136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0021 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  143  6e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  94.44 
 
 
75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  90.28 
 
 
72 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  88.89 
 
 
72 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 
72 bp  79.8  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  93.75 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  97.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  97.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  90.91 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0043  tRNA-Val  97.37 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000282186  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  86.11 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  86.11 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0024  tRNA-Val  86.11 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0046  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.146675 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  86.11 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  86.11 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0045  tRNA-Val  95 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0045  tRNA-Val  95 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0059  tRNA-Val  97.22 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000382947  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0014  tRNA-Val  86.11 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0016  tRNA-Val  86.11 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0013  tRNA-Val  86.11 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  91.67 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0008  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.153849  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0028  tRNA-Val  89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00019483  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  90 
 
 
75 bp  60  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  90 
 
 
75 bp  60  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  90 
 
 
75 bp  60  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  92.86 
 
 
75 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0043  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  60  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000221825  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0043  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  60  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.174816  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  92.86 
 
 
75 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  87.72 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  87.72 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0030  tRNA-Val  91.84 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000000857099  normal  0.523891 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0008  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0036  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0015  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0605809  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  89.58 
 
 
75 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309100  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309173  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.124324  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0037  tRNA-Val  90.7 
 
 
78 bp  54  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10750  tRNA-Val  89.36 
 
 
72 bp  54  0.000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0216656  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>