164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0054 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.467793  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0051  tRNA-Ile  96.61 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0001  tRNA-Ile  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0001  tRNA-Ile  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tIle01  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.982278 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0001  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0001  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0001  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0044  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000172197  normal  0.222216 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  93.88 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00665402  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0001  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0001  tRNA-Ile  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699866 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0001  tRNA-Ile  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0001  tRNA-Ile  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000056497 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0001  tRNA-Ile  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0001  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.429514  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0001  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0001  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.226648  normal  0.0173253 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0001  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.484512  normal  0.062918 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14001  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0014  tRNA-Ile  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0001  tRNA-Ile  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.48782 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0001  tRNA-Ile  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0001  tRNA-Ile  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.522467  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00090  tRNA-Ile  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0001  tRNA-Ile  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0001  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.826373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0001  tRNA-Ile  87.5 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00080  tRNA-Ile  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0001  tRNA-Ile  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531061 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0001  tRNA-Ile  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0004  tRNA-Ile  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0654807  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0007  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0924996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0036  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.432918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0052  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0031  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0042  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00111432  normal  0.385328 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0007  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00808178  normal  0.792486 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0001  tRNA-Ile  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.996709  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0026  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0180152  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00090  tRNA-Ile  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00170  tRNA-Ile  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0026  tRNA-Ile  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00090  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.609024  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0040  tRNA-Ile  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.22275  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0001  tRNA-Ile  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0441602 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0023  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0028  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.568304 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0037  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0006  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0033  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0017  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0314309  normal  0.837845 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0050  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0012  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0042  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0010  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0022  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000102931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0033  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000982153  normal  0.21977 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0043  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0208406  normal  0.220068 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0015  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000549591  normal  0.119153 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0028  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000471614  decreased coverage  0.000367782 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0022  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.362568  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAIleVIMSS1309088  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAIleVIMSS1309139  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAIleVIMSS1309203  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.765225  normal  0.83434 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAIleVIMSS1309281  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.126115 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAIleVIMSS1309289  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAIleVIMSS1309162  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAIleVIMSS1309371  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0001  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.560835  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0001  tRNA-Ile  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1353  tRNA-Ile  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0078  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.236946  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0457  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0382527  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1509  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t096  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t050  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0331004  hitchhiker  0.0000227439 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0045  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000457584  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0008  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.303515 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0072  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0376486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0008  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.160787  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0021  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000203116  normal  0.0522769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0072  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00892637  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0005  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000734395  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0062  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00713608  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0127  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000330359  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0008  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00154963  normal  0.549393 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0070  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000447214  normal  0.107395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0135  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000335927  normal  0.0144188 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0114  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000347317  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0007  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000911687  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0020  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0504823  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0081  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000962065  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0011  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0129022  hitchhiker  0.000473278 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0051  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0157  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.131945  hitchhiker  0.00000102805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0008  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770657  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0036  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0271306  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0175  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>