More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3042 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
226 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 
223 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
223 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
223 aa  134  8e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
223 aa  134  8e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
223 aa  134  8e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
223 aa  134  8e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 
223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
223 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2535  transcriptional regulator, GntR family  41.58 
 
 
219 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.412174  normal  0.816437 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1411  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0858429  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1435  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 
230 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1411  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.732833  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5188  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
216 aa  109  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.948488  normal  0.0144297 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 
230 aa  106  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  34.84 
 
 
232 aa  105  5e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
235 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 
228 aa  102  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
230 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 
226 aa  98.6  8e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
266 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.88 
 
 
238 aa  96.3  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 
252 aa  95.9  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
229 aa  95.5  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3337  transcriptional regulator, GntR family  34.6 
 
 
246 aa  95.5  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0218222  normal  0.194173 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
217 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 
229 aa  95.1  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  32.86 
 
 
250 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
250 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
231 aa  94.7  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 
229 aa  94.4  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  26.99 
 
 
232 aa  94.4  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
234 aa  93.6  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
232 aa  93.2  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
222 aa  93.2  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
236 aa  92.4  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
229 aa  92.4  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 
227 aa  92  7e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
265 aa  91.7  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
233 aa  91.3  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
250 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  25.59 
 
 
226 aa  91.3  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
230 aa  91.3  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 
234 aa  91.3  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
239 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 
221 aa  89.7  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
231 aa  89.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
230 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
235 aa  89.4  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2036  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 
213 aa  89  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00223971  normal  0.0618137 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0453  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
202 aa  89  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3432  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 
216 aa  89  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.132656  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
222 aa  88.6  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
233 aa  88.6  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.48 
 
 
224 aa  88.6  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
267 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
227 aa  88.2  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
233 aa  88.2  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
250 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 
227 aa  87.8  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  32.68 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
221 aa  87.8  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  36.68 
 
 
235 aa  87.8  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
250 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2728  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 
218 aa  87  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.246809  normal  0.158024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
250 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 
219 aa  87  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  32.56 
 
 
237 aa  86.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 
254 aa  86.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
232 aa  85.9  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  35.39 
 
 
215 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 
223 aa  85.9  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
226 aa  85.9  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
223 aa  85.9  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
218 aa  85.5  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  25.73 
 
 
215 aa  85.5  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 
222 aa  85.1  8e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
247 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4868  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
232 aa  84.7  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.37214 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  34.2 
 
 
217 aa  85.1  9e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  33.86 
 
 
222 aa  84.7  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 
221 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.23 
 
 
231 aa  84.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
222 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
221 aa  84  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  31.07 
 
 
226 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
253 aa  84  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 
231 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3521  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
227 aa  83.6  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
222 aa  83.6  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 
245 aa  83.2  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 
216 aa  83.2  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>