26.55 
 
 		 121 aa  62.8  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.29109  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  24.78 
 
 		 121 aa  58.2  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0359  CopY family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 122 aa  57.8  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.666305 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  27.59 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  32.17 
 
 		 121 aa  55.1  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0210  CopY family transcriptional regulator  21.55 
 
 		 129 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 140 aa  51.2  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  23.64 
 
 		 161 aa  50.1  0.00001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1354  transcriptional repressor, CopY family  43.48 
 
 		 126 aa  49.7  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  23.64 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1547  negative transcriptional regulator - copper transport operon  22.73 
 
 		 143 aa  49.7  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 117 aa  50.1  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2033  transcriptional repressor, CopY family  30.28 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3223  transcriptional repressor, CopY family  22.41 
 
 		 128 aa  48.9  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0049  transcriptional regulator  20 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0384  transcriptional repressor CopY  32.1 
 
 		 138 aa  47  0.00009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4716  transcriptional repressor, CopY family  26.13 
 
 		 153 aa  47  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0722064  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0948  CopY family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000394556  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3889  CopY family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.976085 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  27.93 
 
 		 124 aa  45.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1301  transcriptional repressor, CopY family  28.57 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0225104  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2186  transcriptional regulator, putative  23.81 
 
 		 111 aa  45.4  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3470  transcriptional repressor, CopY family  25.22 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4563  CopY family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 120 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.673989  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1264  transcriptional repressor CopY, putative  21.82 
 
 		 148 aa  44.3  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0532  CopY family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465688 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2422  CopY family transcriptional regulator  21.62 
 
 		 149 aa  44.3  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0381488  normal  0.701742 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0730  transcriptional repressor, CopY family  23.58 
 
 		 120 aa  43.9  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1285  CopY family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 139 aa  43.9  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01860  predicted transcriptional regulator  25 
 
 		 131 aa  43.9  0.0007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1935  transcriptional repressor, CopY family  24.07 
 
 		 122 aa  42.7  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2853  CopY family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 148 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5136  transcriptional repressor, CopY family  30.36 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110862  normal  0.0983115 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0290  penicillinase repressor  22.11 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.837655  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2606  Penicillinase repressor  24.27 
 
 		 126 aa  41.6  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4231  Penicillinase repressor  24.27 
 
 		 126 aa  41.6  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3586  putative penicillinase repressor, transcriptional regulatory protein  23.36 
 
 		 126 aa  41.6  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1017  Penicillinase repressor  17.95 
 
 		 123 aa  42  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.131861  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  19.82 
 
 		 125 aa  41.2  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2069  CopY family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.490832  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2619  Penicillinase repressor  23.66 
 
 		 123 aa  40.8  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4382  putative transcriptional regulator  19.13 
 
 		 126 aa  40.8  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0429  CopY family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 119 aa  40  0.01  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>