More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3217 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3217  transcriptional regulator, TrmB  100 
 
 		 267 aa  521  1e-147  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.770458  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14220  histidine kinase  30.56 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0001  ATP-binding region ATPase domain protein  34.45 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.557706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28560  histidine kinase  32.06 
 
 		 255 aa  125  7e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.0000031694  hitchhiker  0.000525882 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0001  transcriptional regulator, TrmB  39.58 
 
 		 371 aa  104  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000000656108  hitchhiker  0.000000126577 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.16 
 
 		 444 aa  55.5  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2146  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 		 476 aa  54.3  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0759  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.66 
 
 		 430 aa  53.1  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.269455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4653  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 446 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.724731 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2515  histidine kinase  34.23 
 
 		 450 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.332972 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0674  histidine kinase  30.58 
 
 		 332 aa  51.2  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.174761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.74 
 
 		 630 aa  50.8  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1862  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 462 aa  51.2  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.315879 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0283  ATPase domain-containing protein  31.25 
 
 		 411 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143698  hitchhiker  0.000000382002 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0374  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 		 483 aa  50.1  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.833635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 		 614 aa  50.4  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.899415  normal  0.0476359 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1735  two-component transmembrane sensor kinase transcription regulator protein  39.51 
 
 		 471 aa  50.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.143515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0091  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.37 
 
 		 413 aa  50.1  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.70693  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0977  histidine kinase  31.62 
 
 		 551 aa  49.7  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0254133 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4395  histidine kinase  36.56 
 
 		 484 aa  49.3  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.448772  normal  0.535318 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0282  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 		 411 aa  49.3  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000209269 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3739  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 		 411 aa  49.3  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0303484 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 		 827 aa  49.3  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.202098 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 		 608 aa  49.3  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.765653  hitchhiker  0.000174254 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0300  Osmosensitive K channel His kinase sensor  34.88 
 
 		 850 aa  49.3  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.569489 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4427  sensor histidine kinase  30.21 
 
 		 418 aa  48.9  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0258  histidine kinase  37.5 
 
 		 398 aa  48.9  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1670  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.05 
 
 		 632 aa  48.9  0.00009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2201  multisensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 		 633 aa  48.9  0.00009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0471  sensor histidine kinase  34.62 
 
 		 419 aa  48.5  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.328588  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2222  sensor histidine kinase  34.91 
 
 		 344 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.7 
 
 		 799 aa  48.9  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.976806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5380  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 625 aa  48.5  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00714338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.19 
 
 		 616 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.315862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4843  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.39 
 
 		 484 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.173911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3153  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 		 366 aa  47.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1012  response regulator, histidine kinase  37.31 
 
 		 578 aa  48.1  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1803  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 450 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43373  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3447  ATP-binding region ATPase domain protein  31.43 
 
 		 278 aa  47.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.733852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4198  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  26.95 
 
 		 349 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3829  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 475 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.821642 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3794  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 		 446 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000335712 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3247  Osmosensitive K channel His kinase sensor  37.38 
 
 		 853 aa  48.1  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00314  sensory histidine kinase in two-component region  34 
 
 		 468 aa  47.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3341  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 		 365 aa  47.8  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.049327 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 1568 aa  47.4  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0866  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 555 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.917443  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0973  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 		 1064 aa  47.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1806  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  42.65 
 
 		 455 aa  47  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0892  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  43.75 
 
 		 902 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0751  hypothetical protein  28.7 
 
 		 357 aa  46.6  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2814  sensor histidine kinase  36.47 
 
 		 443 aa  46.6  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 		 397 aa  46.6  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1623  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 		 377 aa  46.6  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.632325  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2709  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 		 812 aa  46.6  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.601691  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 		 1003 aa  46.6  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.284418 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2492  sensory box histidine kinase  34.82 
 
 		 830 aa  46.6  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2325  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 		 381 aa  46.2  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.830525  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 		 727 aa  46.2  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0824  histidine kinase  35.79 
 
 		 509 aa  46.6  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.655182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4266  sensor histidine kinase/response regulator  38.24 
 
 		 896 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000252034 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0110  ATP-binding region, ATPase-like protein  25.4 
 
 		 415 aa  46.2  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0050254  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2265  histidine kinase  31.9 
 
 		 559 aa  46.2  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.592554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1933  ATPase domain-containing protein  35.64 
 
 		 535 aa  46.2  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.493372  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2698  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 		 438 aa  46.2  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2052  histidine kinase  33.03 
 
 		 520 aa  46.2  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.390802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2237  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.96 
 
 		 381 aa  46.2  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.5102  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0915  histidine kinase  30.11 
 
 		 176 aa  46.2  0.0006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.932987  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0324  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 		 480 aa  46.2  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1019  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 		 858 aa  45.8  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0833425  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2951  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 462 aa  46.2  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.894513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0613  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.24 
 
 		 475 aa  46.2  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282412 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 431 aa  46.2  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 		 488 aa  46.2  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00134459  hitchhiker  0.00520721 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.21 
 
 		 589 aa  45.8  0.0007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.306932  normal  0.158909 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5346  PAS  34.48 
 
 		 1060 aa  45.8  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0497  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 1181 aa  45.8  0.0007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1473  putative anti-sigma regulatory factor (serine/threonine protein kinase)  38.38 
 
 		 135 aa  45.8  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00187817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0131  histidine kinase  37.8 
 
 		 630 aa  45.8  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399979  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4320  histidine kinase  38.24 
 
 		 359 aa  45.8  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0314  histidine kinase  33.02 
 
 		 531 aa  45.8  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2855  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 		 712 aa  45.8  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0299  histidine kinase  29.17 
 
 		 418 aa  45.8  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0287  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 		 418 aa  45.8  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5340  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.62 
 
 		 465 aa  45.8  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.81326 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4463  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.77 
 
 		 839 aa  45.8  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2405  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 		 383 aa  45.8  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0295  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 		 418 aa  45.8  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.03 
 
 		 695 aa  45.8  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0294  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 		 418 aa  45.8  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0517  ATPase domain-containing protein  35.29 
 
 		 432 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.907108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.33 
 
 		 445 aa  45.4  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.238926  normal  0.0632416 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0082  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.91 
 
 		 837 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1643  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 		 447 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.291283  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 		 543 aa  45.4  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.624689  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1037  sensor histidine kinase/response regulator  36.76 
 
 		 896 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0509  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 		 427 aa  45.4  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4626  two-component regulatory system sensor kinase  36.99 
 
 		 983 aa  45.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2317  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 		 524 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0736  histidine kinase  38.03 
 
 		 431 aa  45.4  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>