More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0041 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  94.92 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  93.65 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  92.06 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.86 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  90.16 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  89.66 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  97.22 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  87.3 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  88.14 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  87.3 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  88.89 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  88.89 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  86.89 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  94.59 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0039  tRNA-Phe  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  97.22 
 
 
76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  90.91 
 
 
74 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0023  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000976194  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0009  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0045  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000395206  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0077  tRNA-Arg  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.437755 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0038  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000704091 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  89.36 
 
 
73 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09720  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000962233  hitchhiker  0.0000117108 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  92.11 
 
 
74 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0051  tRNA-Met  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.584124  normal  0.75185 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  87.93 
 
 
76 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08640  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>